大家好！我是BioLadder生物信息在线可视化云平台的工程师小宇，今天我来给大家分享怎样用BioLadder画出常见的序列标识图seqlogo！

 如果您反馈问题，报告Bug，提出新的需求，请直接在公众号内发留言给我哦！为感谢您对BioLadder的认可我们还有星爸爸同款收纳包相赠哦！小宇先谢谢大家喽！

1.序列标识图seqlogo？

序列标识图（sequence logo），序列标识图就是序列的logo，它是以图形的方式依次绘出序列比对中各个位置上出现的残基，每个位置上残基的累积可以反映出该位置上残基的一致性。每个残基对应图形字符的大小与残基在该位置上出现的频率成正比。在生物信息分析中，经常需要做序列标识图。例如，突出序列比对中的保守位置，用于研究结构域序列相似性等。本文我们就来讨论一下序列标识图seqlogo是如何绘制的。

2.绘图前的数据准备

demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/bioladder1/seqLogo/demoData.txt下载。数据有且只有一列，没有行名与列名。内容是氨基酸序列或核酸序列。

3. BioLadder生信云平台在线绘制序列标识图seqlogo

不想写代码？可以用BioLadder生信云平台在线绘制序列标识图seqlogo。

网址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/32

3.1 上传文件

点击“选择”按钮上传自己的文件备注：点击查看按钮可以查看自己的上传的数据；

点击下载示例，可以下载demo数据；

3.2 调整参数

• 显示模式：有”频率“和”bits“2种选项。”频率“按照百分比分布• 自定义颜色：通过上传文件定义每个字母的颜色• 横轴名字：坐标轴名称• 纵轴名字：坐标轴名称• 标题名字：坐标轴名称• 坐标轴刻度字体大小：字体大小

• 坐标轴标题字体大小：字体大小

3.3 提交查看

上传完数据，并调好参数后，点击右上方“提交”按钮，图像会出现在左侧。如果没有上传自己的数据，会使用默认的demo数据绘图。

3.4 下载

首先，挑选自己想要的格式有png，jpg和pdf供选择，接着调整图片的宽，高和分辨率（注：这里的宽高比会反馈到左上的绘图区），最后点击“Download”下载按钮，将图片保存到本地。

备注：关于分辨率DPI的解释，分辨率（DPI）指的是图像每英寸长度内的像素点数。假如需要长10英寸，宽10英寸的，分辨率300的图片。对应的电脑里的像素就是10*300=3000像素。

4.BioLadder生物信息在线分析可视化云平台

网址：https://www.bioladder.cn/BioLadder

目前上线了生物学分析最常用的50多个模块，主要包括以下四类：

数据可视化：箱线图，南丁格尔玫瑰图，韦恩图，UpSet图，饼图，词云图，小提琴图，饼图/甜甜圈图，弦图，柱形图等

组学数据分析：序列的多重比对，表达数据的CV曲线图，饼图/甜甜圈图，T-SNE，热图，趋势分析的mFuzz，差异分析的火山图，富集分析的气泡图，修饰位点上下游模体分析的seqLogo，Motif热图等

功能分析：GO弦图，相互作用网络图，富集分析

数据预处理：归一化，补值，FDR校正，长宽表互换等

好了序列标识图seqlogo的绘制就到这里了，后续大家想要了解什么内容可以给我们评论反馈，我们会根据大家的意见持续更新。我们欢迎您以任何方式提出您的优化意见，使BioLadder平台成为广大科研工作者的生物信息分析首选平台！