摘要

目前，M. Nirenberg和F. Crick在近50年前提出的遗传密码模型（蛋白质生物合成密码）已经受到严重侵蚀。从战术上讲，三重性和同义词的退化确实是明确无误的。但是Nirenberg-Crick假设氨基酸的明确编码，即该策略提出了合理的怀疑。怀疑的理由很早就出现了：事实证明，三胞胎UUU同时编码苯丙氨酸和亮氨酸，这与蛋白质中氨基酸的DNA-RNA编码的明确性声明不一致。另一方面，歧义自动源于F. Crick关于密码子中第三个核苷酸摆动的摆动假说（随机的，未确定的行为），这意味着3'-5'密码子-反密码子对不参与编码，并代表“空间位阻拐杖”。事实上，氨基酸不是由三元组编码的，而是由三元组中核苷酸的双联体编码的，根据Ulf Lagerkvist的“三分之二”规则。从这个角度来看，密码子家族分为两类：32个密码子同义词三元组和32个密码子三元组，具有不确定的编码函数，这是32个密码子UUU之一所固有的。这些“未确定”的密码子称为同音异义词。它们是模棱两可的，因为它们可能同时编码两种不同的氨基酸，或氨基酸和停止函数。然而，在真正的蛋白质生物合成中克服了歧义。这是由于mRNA环境中核糖体的符号取向。这就是密码子同音异义词的语义发生的方式，与人类语言中的意识工作完全相似，充满了同音异义词。这种对蛋白质代码的理解的转变，作为实际的文本形成，导致了基因组作为活细胞的准智能生物计算机结构的强烈想法。忽视这一点会导致基因工程的错误和危险工作，最重要的结果是合成基因组和转基因食品的合成细菌。蛋白质生物合成是染色体的关键，但不是唯一的基本信息功能。还有其他同样重要的全息和量子非定位功能与形态发生有关。在这个平面上，基因组作为量子生物计算机的工作发生在波级上。这里的主要功能是使用相干光子DNA辐射及其非线性振动状态（声音）在细胞间，组织和生物体水平上调节遗传代谢信息的量子广播。DNA信息以动态偏振全息图以及幻影DNA结构的形式呈现。在对基因组量子工作的解释中，几乎所有东西都是假设的。尽管如此，我们已经创造了一种激光技术，在某种程度上模拟了基因组的“符号波”状态，并且能够传递遗传和遗传代谢信息。幻影DNA的表现特别有趣，我们在1984年设法检测到，但直到1991年才发表[Gariaev等人，1991]。现在，我们可以用我们的激光技术生产fDNK，并将其具体化为PCR系统中的材料结构[Gariaev等人，2014（a）Gariaev等人，2014（b）]，就像之前所做的那样，但以他们自己的方式，由诺贝尔奖获得者Luc Montagnier教授[Montagnier等人，2012]。然而，早在2007年和2009年，我们就展示了遗传信息的远距离量子传输大鼠胰腺再生[Gariaev等人，2007;加里亚耶夫，2009 年]。这些数据是语言波遗传学（LWG）的基础。LWG原则的实际应用可能很大。到目前为止，我们已经开创了牙齿、胰腺和视网膜再生的先例，完全恢复了视力，治愈了囊性纤维化和唐氏综合症，并使瘫痪者恢复了活动能力。LWG提供了一种对干细胞进行编程的方法。LWG能够以环保的方式有选择地消灭农业中的致病细菌和病毒、害虫和杂草。LWG为量子计算而不是数字计算奠定了基础。

关键字：

遗传密码、简并、同音异义、语言学、全息学、量子非局域性

一、遗传密码模型创建的背景

当遗传蛋白密码及其衍生物被错误地解释时，我们今天看到越来越多的证据，它就会适得其反和危险。我们已经可以看到这样做的后果，这导致了转基因食品和细菌（所谓的“Synthia”）的创造和广泛使用，具有人工合成的基因组。Synthia杀死墨西哥湾甚至其区域以外的所有生物

2. 遗传密码模型不准确原因分析

让我们转向遗传（蛋白质）密码的诺贝尔模型，该模型的基础直到现在仍然完好无损，并且通过一些小的战术补充，反映了我们上世纪六十年代过时的知识水平。这是马歇尔·尼伦伯格在1968年获得诺贝尔奖的模型。我引用了作者的重要声明，其中提出的遗传密码模型中的错误实际上得到了承认，但被忽略了：

“Poly-U（Gariaev：聚尿苷RNA）主要编码苯丙氨酸。由poly-U mRNA合成的蛋白质不仅包括亮氨酸，还包括苯丙氨酸，其比例为一个亮氨酸分子与~20-30个苯丙氨酸分子。如果溶液中没有苯丙氨酸，poly-U使用亮氨酸的量等于通常苯丙氨酸量的一半。对这种模糊性的分子解释并不存在”。这“仅在”所谓的无细胞蛋白质生物合成系统的情况下被接收。在这里，为了破译遗传密码，确定哪些氨基酸和哪些序列包含在生长的肽链中，人工合成的RNA分子被用作代码模板，具有寻求氨基酸的密码。当时核苷酸（密码子）三重态形式的所有氨基酸密码（代码）都已成功确定。根据上述引文，唯一令人讨厌的例外是UUU（尿苷-尿苷-尿苷）密码子，其中密码子的模板是聚尿苷酸。代码模型的作者展示了对这样一个基本事实的原始方法，他们说“这种现象的分子性质对他们来说是不清楚的”。但发现的苯丙氨酸和亮氨酸编码歧义现象的意义远远超出了分子相互作用。在忽略了这一发现的现象之后，作者仍然假设了一个明确的氨基酸编码论点（一个密码子等于一个精确选择的氨基酸（或停止位置）），这在几十年内导致了最坏的后果，即所谓的转基因工程及其转基因食品，Synthia等。

事实上，不需要实验来证明编码的明确模型是错误的，查看常规表格并考虑到3'-5'密码子-反密码子对，根据F. Crick摆动假说，不参与氨基酸编码[2]。因此，编码 64 个氨基酸的 20 个密码子自动分成两个相等的部分，即 32 个密码子同义词和 32 个具有双重编码的密码子。例如，我们将看到，UU家族的三重态（密码子）编码苯丙氨酸和亮氨酸等氨基酸，同时编码它们，这与根据Nirenberg-Crick模型关于它们明确性的假设相矛盾。“家族”一词用于第1和第2核苷酸密码子（doublets），反映了密码子的第3个核苷酸不参与编码的事实。密码子双联体组合成家族，以明确或模棱两可的方式编码氨基酸。在这种情况下，UU家族模糊地编码两种不同的氨基酸。

UUU―编码苯丙氨酸;

UUC―编码苯丙氨酸;

UUA―编码亮氨酸;

