生信人常用的linux常识与命令/SCI论文/科研/研究生/生信分析热点思路

    各位看官老爷们大家好，俗话说，万丈高楼平地起，今天小果就带大家学习下生物信息学习过程经常用到的最基础但也是最实用的一些linux命令，当你的小伙伴们还在使用鼠标点点点的时候，你只要一个命令行就可以解决大部分重复的工作，而学习这些命令只需要花费很短的时间哦。

    这里小果先给大家简单的介绍一部分，可能不深入但会尽可能解答详尽。至于需要掌握到什么层次自然是见仁见智，多多益善了。当然很可能日常使用过程中很多可以不掌握也不出问题，但是毕竟有备无患么。

基本操作、常识部分

一、文件系统的结构

linux目录的特殊性，都是windows用户没有接触过的，所以需要了解。包括挂载、创建目录、cd切换目录等。

二、权限管理

这个对于windows用户也会是一个十分陌生的领域，因为windows的日常就是不需要处理这些，或者说是无法处理。其中包括用户与用户组、执行权限、chmod更改权限、sudo的使用等。

三、编译基本操作

安装软件是每个生信人员无法规避的事情，那么编译就是十分基本的一件事情，其中包括make、make install、指定编译输出地址等。

四、环境变量

环境变量是任何一个linux使用者都很容易出问题的地方，弄清楚可能需要遇到很多的坑问题才可以印象深刻和有比较成熟的经验。其中包括$PATH的增减、$PATH的初始化、which和whereis的原理、alias与ln -s的区别、python的sys.path的由来与用处、虚拟环境的实现原理，bashrc配置环境等。

1、cd # 切换目录

2、ls -alF # list all files 浏览该目录下所有的文件（包括文件夹和文件）

3、head \ tail # 获取首尾行数

4、export #赋值环境变量

5、top  # 系统负荷监控

6、less\ more \ vi \ vim # 各种文本阅读\编辑工具

7、gzip \ tar \ bzip \ # 各种压缩软件

8、which \ whereis # 获取命令源文件地址

9、find # 搜索文件

10、cat \ echo # 打开文件\print #打印字符串

11、wc #统计行数、字数

12、bg \ fg \ jobs # 后台、前台、查看后台任务下载

13、ifconfig # 查看网卡、ip

14、touch \ mkdir # 创建文件、文件夹

15、chown \ chmod \ chgrp #改变所有者、权限、所有组

16、rm \ cp \ mv # 删除、复制、改名/移动/剪切

17、ssh \ scp # ssh登录、基于ssh的cp

18、wget \ curl \git clone # 下载

19、ps -ef # 查看所有进程

20、grep # 正则匹配要求字符串

当然，这些只是最基础的命令，还有很多衍生命令小果将会在后面陆续分享给大家。