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有参转录组workflow

2022-05-02 16:56 作者:Albert_Xin  | 我要投稿

记录原因

自己学习,怕后面忘记了,所以发在此处以记录!

如有错误欢迎指正

所用软件

SRA Toolkit、trim-galore、hisat2、samtools、subread和R。R脚本差异分析参考生信技能树代码(https://github.com/jmzeng1314/GEO/blob/master/airway_RNAseq/DEG_rnsseq.R)。根据你的sra文件可能需要用到fasterqc


上游分析

差异分析

得到差异基因就差不多了

参考:

https://github.com/jmzeng1314/GEO/blob/master/task1-check-specific-genes/step3-DEG.R


有参转录组workflow的评论 (共 条)

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