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小分子吸附模拟之MS遇到的小问题集合(1)

2023-04-12 21:20 作者:港村的正同学  | 我要投稿
  1. MS构建的CO2分子,几何优化后不是直线型,怎么办?

    答:检查C-O键长是不是双键,要是构建的时候画了一个碳原子,然后又画了两个氧原子,直接进行优化,就会出现不是直线型这个问题!

  2. AC模块构建结构时,output尽可能多选几个,不然仅输出1个时,后续几何优化和动力学弛豫易出现能量震荡现象。可多输出几个,比如10个,然后选择能量最低的结构,进行下一步的优化。

  3. AC模块构建完结构,在哪查看呢?

    答:对应的project下点击右键,新建一个table,然后在输出的xtd文件,右键点击insert可以看到输出的结果。

  4. 输出的table没有能量信息?

    答:因为AC建模时,没有勾选里面的几何优化。月之蓝老师(*木虫MS版主)也不建议勾选,可以后续单独勾选。

  5. sorption模块中想计算等温线,但是由于是单核运行计算,怎么进行多核计算呢?

    答:可以选用fixed pressure,多设置几个任务,结果也一样。

  6. sorption模块可选用的力场还是太少,RASPA软件这个时候就体现出了优势,后续可用MS建模,RASPA进行计算。但是由于文献使用的compass力场,而compass力场参数由不能直接获得,没办法使用MS计算。如果能获得力场参数,RASPA是个很好的选择!

    目前使用sorption遇到这些小问题,后续遇到再总结记录!

新建table

2023.04.12

港村

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