UUG―编码亮氨酸。

（U-尿苷，С-胞嘧啶，А-腺嘌呤，G―鸟嘌呤，mRNA的氮碱基，一旦核糖体读取，三胞胎就会被解码为氨基酸）。

换句话说，如果人们相信传统的表格，那么无细胞蛋白质合成系统（以及生物体）中的poly-U RNA（相当于信使RNA）应仅编码苯丙氨酸或亮氨酸，这实际上并非如此，因为两种不同的氨基酸同时被编码并掺入生长的肽中。换句话说，我们得到了同音异义的情况，这应该由遗传设备以某种方式正确处理。如果我们没有明确的决定选择一种，并且体内只有一种氨基酸，这就会威胁到生物体的代谢异常。作者没有解释这个问题的核心是如何解决的，因此自相矛盾。这一切足以证明他们的代码模型显然是矛盾的。现在是时候记住F. Crick的突出声明了，关于密码子中的第三个核苷酸不参与构成蛋白质的氨基酸的编码。F. Crick提出的第三个核苷酸“摇摆”，即它可以成为四种可能核苷酸中的任何一种[2]。如果是这样，那么作者关于蛋白质遗传密码氨基酸编码的明确性的假设就成了问题。即使从对遗传密码表的简单逻辑分析中也很明显 - 三胞胎自动分成两个相等的部分，其中前半部分明确而丰富地编码氨基酸（同义词），而后半部分则模棱两可。需要注意的重要一点是，尽管遗传密码具有一定的规律性 - 在某些情况下，编码一个氨基酸的是前两个碱基，第三个碱基的性质无关紧要 - 但它的结构在其他方面没有明显的意义[3]。当然，这并不意味着整个模型完全不正确。它的一些陈述是正确的，它是一个三重代码（核苷酸的三重子编码蛋白质氨基酸），框架的重叠（（多顺反子）移位，读取三重，提供另一种蛋白质的代码），以及同义的退化代码。这种代码退化可以通过密码子的数量（64）和编码氨基酸的数量（20）来观察，即32个密码子是同义词，这可以通过异受体转移RNA（tRNA）的存在来证实。同义词意味着相同的氨基酸可以被几个同义密码子编码，并且可以被几个异受体tRNA的反密码子正确无误地读取。第二个非同义和难以理解的剩余密码子的功能是什么？代码模型之父对这个问题也没有答案。这表明他们对基因组操作策略的理解是不完整的。正是在这里，代码的一个基本属性在被Nirenberg和Crick遗漏或误解后显露出来，即其50%的同音异义词。它与代码模型的规范主要规定相矛盾，即其明确性。当然，代码是明确的，但只有在添加了mRNA和核糖体的一些功能和特性之后。但他们对poly-U RNA的实验似乎与这一经典相矛盾。如果核糖体误读了单个UUU密码子，那足以证明代码模型的失败，即代码将起作用，今天它有效，但不是根据Nirenberg和Crick如何看待这个过程，许多遗传学家今天仍然看到它。在UUU鳕鱼的情况下在上，一半代码的同义性和歧义是显而易见的。并且有 32 个这样的密码子同音异义词，包括 UUU。上述文章中的这种矛盾[4]削弱了他们的模型。Nirenberg和Crick都错过了这个问题，或者误解了它，误导了其他人，说“这种不一致的分子性质对他们来说是不清楚的”。分子性质与它无关。蛋白质代码一半的同源现象中有一些基本的东西，即蛋白质基因的语音相似性，但它不是比喻，因为它被大多数人认为，而是真实的。只有当mRNA蛋白质合成系统理解上下文时，密码子同音异义词mRNA才能被tRNA的正确反密码子精确读取，该同音异义词是其中的一部分，这是基因组生物计算机的基本意识智能的证明。因此，我们在DNA，RNA和蛋白质中发现了语音相似性的证据，它们包含相同的准语音结构，但语言不同。蛋白质基因（也许还有所谓的小调节RNA或microRNA的基因）的书面遗传语言在没有意识智能的情况下是不可想象的，这允许甚至迫使我们接受一个强烈的想法，即基因组的准意识智能的存在是意识智能的一个小分形维度，类似于大脑皮层的水平。这里可以看到生物学家和哲学家没有意识到的关于蛋白质代码的双边同义词同义词退化的新兴问题的“神经”。这种蛋白质代码的双边简并性的理论和实践意义极高。让我们问一个自然的问题。生物系统及其遗传装置如何处理半三胞胎的同音问题，即当蛋白质合成装置遇到密码子同音异义词时，准确明确地选择氨基酸（或停止位置）的问题？在这种情况下，错误的代价非常高，导致蛋白质的正确或不正确合成，其中一些（酶）特别重要。同时，众所周知，蛋白质的生物合成是一个非常准确的过程。因此，遗传装置“知道”密码子同音异义词的危险歧义的出路。第一个理解这种潜在的遗传同音异义词危害的人（尽管他没有使用这个术语）是著名的分子生物学家Ulf Lagerkvist [5]。他合理地假设，在蛋白质生物合成过程中，核糖体的核苷酸读取密码子中的“三分之二”规则（第1和第2，第3“摆动”）可能导致生化灾难，除非“tRNA-mRNA-核糖体系统”正确读取模棱两可的密码子。“三分之二”规则自动源于克里克摆动假说关于密码子中第三个核苷酸的“摆动”，这意味着3'-5'密码子-反密码子对的核苷酸不参与编码过程。这也意味着编码是由双联体（密码子的前两个核苷酸）而不是三元组完成的。早在1978年，Lagerkvist在上述出版物中就避免将模棱两可的“危险”密码子称为同音异义词。此外，他不合理地认为这种奇怪的密码子在基因组生物化学中并不常见，这就是为什么它们并不危险。这过去是，现在仍然是一个巨大的错误。让我们来瞧瞧好的遗传密码表（附录），它标记和分类同音异义词和同义词密码子。

3. 遗传密码表

如我们所见，它们是按照阴阳模式表示的。这并非偶然。这个古老的符号曼陀罗象征着两个相反的起点的相互渗透，它们的团结和斗争，并且令人惊讶地符合蛋白质氨基酸密码的运作。一方面，生物系统必须在遗传和形态方面稳定且自同，必须在地质学的漫长时期内保持其结构和主要功能。然而，另一方面，生物系统有能力并且必须适应环境的长期变化。这正是这种蛋白质遗传密码分为三胞胎同义词和同音异义词的目的。同义词提供了氨基酸编码的丰富性和准确性，而同义词提供了适当的灵活性和适应性，这发生在试验型或探索型每种新蛋白质形式的生物合成中。一个很好的例子是免疫系统，它积累了大量的试验免疫球蛋白，并通过它们的选择，从而保护生物体免受病原微生物、病毒和污染的侵害。三重蛋白密码模型的作者遗漏或忽略了一半遗传密码的同义现象，是这些过程在遗传水平上的基础。蛋白质生物合成过程中遗传信息的同义现象因其理论和哲学理解而变得极为重要，原因如下。同音是含义的一个因素，准确地说，是人造书面文本和口头语言的多重含义。这同样适用于遗传文本。基因文本不是隐喻的，而是真实的，并且可能是用某种通用世界语加密的——基因组理解的语言，但暂时不被人类意识理解。遗传文本方面的要点是，密码子同音异义词的歧义可能会消失，就像一个人阅读带有单词同音异义词的常用文本时发生的那样，例如，band，spring，box，bank等。我们看到这些词的完全正确的语义，这取决于上下文，即考虑到整个文本的内容。从哲学的观点来看，更一般的原则在这里发挥了作用，即部分和整体的范畴。没有整体，部分就无法理解和完全理解。应用于基因文本和蛋白质生物合成过程，它看起来如下：核糖体读取mRNA，作为基因的复制品，在那里它遇到密码子同音异义词。核糖体必须正确解释每个同音异义词，找到其确切含义并将其解码为这个或那个氨基酸，或作为终止密码子，即停止蛋白质生物合成的信号。DNA的语言模型还有一个额外的理论依据。基因文本的语言语法结构和词典与俄语相匹配[6]。

4. 从上述观点对遗传密码的不同理解，我们会得到什么？

同音异义词的确切含义是在核糖体纳米生物计算机（具有思想意识的雏形）感知整个mRNA（上下文）的文本时确定的。这是语言波遗传学（LWG）的关键假设点。从这个角度来看，以下内容至关重要。当我们超越了对遗传过程作为纯粹物理和化学过程的理解的狭隘界限，并意识到它们也具有思想意识的品质时，这是对基因组作为量子生物计算机的更深层次理解的飞跃，它读取并将基因视为真正的文本程序。谁或什么创建了这些程序？这是一个非常特殊的问题。V.I. Shcherbak [7] 进行了出色的研究。在某种程度上，它与我们的研究很接近，因为它不仅证明了基因组的准智能，而且从物理数学和哲学的角度来看，证明了遗传信息创造中的意识智能起源，这是至关重要的和战略上的重要。V.I. Shcherbak分析了编码氨基酸的原子核和遗传密码的密码子的核子组成的定量关系，表明在蛋白质的生物合成中发生了算术运算系统，这也是基因组准智能某些方面的证明。在蛋白质代码V.I.Shcherbak中发现了遗传计算系统，该系统使用零函数。他说这很重要，因为零是一个完全认知的，最终是抽象的概念，它产生了对外部环境的定量测量的协调意识。然后，这些测量结果由内部生物体的遗传计算意识解释。结果，数字（连同字母）成为遗传（蛋白质）密码的组成部分。因此，根据 V.I. Shcherbak 的说法，语言（文本）遗传学中的算术控制是真实的。

