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第一性原理||如何进行bader电荷渲染出图(以铁表面吸附为例)

2023-01-12 10:23 作者:唯理计算  | 我要投稿

想必大家看到下面这张图片一定觉得熟悉又陌生吧,有小伙伴问我们这个漂亮的bader电荷渲染的图究竟是怎么做的,那么本期就带大家一探究竟!

来源10.1002/anie.202103557

举个例子,以铁表面吸附Li2S8小分子体系来讲解:

首先优化上述体系,计算完成bader电荷后,运行vaspkit,选择5/508,你将得到bader.pqr文件。

                    

     

 -0.03

再接下来按照下述步骤逐一进行操作:

一、打开VMD软件

打开VMD软件(安装路径和文件路径均不可存在中文),打开bader.pqr文件修改背景颜色为白色。

二、修改着色方式

修改着色方式为:charge,显示风格为VDW,

三、关闭坐标轴

关闭坐标轴;

四、渲染出图

渲染出图

"C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD\\tachyon_WIN32.exe" -aasamples 24 %s -format BMP -res 3840 2160 -mediumshade -trans_vmd -o %s.bmp -numthreads 4


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