第〇部分：3606抵达I区之前

天快亮了，而波尔部长还在考虑扶风将军遇刺的事情。他尝试带少数人离开车站准备向特遣队进行交涉，却遭到了暗中监视的无鬼睑的暗杀。

听到波尔遇害的枪声后，德兰察觉到危险，准备组织众人更换藏身地。然而所有出入口均被无鬼睑封锁，安全部的干员们才意识到他们被困住了。加纳利主动出击，夺回了波尔身上的证据资料备份。站台内的安全部干员也迅速组织反抗。

这一举动正合雅各布的意愿，他将安全部激烈反抗的画面交给希罗和特遣队并请求支援。他将这些人定性为“刺杀扶风将军的3606的同党”，并请求加以消灭。

第一部分：3606潜入I区运输中心

在希罗的煽动下，特遣队的士兵们群情激昂，对安全部干员们的藏身处发动了猛烈进攻，并且带来一辆突击炮，准备炸塌建筑，将所有干员们埋在废墟下面。

危急时刻，借助卡车潜入I区的3606误入了无鬼睑占据的控制台，打开了站台的逃生通道。德兰迅速反应，在突击炮炸塌房子前带领所有人撤离，众人得以逃生。而另一边3606也陷入了和特遣队的冲突，特遣队对于3606还活着这件事感到吃惊，并且很困惑他是如何从F区赶到I区的。

3606进入车站发电机室附近后，被安全部的武装人员奥古斯塔·特雷尔（Augusta Terrell）和加纳利当成偷袭的士兵抓住，幸亏瓦妮娅赶到并救出3606。德兰向3606表示感谢和致歉，并在众人面前简要阐明了事件真相和当下状态，认定马特要为这次事故负责。随后，德兰代表基地法律当场宣布3606无罪，使其摆脱十级工人束缚并获得了自由之身。

特遣队再次向避难所发动攻击，加纳利用提前埋好的炸药摧毁了突击炮并打退了敌人的进攻。德兰让3606赶快离开这里，但离开的3606迎头撞上了想从背面偷袭的特遣队，而士兵们根本没打算放过3606。

第二部分：列车运输中心激烈交火

因为没能干掉3606，大失颜面的希罗派出一整支带有重武器的精锐连队前往布设阵地并堵截。3606又遭遇了另一辆刚从列车上卸下的突击炮，迈尔斯及时出现并用粘性炸药赶走了它。然而，就在迈尔斯准备带3606离开车站，穿过小路离开基地时，被一门埋伏的步兵炮夺走了性命。

很快步兵炮的整个阵地都被3606夺了去。随后，3606冒着子弹和炮火冲过运河，并闯进了河对岸的重兵把守的基地车站仓库大厦。在慌乱之中，连队指挥官为了保护重型迫击炮阵地，不顾自己人的安危，疯狂下令轰炸大厦，然而重型迫击炮最终还是被3606夺走，并被用来炸毁守在街道的那第二辆突击炮。

第三部分：陷入完全的黑暗

遭到接二连三的打击后，特遣队士气极其低落，恼怒的希罗不得不调来一辆主战坦克支援，而仍然身处F区的武装直升机更是还有很远的路要赶。此时，克劳德成功夺取了车站库房的列车并准备直接离开基地，这让雅各布决定亲自出手。

仍在赶路的特雷尔与德兰遭遇雅各布带领的无鬼睑精锐，并且发现无法伤害到雅各布。他们被无鬼睑打散，特雷尔被雅各布用变异注射剂手枪击中。

得知消息的加纳利让3606加入了营救。在激烈交火后，他们成功救下了遭到围攻的德兰和特雷尔。特雷尔看起来不妙，一直在吐血，并且在返回时，特雷尔突然无法控制自己，关闭了逃生的大门，将德兰和众人隔绝开。

随后，雅各布出现，开枪击倒了德兰，破坏了德兰身上的关键证据资料。他必须采取紧急措施，阻止对基地不利的内容的传播。在加纳利撕碎铁窗前，雅各布得知德兰对基地的神秘计划“λ（Lambda）”有所了解，愤怒不已，将其射杀并逃走了。弥留之际的德兰告诉加纳利去数据中心找和“λ计划”相关的数据核心，绝不能让他们获胜。

不妙的是，此时主战坦克冲了出来，碾轧着一切，加纳利和3606被迫逃跑。列车紧急发动，主战坦克向列车开炮，但只是炸塌了隧道入口的天花板。列车顺利逃脱。

在逃离基地的列车上，众人认为调查“λ计划”是决定他们生死的最后一张牌，于是前往基地的数据中心拼死一搏。