Eidelman所做的实验研究提供了一些证据，他将DNA片段的“粘性末端”的快速重新结合作为体外人工DNA处理技术的基本因素，以演示解决所谓的“旅行推销员问题” [8]。然而，这不是最好的例子。实际上，今天，Eidelman的DNA计算是由人执行的，从数十亿个潜在的“解决方案”中决定最终选择，他通过重新关联粘端DNA片段来模拟它[9]。V.I. Shcherbak进一步发展了他的想法，他写道：“如果是这样的话，一些细胞器应该像生物计算机一样工作。因此，我们必须发现它们使用的数字系统”。然后他继续说：“遗传密码似乎与抽象的算术概念比与物理学或化学概念的联系更紧密。染色体连续体本身就是一种生物计算机，同时它不能自给自足，它使用额外的细胞器被纳入细胞和组织计算中。V.I. Shcherbak认为基因组数字计算的二元逻辑是其运行的决定性因素。然而，将数字DNA-RNA的“理解”翻译成类似物形式被他视为次要或从属。如果这是真的，这只是部分正确的。基因组功能的一组战略是全息和文本图像的管理。在普通计算机中，所有信息都以一和零变化的组合学的形式记录。这是信息的编码，它的密码，它代表被密码化的财富，将被破译成文字和图像。染色体量子生物计算机在没有这种原始密码的情况下工作，它使用全息处理信息的原理，以细胞，组织和器官内部状态的现成图像的形式，从基因组全息图接收的状态是生物体实现其内在自我视觉和自我调节的手段。二进制数字逻辑并没有完全废除。例如，在打开和关闭蛋白质和RNA基因时，这是必需的，这也很重要，特别是对于构建蛋白质短语或文本。此外，V.I. Shcherbak的研究是基础性的，具有意识形态的重要性，它首次提供了严格而明确的数学证据，证明蛋白质代码是一个准智能系统，同时也是宇宙语义本质的一个小展示。蛋白质代码的起源可以理解为一种有意识的行为，而不是达尔文进化的结果。

让我们回到对代码一部分的同义现象的分析。F. Crick试图借助他提出的“摆动假说”来解释3'-5'密码子-反密码子对核苷酸的奇怪非常规行为[2]。它介绍了编码蛋白质中密码子与氨基酸间歇性模糊对应的概念，并解释了tRNA反密码子的5'核苷酸与mRNA中密码子的3'核苷酸在翻译成蛋白质过程中非常规随机配对的可能性。换句话说，在蛋白质生物合成过程中，实现了密码子-反密码子核苷酸弱对应的机会，这意味着产生了非常规的碱基对（鸟嘌呤-尿苷等）。根据摆动假说以及代码的一般模型，可以自动得出这样的结论：在一个基因的密码子中，只有前两个核苷酸（双联体）编码蛋白质链中的氨基酸序列。3'-密码子核苷酸不参与蛋白质中氨基酸序列的编码。

这些3'-核苷酸由DNA分子严格决定，但它们允许与tRNA中反密码子的5'-核苷酸进行意外的、随机的非独木舟化配对以转移氨基酸。因此，反密码子的这些5'-核苷酸可以是四种可能的核苷酸中的任何一个。因此，3'-5'-密码子-反密码子对不携带任何基因符号特征，代表填充密码子-反密码子对中“空白空间”的“空间位阻拐杖”。拐杖是一个隐喻，强调3'-5'密码子-反密码子核苷酸对维持mRNA-tRNA复合物稳定性的机械作用。但是这个角色还有第二个非常重要的功能：从反密码子读取密码子的一般含义从同义模式切换到同义并返回。这导致理解密码子同音异义词的确切含义，并防止在选择氨基酸和停止位置时出现潜在错误。如果由于克里克的随机摆动，我们接受了“空间位阻拐杖开关”的想法，那么很明显，mRNA同名密码子（以及同义词）上的3'-核苷酸不参与蛋白质合成的氨基酸编码。乍一看，这是某种基因语义滥用，三重代码模型似乎失去了任何逻辑和明显意义。

为了证实这一点，让我们引用三重密码模型理论的合著者弗朗西斯·克里克（Francis Crick）在他的自传书[3]中： “需要注意的重要一点是，尽管遗传密码具有某些规律性 - 在某些情况下，编码一个氨基酸的是前两个碱基，第三个碱基的性质无关紧要 - 但它的结构在其他方面没有明显的意义。 F·克里克观察到代码的同义退化， 但是他没有看到同名的那个。虽然，他的短语“...它的结构在其他方面没有明显的意义“告诉我们，F. Crick的天才智慧意识到了他的模型的局限性及其模糊性，这与摆动的5'-反密码子核苷酸有关。当mRNA与tRNA一起按照“三选二”规则逐个密码子读取时，这种“核糖体-mRNA-tRNA”复合物必然会破解一个典型的具有语言意义的同音异义问题。否则，蛋白质生物合成过程中的错误就不可避免了。

在他的回忆录中，F.克里克似乎在他的模型中看到了“没有明显的意义”，也许意味着不明显的同义词含义。但再往下，他写道：“...尽管遗传密码具有某些规律”。为什么确定？因为它们只与一半的密码子相关，即密码子同义词，由相同的前两个核苷酸分组（第三个是任何一个），即它只与所有密码子家族的一半相关，即CT，GT，TC，CC，AC，GC，CG，GG同义核苷酸双联家族。它们中的每一个都编码二十种不同氨基酸中的一种，或者是终止密码子。同时密码子的3'-核苷酸与反密码子的5'-核苷酸配对不参与编码，以确保同义。然而，非常重要的是，F. Crick没有具体说明双峰密码子家族的后半部分，无论是在这里还是在他的摆动假说中。它们是TT，AT，TA，CA，AA，GA，TG，AG家族，其中每个家族编码两种不同的氨基酸或氨基酸和终止功能。在这里，我们已经可以看到克里克和尼伦伯格对错误假设的破坏——编码的明确性。而3'-5'-密码子-反密码子对在这些家族中的作用并没有被F. Crick评论。看来，这些奇怪家庭中编码的模糊性使F. Crick感到困惑，并促使他提到他和Nirenberg的模型中缺乏明显的含义。他从不谈论在这些同义词“某些情况”之外发生的事情。也就是说，在这些密码子之外，还有一个奇怪的“晦涩密码子家族”，它们是TT，AT，TA，CA，AA，GA，TG，AG。在F.克里克的论文中找不到这方面的任何内容。

通过这种方式，F. Crick含蓄地提出了一个“晦涩的家庭”内部的编码问题——但它是如何发生的呢？他没有回答他的问题。当代研究者基本上也没有解决这个问题。答案就在与模糊（同名）密码子家族进行操作期间遗传密码（核糖体作为量子生物计算机）的上下文参考假设中，仅在此处提出，以前在[10] [11]中提出。

5. “三分之二”密码子是基因组准智能的标志

让我们问以下问题：“摇摆”可能是随机性的同义词吗？“摇摆”本身是随机的吗？看来“摆动”是伪随机性。让我们证明这个或那个5'-核苷酸在核糖体合成蛋白质过程中同调情况下反密码子中存在的伪随机性的根本重要性。一对3'-5'密码子-反密码子核苷酸在同义的情况下，从表面上看都是“故意的”，而不是随机放入的，作为mRNA“读取”核糖体技术的基因符号特征的元素。原因是蛋白质代码是一种准智能结构。它涉及mRNA文本，这不是隐喻性的（这就是为什么短语遗传文本不在引号中），而是真实的文本，带有思想文本和有意义的命令文本。捕获的“伪”随机性在生物学上是必要的。它使代码变得灵活，允许生物系统进行适应性探索性蛋白质搜索，并在自然选择过程中合成试验蛋白质，从而适应不断变化的环境。蛋白质代码是慷慨、丰富和丰富的代名词。然而，与此同时，它通过其同调性在mRNA的文本水平上成长为其他有意义的遗传编码领域，并且可能，

