有参转录组workflow
2022-05-02 16:56 作者:Albert_Xin | 我要投稿
记录原因
自己学习,怕后面忘记了,所以发在此处以记录!
如有错误欢迎指正
所用软件
SRA Toolkit、trim-galore、hisat2、samtools、subread和R。R脚本差异分析参考生信技能树代码(https://github.com/jmzeng1314/GEO/blob/master/airway_RNAseq/DEG_rnsseq.R)。根据你的sra文件可能需要用到fasterqc
上游分析
差异分析
得到差异基因就差不多了
参考:
https://github.com/jmzeng1314/GEO/blob/master/task1-check-specific-genes/step3-DEG.R