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BSL-2实验室与BSL-1实验室在建造及基本设施方面基本相同，BSL-3实验室的建设、设计要求相对高，平面布局有一定差异。
为保证生物安全实验室的安全和良好运行，利于清洁和维护，各安全级别实验室应满足下列基本要求：需要有充足的空间，以摆放实验室设备和物品；门有可视窗并可锁闭，门锁及门的开启方向应不妨碍室内人员逃生；实验室墙壁、天花板和地面应易清洁、不渗液，并耐化学品和消毒剂的作用；地面应平整、防滑，不应铺设地毯；要保证实验活动的照明，避免反光和强光；应设洗手池，以有效地清洁手部，一般应设置在实验室出口处；应有足够的固定电源插座，避免多台设备使用共同的电源插座，应有可靠的接地系统，应在关键点安装漏电保护装置或监测报警装置；应配备适用的应急器材，如消防器材、意外事故处理器材和急救器材等；为防止节肢动物和啮齿动物进入，应有相应的防护措施，如安装纱窗、设置挡鼠板等。
根据不同实验室防护级别和使用用途，BSL-1、BSL-2和BSL-3实验室的设施又各有偏重或有特殊的规定和要求。
对BSL-1实验室来讲，若操作刺激或腐蚀性物质，应在30 米内设洗眼装置，必要时应设紧急喷淋装置；若操作有毒、刺激性或易挥发性物质，应在风险评估的基础上，配备适当的负压排风柜；若使用高毒性、放射性等物质，应配备相应的安全设施、设备和个体防护装备；若使用高压气体和可燃气体，应有安全措施；供水和排水管道系统应不渗漏，下水应有防回流设计。
BSL-2实验室的设施要求相对BSL-1实验室较高，主入口的门、放置生物安全柜实验间的门应可自动关闭；实验室主入口的门应有进入控制措施；应在实验室工作区配备洗眼装置；应在实验室或其所在的建筑内配备高压蒸汽灭菌器或其他适当的消毒灭菌设备；应在操作病原微生物样本的实验间内配备生物安全柜；可以利用自然通风，但洁净度要满足工作的要求。
BSL-3实验室属于高级别生物安全防护实验室，对实验室围护结构、布局、通风空调、自控系统、污物处理、电力供应、通讯系统等有专门的要求，可参照《实验室 生物安全通用要求》的有关规定。
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