前 mRNA。

因此，我们有两种蛋白质代码简并策略，它们是同义词和同义词。第一个确保有关氨基酸选择的丰富信息。第二个有助于在相关选择过程中避免模棱两可的情况，当生物体必须通过加入试验氨基酸来适应环境，从而适应蛋白质时。这取决于遗传信息的基本属性——其客观的文本和语言内容，即意义。如果生物体在其规范框架内自动遵循尼伦伯格-克里克的遗传密码模型，那么地球上的生命是不可能的，尽管在这方面一切都相对和平。蛋白质的合成是一个足够准确的过程，因为它采用了可以称为语言学和逻辑学（即意识）的实践。核糖体装置和整个基因组是一个准智能系统，逐个三元组（局部，部分逐个部分）读取mRNA文本三联体，同时将其作为一个整体读取，即连续和非局部。特别是，这种阅读的非局部性，对整个遗传文本含义的上下文感知消除了密码子同音异义的问题。它是如何发生的？

再一次，让我们回到Ulf Lagerkvist的那篇被遗忘和低估的文章，但不是一遍又一遍地批评蛋白质代码的三重模型，因为它在遗传学和整个生物学的发展中发挥了重要作用。我们回到这篇文章的目的是将蛋白质代码理解为一个二元符号系统，一方面基于盲物理和化学，另一方面使用有意义的DNA和RNA文本结构作为基因组的准智能功能。然而，三重代码只是编码的众多子系统之一，用于创建未来生物体的动态图像，也许是最低的子系统。更高的是其他程序 - 全息[12]。

Ulf Lagerkvist是第一个宣布蛋白质代码三重态模型不一致的人，但他不明白其原因[7]。他试图将模型带出死胡同，但失败了。他无法对一个明显且潜在危险的事实提出任何异议，即在体内条件下，核糖体翻译机同样遵守“三分之二”规则，“具有不容忽视的规律性”。然后Lagerkvist写道：“我想说，'三分之二'方法的误读可能会对细胞中蛋白质合成的保真度构成重大威胁。Lagerkvist没有解释他对“不恰当地使用'二选三'方法”的想法，这是一个没有答案的问题。为什么“不是所有”密码子家族？不是“全部”，而是特别是同义词而不是同义词。拉格克维斯特也不明白这一点。虽然，他看到了代码模型中的矛盾，但留下了以以下方式删除它的错觉：“......代码中那些“三分之二”方法可能导致翻译错误的地方（Gariaev：在mRNA中）完全被低概率密码子占据。代码的这种组织以及与具有能够读取密码子所有三个位置的反密码子的tRNA的竞争将有效地防止在可能损害翻译保真度时使用“三分之二”的方法。

这个摘要与实际情况相矛盾，因为50%的密码子是同义的。但是作者只解释了那些密码子“读取密码子中核苷酸的所有3个位置”，即同义词，这是不完整的，因为另一半密码子（同音异义词）被留在了他的分析后面。剩下的一半，密码子同音异义词不能假设很少发生。显然，阅读UUU密码子同音异义词能够给蛋白质合成带来混乱。简而言之，该模型的逻辑矛盾，即使是肉眼可见的，即使在今天，拉格克维斯特和科学界也完全无视。这种忽视是由虚构的舒缓和众所周知的事实所鼓励的，即核糖体在选择氨基酸时几乎没有错误。所有这些都导致了人们认为遗传/蛋白质密码的三重模型是正确的诱惑。尽管如此，在客观分析下，传统代码模型的突出缺点太明显了。

为了克服同义词的死胡同，需要一个简单但战略性的想法：回到语言学并获得上下文的概念，这将消除代码的这个问题。同音异义词仅在上下文中失去歧义，即当一个部分被视为整体的一部分时，它就会变得清晰。在这方面，mRNA上下文（全文）的概念绝不是隐喻性的。渐渐地，追溯性分子生物学家和遗传学家承认使用“次要遗传密码”的概念[13]。让我们引用最杰出的分子生物学家之一L.P. Ovchinnikov的话：“引发密码子只能在特定的背景下看到。如果我们问一个问题，即是否有可能通过具有该mRNA的核苷酸序列，遗传密码表以及知道mRNA翻译从5'端到3'端进行，而蛋白质链从N端到C端生成，从而编写mRNA中编码的蛋白质的氨基酸序列， 那么我们必须对这个问题给出否定的答案。要将密码子识别为起始子，不仅密码子本身很重要，而且上下文将起始子的角色分配给该密码子。真核生物的启动发生...主要来自第一个AUG，但仅在AUG处于最佳上下文的情况下：在它之前必须有两个核苷酸的嘌呤（A或G），并且它之后必须有G。如果真核mRNA中的第一个AUG超出最佳环境，则错过它，并在下一个AUG中发生启动。在真核生物中开始翻译的过程中，扫描mRNA序列以在其最佳环境中定位AUG密码子。

正如我们从这个漫长但极其重要的引文中看到的那样，以RAS院士L.P. Ovchinnikov为代表的经典分子生物学为了处理遗传密码模型的问题，被迫在同名密码子的情况下借用这种上下文的概念。他从本文的作者（然而，没有提到他）和语言学那里借用了这个想法，不幸的是，在隐喻意义上完成了这个想法。他介绍了第二个同样重要的一点，即在mRNA的远处位点上，某些mRNA阻断（帽，poly-А和UTR（未翻译区域））存在远程影响因素，其中核糖体将第一个氨基酸整合到合成的蛋白质链中。这种“读取-扫描”整个mRNA的想法，即mRNA上下文，是必需的。P.P. Gariaev之前已经预测了所有这些解释因素，包括通过RNA和DNA的孤子激发进行多核苷酸扫描的机制[10]。这里应该注意的另一个重要方面是，根据上下文重新解释密码子，这不适合规范三重态模型的Procrustes床，而且核糖体读取mRNA帧移位的因素早已为人所知。

很明显，这种mRNA帧移不能仅用物理和化学来解释，也不能用导致密码子重新解释的远程上下文影响来解释。所需要的是承认基因组的其他符号方面，超越其作为量子计算机的逻辑操作[14]，以及使用终极的，纯粹的智力操作来超越其数学逻辑，这些操作采用零的抽象概念[15]，现在是理解生物学和遗传学的重要新方法。这是指示性的[13]：“...单个顺子中mRNA的读取并不总是连续的。最初假设mRNA中的核苷酸序列总是从起始密码子连续读取到终止密码子。然而，事实证明，在噬菌体T4基因60 mRNA的翻译过程中，可以绕过相当长的序列。在这种情况下，核糖体沿着mRNA从位于UAG终止密码子之前的一个GGA甘氨酸密码子跳到另一个GGA甘氨酸密码子。这种现象的机制尚不完全清楚。这是基因组操作的众多例子之一，超越了现有的规范和教条。果然，这种核糖体“跳跃”应该源于对mRNA含义的真实而不是隐喻的阅读和理解（人们应该知道从哪里跳跃）。这在这里不再有寓言或隐喻的机会。所有这些与三胞胎模型L.P.奥夫钦尼科夫的规范的偏差称为“次要遗传密码” [50]。

这是什么类型的代码？它基于什么原则？一定是关键机制被基因组用作DNA和RNA分子的语言潜力，而DNA和RNA分子实际上是生物全息程序的真正智力结构和/或组成部分。只有在这种情况下，我们才能理解从mRNA文本翻译遗传信息的“一般”定律的例外的真正含义和含义。在DNA中寻找不同密码的积极而强烈的愿望已经使遗传学家假设基因组中有数十种密码。爱德华·特里福诺夫（Eduard Trifonov）以一种有趣而尖锐的方式写下了第二遗传密码的混乱：[http://trv-science.ru/2012/01/17/stolpotvorenie-vtorykh-geneticheskikh-kodov/]。这是对染色体编码困难的困惑的宣言，因为即使是这里讨论的第一个遗传密码也尚未完全理解。让我们在第一个尼伦伯格-克里克遗传密码模型的框架内对这些新基本现象的发现做一个中间总结，这些现象被官方科学陈述（但尚未理解）：

