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R|SSR分子标记结果转化为0,1数据矩阵——单倍体

2023-05-03 14:04 作者:伏见锁骨上的印记_  | 我要投稿

        去年写的是二倍体的SSR数据转0,1。代码倒也不是不能跑单倍型,但是会存在多统计一个空值的情况,因此需要在过滤数据的时候加上过滤空值,这样就可以正常统计。

增加的一个过滤代码

        目的:本文的代码是直接针对单倍体数据进行处理,将单倍体的SSR分子标记数据转为的0,1数据矩阵。

        解决思路:使用R对数据进行处理。原始数据读取→分析分子标记等位变异数n→将其转化为0,1数据矩阵。

一、加载需要的R包及读取数据

数据

二、提取每一列的数据,进行位点统计并转化

这里输出的文件在R中是:

txt格式是:

三、最后的数据转化

最后是需要手动调节的部分,把样品信息粘贴到最左侧。

R中界面有一个这样的统计,这里就是统计了每个引物的变异数。对应到输出的文件就是V1-V7表示的是SSR107的等位变异。V8-V26表示的是SSR125的等位变异。

【最复杂的代码,做最简单的事。】

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