【PDB-101】2020年10月 月度分子:辣椒素受体TRPV1【搬运·翻译】
——TRPV1是个参与痛觉感受的热敏感离子通道

你有没有好奇过为什么有的胡椒尝起来很辣?这些植物之所以吃起来辣,是因为含有用来保护自己的化合物,比如辣椒中的辣椒素(capsaicin)和黑胡椒中的胡椒碱(piperine)。我们有个神奇的离子通道名叫TRPV1,既会被辣椒素这样的小分子激活而开放,也会在温度过高时开放。它参与我们对热觉和辣味的感知,而且让这两种刺激带给我们相似的感觉。
“热”门第一
TRPV1是瞬时受体电位(transient receptor potential, TRP)离子通道超家族的一员。这一大家子通道负责对五花八门的物理与化学刺激作出反应,包括而不限于冷刺激、薄荷醇等带来清凉感的化合物、酸刺激、有生物活性的脂类,等等。TRP通道们有着相似的长相,都由四个相同的亚基组成,在刺激信号的指挥下开开关关,调节阳离子的跨膜流动。TRPV1中的“V”代表香草素类(vanilloid)——一群能与这类通道结合的化合物,其中包括辣椒素。
冷冻电镜与纳米盘
PDB条目5is0中的TRPV1与一个同辣椒素长得很像的分子结合在一起。这个分子挤在通道亚基间的口袋里,和其中一个调节通道门控的闸门离得很近。研究者纯化出通道蛋白,将它插入脂质纳米盘中,然后用冷冻电镜解析出了它的结构。你如果去EMDataBank(EMD-8119)查看这一结构的冷冻电镜图谱的话,就能看见围绕着通道蛋白跨膜区段的脂质纳米盘。
收集钙离子

TRPV5的功能稍有些不同。它位处我们的肾脏,帮助我们重吸收钙离子,防止太多钙从尿液中丢失。不像TRPV1一样,TRPV5通常情况下都是打开着的(ATP发神经:我家通道常打开~),钙离子就通过它从尿液流入肾小管细胞。不过,如果钙太多了的话,钙离子的感受器钙调蛋白就会去找到TRPV5,命令它禁止钙离子通行,就像PDB条目6dmw给我们在这儿展示的情况一样。
探索结构:关闭与开放的TRPV1

托冷冻电镜的福,研究人员已经捕捉到了TRP通道们在许多不同状态下的结构。PDB条目5irz是关闭着的TRPV1通道,其中央孔道周围的好几圈氨基酸堵死了这条给离子出入的道路。而在条目5irx当中,通道被两种毒素(紫色和梅红色的分子)强行维持在开放状态,上述那些氨基酸残基也都纷纷挪开,给离子让出了一条通路。若你想探索更多细节,请去官网查看可互动的JSmol文件。

2018、2019、2020连着三年的12月份月度分子都是当年的诺奖内容——18年是酶的定向进化,19年是低氧诱导因子,20年是丙肝病毒蛋白酶/解旋酶。然而这个12月必诺奖规律在2021年断了,为什么呢?或许部分原因是去年的生理学或医学奖是热觉和触觉受体,而这俩玩意儿在以前的月度分子里就已经讲过了……(而且,去年化学奖终于不是理综奖了。)之前因为别的事,我有超长一段时间没翻过PDB-101的东西。最近两天比较闲,想着趁春节爆肝一波,而作为一个离子通道爱好者,新春佳节的科普当然要从离子通道开始(?)。就在我不知道该先翻译哪个的时候,放眼望去,最近一期与离子通道相关的月度分子就是TRPV1,嗯非常好就它了。(??)接下来我应该会再投几个通道的科普翻译,预计下一个会是和可爱的TRPV1一起得了诺奖的Piezo机械门控离子通道。By the way,这篇刚好是第250篇月度分子,不晓得TRPV1知道之后会作何感想。(……)
话说回来,四聚体通道(像这里的TRP超家族,以及电压门控钾通道、ryanodine受体之类 )和拥有四个相似结构域的通道(电压门控钠/钙通道之类)的俯/仰视图是真的很好看,有种旋转对称的美感,甚至很适合做往门上贴的那个福字的背景。(???)
好了,扯淡结束。因技术与能力限制,请前往原网页以查看原文中所有超链接以及可互动的JSmol文件。
照例墙裂推荐各位去PDB-101官网查看原文,顺便探索一下这个干货满满的科普平台。
专栏封面来源:https://en.m.wikipedia.org/wiki/TRPV1
作者:David S. Goodsell
搬运·翻译·扯淡:不知名非专业离子通道爱好者ATP
原文网址:https://pdb101.rcsb.org/motm/250
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