a）不同远程mRNA序列对核糖体读取的密码子的精确理解及其重新编码的远距离上下文影响，

b） 长 mRNA 序列的非局部扫描，

c） 有意义的 mRNA 阅读帧偏移，

d）长距离核糖体沿着mRNA“跳跃”，

e） 密码子的重新编码。

6.“基因组思维”方法

让我们试着理解在上下文情况下会发生什么，包括同名的情况，编码双峰，同时记住Lagerkvist的“三分之二”规则，该规则源于克里克关于密码子中3'-核苷酸摆动的想法（假设）。承认基因组准智能的论点，我们应该以与语言学相同的方式解释遗传同音异义词。也就是说，只有在阅读和理解整个文本（或足够大的一部分）之后，即上下文，无论是人类文本还是遗传文本，同音异义词的信息内容才会变得清晰。例如，如果不了解整个短语或句子，我们就无法理解“乐队”和“春天”等同音异义词的含义。类似地，核糖体翻译准智能系统必须阅读和理解整个mRNA文本或其大部分，以做出准确的决定，选择密码子同音异义词的这个或那个含义（代码），或者做出关于核糖体沿着mRNA链在严格定义的距离上“跳跃”的决定。这适用于重新编码三元组的情况。在这里，上下文的概念可能具有更大的参考，超越了语言框架。例如，在氨基酸饥饿或热休克的情况下，生物系统将关键的生态生化紧急情况视为“情境”，需要立即或耗时的进化适应，随后注入新的情境选择氨基酸，随后合成新的试验蛋白。一般来说，遗传学家和分子生物学家对蛋白质合成的态度可以而且必须发生相当大的变化。这个过程不能再被看作是DNA，RNA，酶，核糖体蛋白质，氨基酸和其他代谢物的纯粹物理化学相互作用。我们有许多关于整个生物体及其部分（tis-sues，细胞和整个基因组）的多维智能的例子。

从历史上看，与蛋白质代码相关的语言术语已经应用了很长时间，并且无处不在。也就是说，从上世纪60年代初开始，当F. Crick和M. Nirenberg开始称DNA分子为文本时。这是一个绝佳的期待;然而，F. Crick和其他大多数人，直到现在都使用这个术语，将DNA，RNA和蛋白质的文本方面理解为隐喻，借用或租赁语言学的知识渊源。让经典遗传学家暂时假设这些应用于染色体装置的术语不是隐喻。然后逻辑将强烈表明蛋白质合成系统和基因组具有次要的意识和智力或生物计算形式的等价物[14] [16]，承认自然意识将真实的物理化学和量子行为结合在一个超级复杂的蛋白质合成代谢网络中。

虽然体内基因组计算的想法只不过是一个模型，而且这个模型比仅仅将蛋白质生物合成仅仅视为化学物理和生物化学要发达得多。基因组是智能的，在自己的规模和自己的范围内。这种意识形态的起源可以追溯到亚里士多德的预言[http://www.bibliotekar.ru/brokgauz-efron-ch/166.htm]和德里施[http://vikent.ru/author/2259/][17]。对于这个转折点，即回到“因果结局”公式的新水平，经典遗传学还没有准备好。这限制了生物学家的思维，这是适得其反的。它是停滞的，我们都看到了它的结果：传统的遗传学和医学不能也不会用旧的理论基础战胜癌症、肺结核、艾滋病、衰老等。但是有一条出路。它在于认真考虑基因组的新生物符号学或表观遗传学模型，这是本研究的主题。在这个方向上已经做了很多工作。遗传学的生物符号学方面在谢多夫和切巴诺夫的著作以及一些外国研究人员中得到了很好的代表[http://www.zanoza.lv/blog/gordon/430]。他们不仅看到了基因组的文本方面，还看到了它的美学方面：“在DNA的许多区域，他们发现了副歌，这是”带有变化的曲调“，有节奏和有意义的迭代，类似于同音异义词，诗歌押韵和音乐主题”。

DNA蛋白音乐现象值得特别注意。在西方世界，这种DNA和蛋白质“音乐”的生产和销售已经达到了大规模。DNA和蛋白质序列中的核苷酸和氨基酸根据特定算法用注释指定。结果，他们得到的不是一堆混乱的声音，而是和谐和音乐般的东西。尝试将这些声音用于治疗目的。互联网上任何现有的搜索引擎都会提供“DNA音乐”或“蛋白质音乐”的链接列表。商人无视遗传科学，不负责任地利用对遗传结构的波浪、音乐和符号功能的不完整理解来牟利。听这种没有适当控制并预见可能的后果的“音乐”非常危险，因为这可能会将几乎不为人知的波信息载体引入我们的代谢“DNA-蛋白质反应器”。

在自然突变过程（随机场）中可以观察到基因组的一些智能，其中混沌，随机过程被认为占主导地位，尽管混沌的概念，因为绝对随机性已成为过去。在DNA被发现之前，混沌突变过程据称构成了进化的基础，而“生物特征的模糊变异性”，根据达尔文的说法是进化的“原材料”。值得记住的是，达尔文在他生命的尽头意识到并承认，将随机变异性视为进化的基础是虚构的。如果蛋白质代码包含并使用严格的智力结构，如文本、阅读、识别、确定、数理逻辑等，那么承认似乎是很自然的，至少在其假设形式中：基因组和蛋白质代码都是用思想意识创造的，基因组是智能的。

染色体DNA操作中的随机过程得到了优化，也许随机过程和决定论之间存在妥协。基因组突变的随机性已经得到了很好的研究。如果这种DNA突变影响蛋白质和RNA编码染色体区域（真染色质），或者在据称“非编码”染色体DNA（异染色质）突变的情况下，它们是中性的，则主要是有害的。令人惊讶的是，如果细胞控制语义方面，突变就会变得有益，并有助于智能的非达尔文进化[18]。这种突变，由生物系统本身特别选择和实施，很难说是随机的。这些突变不一定为长期进化提供原材料，或者它们可以在生物系统的单个生命周期内快速参与。这些组合是有机体故意设定的。从免疫遗传学研究的结果中可以清楚地看出;其中抗体的氨基酸序列，称为Wu-Kabat序列（图），由B淋巴细胞有意识地，深思熟虑地和预防性地选择[14]。Wu-Kabat氨基酸序列多样性是免疫球蛋白抗体抗原结合区V（D）J基因超变异性的结果。正如人们所假设的那样，这种超变异性是由基因组有目的地（有意识地）和初步设置的，以在分子水平上“识别”抗原。首先，细胞及其基因组以某种神秘的方式扫描抗原，然后确定一组V（D）J基因的重组，用于定向选择参与免疫球蛋白抗原结合序列的编码氨基酸。V（D）J基因的行为与新达尔文主义的教条相矛盾，即种系中基因变异性的全部甚至在选择发生之前就已经存在。但请记住，在V（D）J基因的操作过程中，没有关于氨基酸选择的确切和即时的“决定”（没有完全确定性），但是，也没有绝对的随机过程，因为突变是由生物体本身控制的（设置）。换句话说，试验突变集与免疫球蛋白中的抗原结合结构之间存在直接和反向关系。随机性和规律性在这里是平衡的。

蛋白质遗传密码是由智能创建的。让我们跟随斯宾诺莎和纳利莫夫，考虑宇宙是自身的原因（“causa sui”）以及语言学的，即智能[19] [20]。然后免疫感受态细胞及其基因组有目的地、智能地利用随机性，创建具有某些语义的相关遗传文本，从而产生足够的免疫反应。

自然，这种基因组智能在给定和有限的免疫问题范围内运作，其范围是人类大脑的智能无法比拟的。因此，这证明了生物系统分形的一般概念，包括基因 - 细胞 - 组织 - 器官和生物体智能。我们看到同一智力、意识和心态现象在不同尺度上的非线性、分形迭代，这取决于生物系统组织的考虑水平。这些水平是生物体，器官，组织，细胞和基因组。智力、意识和心态可以看作是生物系统与环境进行自我调节的方式，以确保其完整性、生存和进化。言语手段（大脑/大脑皮层）和准言语（基因组）智力是实现这一目标的方法。

人们会受到泛神论的启发，并认为遗传装置和所有生物体都是造物主行为的结果。因此，有机体中的一切都是智能的。我们可以把它留在那里。但这是极端的，因为这样我们就对一切有一个答案，但没有详细的东西。这是一个通用的“黑匣子”。任何问题都可以被要求输入，并提供与输出相同的所谓正确通用答案。这是不正确的。需要基于语言波遗传学（LWG）对染色体操作进行真正的研究。已经取得了有希望的结果，这些结果将在 www.wavegenetics.org 简要介绍。例如，已经进行了眼睛视网膜的再生，恢复了视觉，从现在开始，将受伤的脊髓和大脑再生到其全部功能是可行的。所有这些成就都有相同的核心——基于对遗传装置运作的完全不同的理解，对干细胞基因组进行编程。前景远远超出了医学：推出量子生物计算机，通过染色体的准智能运行;创建生物互联网;深空通信等的发展所有这些成就和机会都是可能的，不仅因为遗传信息的语言方面，而且由于其量子，波的维度。这些属性是生物系统的染色体装置所固有的，作为一种作为DNA和RNA的波当量（幻影）作为基因组量子生物计算机的最高信息系统的能力[21]。

