外泌体也能做公共数据生信分析，加上简单功能实验就能发到8+，这波操作真的值！
想分析外泌体携带基因与肿瘤转移、生存预后的关系，只能先做外泌体测序再分析吗？
一般是这样滴，但小云这里有绝招，做公共数据挖掘+生信分析也能搞定外泌体携带基因与肿瘤转移、生存预后分析，想知道怎么做就继续往下看吧！
这个思路来源于1篇8+的文章。简单来说，就是将ExoCarta 数据库中下载的肿瘤外泌体中的mRNA和蛋白与TCGA、GEO数据库分析出来的差异基因取交集，就得到了外泌体相关的 DEGs，筛选出生存预后相关目标基因后进行一波常规单基因分析，再加上目标基因的表达和功能验证实验，这一顿操作下来没有什么高难度分析和实验，轻轻松松8+文章就到手了，这可比吭哧吭哧一直做实验高效多了，省钱还风险低，是不是很哇塞!
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发表时间：2022年7月
发表杂志：Journal of translational medicine
影响因子：8.44
文章题目：膀胱癌衍生的外泌体 KRT6B 通过诱导 EMT 和调节免疫微环境促进侵袭和转移
公众号回复“123”获取原文
研究背景
肿瘤衍生的外泌体参与不同癌症过程的形成和进展，包括肿瘤微环境重塑、血管生成、侵袭、转移和耐药性。然而，外泌体包裹的核酸和蛋白质在膀胱癌（BLCA）中的作用和机制仍不清楚。
数据来源
主要结果
1. BLCA 中外泌体 DEG 的鉴定
筛选 TCGA 数据集中BLCA 样本和正常样本的差异表达基因 (DEG)。将 DEGs 与从 ExoCarta 数据库收集的 BLCA 衍生的外泌体中的基因取交集，获得了52 个外泌体相关的 DEGs。
图1 BLCA中52个外泌体包裹基因的差异表达
2. BLCA中top外泌体差异基因的生存分析
通过GEPIA探讨了前10个上调和前10个下调外泌体差异基因对BLCA总体存活率的影响。结果显示，除 KRT6B 外，其他 9 个上调的 DEG 与 BLCA 患者的生存率无统计学正相关，KRT6B 的高表达与较短的总生存期 (OS) 相关，并预测预后不良。
图2 识别差异细胞亚群
3. KRT6B 在 BLCA 中的生物学作用（单基因生信分析）
（1）KRT6B表达分析
通过TIMER2.0网站分析了KRT6B在泛癌和匹配正常组织中的差异表达，并在TCGA 和 GEO 数据集 ( GSE166716 ) 验证了 BLCA 中 KRT6B 的表达高于匹配的正常组织中的表达。最后在HPA 数据库中检索到的免疫组织化学 (IHC) 染色数据集中验证KRT6B的表达。
图3 KRT6B 基因的表达分析
（2）KRT6B 表达与 BLCA 临床特征之间的关系
根据 KRT6B 的表达水平，我们将来自 TCGA 的临床数据分为高表达组和低表达组，进行了单变量 Cox 回归分析和多变量 Cox 回归分析。结果表明，KRT6B 的表达、年龄和分期是 BLCA 的独立预后危险因素，GSE13507数据集结果与TCGA一致。
（3）KRT6B 的通路富集分析
基于 TCGA 数据库中 BLCA 样本的高 KRT6B 表达组和低 KRT6B 表达组进行了 GSEA，结果显示EMT相关通路的激活与KRT6B的表达呈正相关。又通过TIMER2.0网站探讨了KRT6B与EMT生物标志物和免疫反应基因的相关性，结果证明，KRT6B 参与了 BLCA 的 EMT 过程和免疫调节。
图5 KRT6B 表达与 BLCA 中的 EMT 和免疫特征相关
（4）KRT6B 在 BLCA 肿瘤微环境中的潜在作用
利用 EMTome 数据库和 CIBERSORT 算法从 TCGA 数据中展示了 BLCA 中免疫细胞浸润的情况。根据 KRT6B 的表达，我们将样本分为两组，并研究了它们之间免疫细胞的不同分布，并且进一步研究了 KRT6B 与免疫检查点基因（如 PD-L1）之间的相关性。
图6 KRT6B 调节 BLCA 中免疫细胞的浸润和分布
（5）靶向KRT6B 的药敏性分析
使用CellMiner数据库评估KRT6B对药物敏感性的影响，药物敏感性通过z分数来衡量，分数越高表明细胞对药物治疗更敏感。
图7 KRT6B 表达与药物敏感性之间的相关性
4. KRT6B 的表达和功能验证实验
对 48 对 BLCA 组织样本和匹配的正常组织样本进行 qRT-PCR 和 WB以验证KRT6B 在 BLCA 临床样本中的表达，并评估KRT6B 的表达与 BLCA 临床病理特征之间的关系。在BLCA细胞中干扰KRT6B的表达，检测KRT6B对BLCA细胞的迁移和侵袭的作用。
图8 KRT6B促进BLCA细胞迁移和侵袭
文章小结
看完这篇文章有没有感受到满满的惊喜，明明就是一些常规生信分析手段，也没有用到单细胞等数据，就能发到8+了。只要你能从ExoCarta和TCGA/GEO数据库中找到你关注的疾病数据，那就可以用这个很哇塞的套路（ps：不会找数据也没关系，找小云呀，提供疾病方向就可以，云生信团队来帮你）套路好不好用，你来试试就知道，小云等你来复现哟！