7. 新型核酸记忆——遗传编码的新策略

7.1. DNA 和 RNA 幻影

DNA幻影形成现象是由P. P. Gariaev于1984年在苏联科学院物理和技术问题研究所发现的[7] [12]。这种现象是关于DNA在机械移动到另一个位置后留下的痕迹。痕迹留在物理DNA的原始位置。关联激光光谱的方法允许通过记录不仅来自DNA分子的光扩散，而且从DNA痕迹（所谓的DNA模型）中记录光扩散来检测其。这些DNA痕迹 - 幻影显示出对试图用纯氮“吹走”的抵抗力，它们消失了，但在5-7分钟后再次回来。他们“活”了大约40天。40 天后，设备无法再注册它们。使用同样的方法，1990年，斯坦福大学的R. Pecora团队在DNA的短限制性片段溶液中发现了相同的现象。这种DNA制剂的光扩散与物理学和数学的经典术语所期望的有所不同。作者注意到了这种区别，但没有解释，然后被命名为“模仿尘埃效应” [22]。在这些实验中，当激光束扫描时，只有没有任何杂质的DNA限制性片段溶液表现出一种奇怪的行为，就好像它含有一些外来的尘埃状颗粒一样。

这种模仿的灰尘使作者感到困惑，他们未能找到任何合理的解释来解释这种异常。也许，与我们在这种情况下相同的解释也适合他们。在DNA片段在水中的布朗运动过程中，它们会留下痕迹 - 幻影，这为光扩散提供了这种额外的异常贡献。

类似的东西是典型的RNA分子。马克斯普朗克研究所的一个研究小组在诺贝尔奖获得者M. Eigen和其他研究人员的指导下发现，酶Qb复制酶（RNA依赖性RNA聚合酶噬菌体Qb）能够在没有RNA模板的情况下以100-300个核苷酸（所谓的6S RNA）的短片段形式合成RNA分子[23]。从分子生物学和物理学的角度来看，这基本上是不可能的。对RNA杂质的严格控制表明它们完全不存在。重要的是，RNA的异常合成不会像使用通常的RNA模板时那样立即开始，而是在8小时的滞后期之后。也许，在这种情况下，RNA幻影的功能与所谓的DNA幻影相似。这种无模板的幻影6S RNA合成尚未得到解释。

这种DNA和RNA幻影的自然和生物学作用是什么？已经根据全息术原理进行了解释这一点的首次尝试[24]。将这些现象视为偶然的副作用是不合理的。DNA幻影具有强大的调节功能也有直接的实验证明。当光谱仪中的天然DNA制备物通过暴露于热（~90摄氏度）而变性以诱导其特殊的动态行为时 - 然后逐渐冷却到20摄氏度然后去除，然后DNA模型诱导位于同一冷却光谱仪中的相同天然DNA的另一种制备，表现得好像该制剂也经历了变性[12] .由于天然生成的DNA模型的多态性和可预测性很小，因此很难使用它们。

我们已经开发了激光生成DNA模型和伴随二次辐射的技术，使用特殊的氦氖激光器扫描DNA制备[11] [24]。二次辐射被命名为调制宽带电磁辐射（MBER）。发现MBER-DNA-Phantoms可以长距离传输活跃的形态发生信息。在莫斯科（2000），多伦多（2001）和下诺夫哥罗德（2007），这种现象使我们能够成功地在人工Alloxan毒素诱导的糖尿病后进行大鼠胰腺的远程再生[25] [26]。这是由一个独立的研究小组认证的[27]。

2010年，诺贝尔奖获得者吕克·蒙塔尼耶（Luc Montagnier）的团队进行了DNA模型的生成和远程传输，但是，他们使用了自己的方法[28]。Luc Montagnier等人从DNA的短片段（102个核苷酸对）中读取一些电磁信息并将其传输到纯水中，后来他们使用核苷三磷酸盐对DNA的原始短片段进行了复制和扩增反应，没有DNA的材料模板。与Qb-repli-case无模板RNA合成相比，这是基于其电磁模型的DNA无DNA模板PCR合成。Luc Montagnier等人没有提供他们检测物化DNA模型的方法的任何细节，据我们所知，没有人重复他们的实验。我们已经提供了获取MBER-DNA-Phantom的技术方法及其在DNA无模板PCR合成中的应用[29]。L. Montagnier团队发现的DNA幻影的性质从物理学的角度来看仍然不完全清楚。我们生产的MBER-DNA幻影可以从全息术的角度进行解释[14]。也许，DNA和RNA幻影是一种染色体的表观遗传量子衍生物，就像古尔维奇的生物场理论一样;这可能是遗传信息的主要储存库。MBER-DNA-幻影的生物（遗传）活性已被我们和其他独立研究人员证明[26] [30]。值得注意的是，M. Pitkanen的观点是，遗传密码和DNA幻影可以从几何拓扑动力学的角度解释为宇宙计算的表现[31]。

7.2. DNA、核糖体和胶原蛋白的非线性动力学

1984年，在苏联科学院物理和技术问题研究所，应用激光相关光谱，P. Gariaev发现了DNA，核糖体（大肠杆菌的50S亚粒）和胶原蛋白的反复记忆现象[7] [12]。具有严格周期性的DNA，核糖体和胶原蛋白的体外制备产生了时间自相关函数形式的同构振动谱。事实上，这些准备工作辐射出具有迭代频谱内容的声场，与非迭代交替。非线性振动系统中的这种行为被称为“费米-意大利面-乌拉姆复发”（FPU），以物理学家的名字命名，他们在1956年发现了这种现象[32]。这是至关重要的，被认为是非线性系统初始激励模式的记忆，并且是孤子类型（非耗散孤立波，既不先于也不在另一个此类扰动之后）。在长距离输电线路、神经冲动、电磁发生器、DNA、核糖体和胶原蛋白的振动动力学以及许多其他波过程中都可以观察到 FPU 复发。

我们设计了一种电磁发生器，其辐射光谱发生FPU复发。有了这个，我们成功地实现了从非洲爪蟾胚胎的形态发生信息的远程传输到非洲爪蟾早期原肠外胚层的制备，随后发生了一组神经和中胚层衍生物的形态发生 - 神经管，肌肉和肠的前身[7] [10]。事实上，这是早期原肠胚层全能细胞的第一次远程电磁编程，也是以物理场形式存在遗传信息的证明之一，正如 A.G. Gurvich 在上世纪 20 秒至 40 秒预测的那样。染色体DNA水平上的FPU复发可以被认为是循环波表观遗传记忆的一种形式，它被生物系统用来再生器官和组织 - 人类肝脏，蟹爪，头足类动物的触手，涡虫的身体，植物再生等。

7.3. 微核糖核酸（miRNA）。潜在角色

存在相当大的一类所谓的miRNA[http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA]，它们长21-22个核苷酸。这种短的聚核糖核苷酸本身几乎无法承载任何信息。但尽管如此，miRNA的重要性仍然非常高，并且可以对基因表达产生积极和消极的影响，这取决于miRNA-mRNA配对如何影响mRNA的二级结构，从而也直接或间接地控制其他调控因素的结合。一些miRNA可以调节非编码RNA的活性。MicroRNA也可能在不与核酸靶标配对的情况下发挥作用，例如，通过与其他RNA竞争蛋白质结合。微RNA是一大组结构元件，其功能通常是众所周知和重要的，但调控miRNA本身的战略机制尚不清楚。尽管具有微小的尺寸，miRNA执行重要的调节工作，例如抑制mRNA翻译而不会破坏其稳定性。今天，关于miRNA强大调控功能的新实验数据正在迅速增加。这对研究人员来说是一个问题，因为目前尚不清楚miRNA是如何，什么或由谁调节的，因为本质上它们执行调节生物系统中代谢的准智能工作。这是关于小成分如何调节新陈代谢的无数战术变体的伟大理论问题的一部分。在这方面，miRNA也不例外。

与miRNA本身的调控问题类似，是移动遗传元件的准确转位，tRNA准确而遥远地易位到相关密码子，抗原抗体识别，限制性内切酶识别结合位点，病毒受体在细胞膜上寻找结合位点，以及p53蛋白靶向其多个操作位点的含义， 等。我们可以举出无数在细胞内液晶基质空间内准智能组织相互作用的例子。这是分子尺度的。然而，在群体行为的层面上也可以看到同样的情况，例如蜜蜂在建造梳子时互动，蚂蚁创造巢穴，白蚁创造山丘等。这是某种“集体无意识”或高级组织智能原则的表现吗？不知道。也许，对这种现象的简单解释在于语言波遗传学的原理。通过假设遗传文本的短语不是隐喻，我们自然而然地必须接受这种文本的语法概念，不一定与人类语言相似，根据N.Khomskiy的说法，人类语言是普遍的。

[http://www.textfighter.org/raznoe/Linguist/homsk/homskii_n_aspekty_teorii_sintaksisa_lingvistiki.php]。遗传文本的语法就像“通用世界语”一样，有其自身的特定特征，将它们与自然语言区分开来，但与之相关[28]。我们可以假设miRNA代表了一个复杂的遗传文本标点符号和其他符号符号生成系统，这为意义设定了新的领域，这取决于DNA和RNA的文本靶标如何受到miRNA的影响。如果我们将基因组视为量子生物计算机，执行意识智能和语音（文本）的基本行为，这是合理的[21]。

7.4. 三胞胎蛋白密码简并同义策略的存在能否通过实验证明？

本研究的主要思想是，蛋白质合成（遗传密码）的经典模型包含对蛋白质三重密码的双重同义-同义简并的误解的战略错误。在科学文献中，没有关于密码子-密码子mRNA共线性以及由它们编码的所得蛋白质组成中的相应氨基酸和终止位置的详细证据。如果有详细的证据，就可以明确非同义密码子（同音异义词）的作用。唯一已知的病例是镰状细胞性贫血中血红蛋白（HbS）蛋白中的密码子和氨基酸替代，尽管已经进行了许多关于密码子替代的工作，但根据现有的科学文献，尚未进行共线性的比较分析。

有了一定程度的置信度，我们可以预测不同蛋白质的相同密码子同音异义词，甚至在大蛋白质的mRNA中，会（以一定百分比）编码不同的氨基酸或终止位置，这取决于mRNA的背景。这将是蛋白质代码模糊简并的理论论据之一。虽然，蛋白质代码模型的作者从一开始就通过实验证明了同义编码的模糊性，因为他们证明了UUU密码子同时密码苯丙氨酸和亮氨酸，这与他们明确编码蛋白质氨基酸的教条相反。最近有进一步的证据，UGA密码子可能同时编码一种变形虫中的硒代半胱氨酸和半胱氨酸，并且作为同音异义词，它破译了动物细胞中的停止位置[33]。此类出版物的数量将不可避免地继续增长。

一半密码子的同义可以间接证明，无需昂贵的实验，遵循以下逻辑。具有小上下文大小的短mRNA将编码的不是单个肽，而是几个肽，因为随着mRNA的缩短，其上下文歧义也会增加，例如，对于像“条带”这样的词。如果没有上下文，这个同音词将有几个潜在的含义。如果您添加字母“ha”并具有“ha...band“——语境太短，含义不会被揭示，歧义会保留，但如果你有”发带“，含义的歧义就会消失，让我们有明确的意义——我们说的是哪个乐队变得很清楚。

根据[34]的研究结果，作者使用两个七密码子RNA模板实现了额外肽级分的生物合成。也就是说，使用了两个生物学功能（上下文）不清楚的短人工mRNA序列。他们预先确定了两种以上肽的生物合成，这是不寻常的。合成的体外肽获得的质谱图的展宽增加证明了这一点，这证明了具有可变氨基酸组成的额外“计划外”肽的合成。除此之外，在质谱中还发现了其他峰，显示质量偏差。这也证实了“计划外”肽的合成。这也说明了关键点 - 多种肽的上下文依赖性合成。在具有已知生物学功能的纯肽的对照光谱中未观察到类似的质量偏差。这种方法可能是证明蛋白质（遗传）密码简并的同义策略的关键。

证明基因组其他表观遗传功能的另一种策略是由Lolle等人的研究[35]提出的。这项研究在遗传学上引起了很大的干扰，因为它的发现质疑了孟德尔看似无可争辩的定律。关于这个问题的讨论已经进行了十多年。作者的观点是，“拟南芥”植物是隐性突变基因HOT HEAD5（HTH）的纯合子，可以遗传等位基因特异性信息，这些信息在其父母的基因组中不存在，但在前几代中已经存在。这证明了一个早期的未知过程，它发生在所考虑的DNA序列的所有多态性中，因此，似乎是额外基因组遗传的通用机制。作者假设“这些恢复的遗传现象是使用序列模板的神秘存储”RNA缓存假说“（”隐藏RNA“）的模板定向机制的结果。请注意，这种“隐藏的RNA”尚未被发现。

从语言波遗传学的角度来看，这种现象有两种解释。第一个是突变基因的位点包括基因本身，被可变核苷酸组成的DNA序列包围。这些序列为 mRNA 提供了不同的上下文，包括那些改变同音异义三元组含义的序列，尽管该同音异义三元组在编码双联体的 mRNA 序列中具有核苷酸稳定性。因此，与初始突变体相比，该基因的蛋白质产物将包括另一种氨基酸（或触发停止位置）。这将是另一种可能导致植物表型恢复到其祖先形式的蛋白质。不幸的是，作者没有给出HOTHEAD基因的密码子逐个分解，并且不知道突变的密码子是代表同义词还是同音词。尚未对突变体和祖先基因的蛋白质产物进行比较测序，这可以显着帮助确定同音异义词在代码中的作用。拟南芥表型逆转的另一种解释是，祖先基因以幻影DNA或RNA的形式存在，并通过植物的复制系统实现，因为它发生在体外[29] [36] [37]。重要的是，DNA模型在时间和空间上是稳定的，并且可以通过PCR系统（未发表的数据）一致地复制（具体化）。

8. 结论

在其存在的 50 年中，F. Crick-M 的教条化被封圣。Nirenberg的蛋白质遗传密码三重模型，与基因组操作的新实验事实和新的理论分析相矛盾。以前的代码模型的主要缺点是误解和否认代码的模棱两可的同义词-同义词退化，即真正的语言方面，即准智能。实际上，这导致了“基因工程”——对染色体DNA文本的灾难性操作。现在我们有对人类有危险的产品——转基因食品，以及具有人工基因组的Synthia。过时的遗传学和分子生物学的另一个局限性是，即使是对三重蛋白密码的正确解释也只是冰山一角。还有其他层次的“额外基因组编码”，称为表观遗传学，然而，这些也保留在旧的和不正确的蛋白质代码模型的Procrustean床中，寻找相同的，不太了解的蛋白质合成设备的新调节机制。

彼得·彼得罗维奇·加里亚耶夫（21，60）“>21]。这里的未来是研究DNA和RNA的幻影功能。遗传学的未来在于探索DNA操作的量子非局域性原理，揭示自己为FPU，全息和幻影类型的DNA记忆，这些是生物系统起源及其再生能力的主要指令。现在是时候更深入地研究基因组的这些特殊的、新的、反射性的功能了。这是对人类进化的全新水平的超越。

附录：遗传密码表

References

1. Gurvich, A.G. (1944) The Theory of the Biological Field. 28.   [Citation Time(s):1]

2. Crick, F.H.C. (1966) Codon-Anticodon Pairing. The Wobble Hypothesis, 19, 548-555.   [Citation Time(s):3]

3. Crick, F.H.C. (1989) What Mad Pursuit. A Personal View of Scientific Discovery. Basic Books, Inc. Publishers., New York.   [Citation Time(s):2]

4. Nirenberg, M. and Krik, F. (1964) T. LXXXII, Nauk. Physics of Our Days. http://ufn.ru/ufn64/ufn64_1/Russian/r641c.pdf   [Citation Time(s):1]

5. Lagerkvist, U. (1978) “Two out of Three”: An Alternative Method for Codon Reading. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 75, 1759-1762. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.75.4.1759   [Citation Time(s):1]

6. Grinevich, G.S. (2001) Beginnings of Genetic Linguistics. M. Ed. Chronicle. Monograph, 320C.   [Citation Time(s):1]

7. Gariaev, P.P., et al. (1991) Hologrphic Associative Memory of Biological Systems, Proceedings SPIE―The International Society for Optical Engineering. Optical Memory and Neural Networks, 1621, 280-291.   [Citation Time(s):5]

8. Adleman, L.M. (1994) Molecular Computation of Solutions to Combinatorial Problems. The First DNA Computing Paper. Describes a Solution for the Directed Hamiltonian Path Problem. Science, 266, 1021-1024. http://dx.doi.org/10.1126/science.7973651   [Citation Time(s):1]

9. Gariaev, P.P., Macedonian, S.N. and Leonova, E.A. (1997) Biocomputer on Genetic Molecules as Reality. Information Technology, 5, 42-46.   [Citation Time(s):1]

10. Garyaev, P.P. (1997) Wave Genetic Code. Izdattsentr, Moscow, 107c.   [Citation Time(s):3]

11. Garyaev, P.P. (2009) Linguistics Wave Genome. Theory and Practice. Kiev. Monograph. 216 p.   [Citation Time(s):2]

12. Garyaev, P.P. (1994) Wave Gene. Russian Academy of Sciences, Moscow, 279 p.   [Citation Time(s):4]

13. Ovchinnikov, L.P. (1998) What and How Is Encoded in the mRNA. Moscow State University, Soro-Sovski Educational Journal, No. 4, 10-18. http://bio.fizteh.ru/student/files/biology/bioarticles/f_4ai2   [Citation Time(s):3]

14. Kabat, E.A., et al. (1977) Sequence of Immunoglobulin Chains. US Department of Health, Education and Welfare.   [Citation Time(s):4]

15. Shcherbak, V.I. (2003) Arithmetic inside the Universal Genetic Code. BioSystems, 70, 187-209. http://dx.doi.org/10.1016/S0303-2647(03)00066-2   [Citation Time(s):1]

16. Garyaev, P.P., et al. (2007) Theoretical Models of Wave Genetics and Reproduction Wave Immunity in the Experiment. New Medical Technologies, New Medical Equipment, No. 11, 26-70.   [Citation Time(s):1]

17. Prangishvili, I.V., Garyaev, P.P., et al. (2000) Radiated Emission Spectroscopy Localized Photons: Exit to Quantum Nonlocal Bioinformatic Processes. Sensors and Systems, 9, 2-13.   [Citation Time(s):1]

18. Steele, E., Lindley, R. and Blanden, R. (2002) What If Lamarck Rights? Immunogenetics and Evolution. M., Mir, 237 p.   [Citation Time(s):1]

19. Nalimov, V.V. (1989) The Spontaneity of Consciousness. Probabilistic Theory of Meaning and the Meaning Architectonics-Leach of. M. Prometheus, 287 p.   [Citation Time(s):1]

20. Spinoza, B. (1677) Ethics.   [Citation Time(s):1]

21. Gariaev, P.P., Birshtein, B.I., Iarochenko, A.M., Marcer, P.J., Tertishny, G.G., Leonova, K.A. and Kaempf, U. (2001) The DNA-Wave Biocomputer. In: Dubois, D.M., Ed., “CASYS”―International Journal of Computing Anticipatory Systems, CHAOS, Liege, Belgium, 290-310.   [Citation Time(s):3]

22. Allison, S.A., Sorlie, S.S. and Pecora, R. (1990) Brownian Dynamics Simulations of Wormlike Chains: Dynamics Light Scattering from 2311 Base Pair DNA Fragments. Macromolecules, 23, 1110-1111.   [Citation Time(s):1]

23. Biebricher, C.K., Eigen, M. and Luce, R. (1981) Product Analysis of RNA Generated de Novo by Qb Replicase. Journal of Molecular Biology, 148, 369-390. http://dx.doi.org/10.1016/0022-2836(81)90182-0   [Citation Time(s):1]

24. Gariaev, P. and Pitkanen, M. (2011) Model for the Findings about Hologram Generating Properties of DNA. DNA Decipher Journal, 1, 47-72. http://scireprints.lu.lv/160/   [Citation Time(s):2]

25. Gariaev, P.P., Tertyshniy, G.G. and Tovmash, A.V. (2007) Experimental Studies of in Vitro-Sky Holographic Display and Transfer of DNA Complexed Sinformatsiey Her Environment. New Medical Technology, 9, 42-53.   [Citation Time(s):1]

26. Garyaev, P.P., Kokaya, A.A., Mukhina, I.V., Leonova-Garyaeva, E.A. and Kokaya, N.G. (2007) Effect of Electromagnetic Radiation Modulated by Biostructures on the Course of Alloxan-Induced Diabetes Mellitus in Rats. Bulletin of Experimental Biology and Medicine, 143, 197-199. http://dx.doi.org/10.1007/s10517-007-0049-3   [Citation Time(s):2]

27. Ostrovsky, Y., Tertyshniy, G.G. and Eventov, V.L. (2014) MANAGEMENT Normalization of Functioning of the Cells of the Organism. http://hologrammatrix.com/index.php/8-stati/2-up-r-avl-e-nie-n-o-r-m-a-l-i-z-a-ts-i-ej-f-un-kts-ioni-r-ov-a-niya-k-l-e-t-ok-o-rg-a-n-i-z-ma   [Citation Time(s):1]

28. Montagnier, L., Lavallee, C. and Aissa, J. (2012) Remote Transmission of Electromagnetic Signals inducing Nanostructures Amplifiable into a Specific DNA Sequence. US Patent No. WO 2012 142565 A2.   [Citation Time(s):2]

29. Gariaev, P.P., et al. (2014) Materialization of DNA Fragment in Water through Modulated Electromagnetic Irradiation. Preliminary Report. DNA Decipher Journal, 4, 1-2.   [Citation Time(s):2]

30. Gariaev P.P., Kokaya, A.A., Mukhina, I.V., Leonova-Garyaeva, E.A. and Kokaya, N.G. (2007) Effect of Electromagnetic Radiation Modulated by Biostructures on the Course of Alloxan-Induced Diabetes Mellitus in Rats. Experimental Biology and Medicine Bulletin, 143, 155-158.   [Citation Time(s):1]

31. Pitkanen, M. (2010) The Notion of Wave-Genome and DNA as Topological Quantum Computer. http://tgd.wippiespace.com/public_html/pdfpool/gari.pdf   [Citation Time(s):1]

32. Fermi, E., Pasta, J. and Ulam, S. (1955) Studies of Nonlinear Problems. Physics Report.   [Citation Time(s):1]

33. Turanov, A.A., Lobanov, A.V., Fomenko, D.E., Morrison, H.G., Sogin, M.L., Klobutcher, L.A., et al. (2009) Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon. Science, 323, 259-261. http://dx.doi.org/10.1126/science.1164748   [Citation Time(s):1]

34. Garvin A.M., Kenneth, C.P. and Larry, H. (2000) MALDI-TOF Based Mutation Detection Using Tagged in Vitro Synthesized Peptides. Nature Biotechnology, 18, 95-97. http://dx.doi.org/10.1038/72013   [Citation Time(s):1]

35. Lolle, S.J., Victor, J.L., Young, J.M. and Pruitt, R.E. (2005) Genome-Wide Non-Mendelian Inheritance of Extra-Genomic Information in Arabidopsis. Nature, 434, 1-4.   [Citation Time(s):1]

36. Garyaev, P.P., et al. (2014) Method of Producing PCR Product of DNA Using Wave Replicas of DNA (Genes) and the Device for Its Implementation. 2014/06578. 8 September 2014.   [Citation Time(s):1]

37. Gariaev, P.P., et al. (2014) Materialization of DNA Fragment and, Wave Genetics in Theory & Practice. DNA Decipher Journal, 4, 1-56.   [Citation Time(s):1]