欢迎光临散文网 会员登陆 & 注册

祖先分布区重建:BiogeoBEARS使用示例

2022-09-27 11:53 作者:猫腻需要更多的学习  | 我要投稿

BiogeoBEARS是Matzke开发的功能强大的祖先分布区重建R包,介绍参考http://phylo.wikidot.com/biogeobears

示例脚本都可在这个R包的exdata文件夹中a_scripts文件夹中获取

个人能力有限,对脚本的理解或有错误,仅供参考

对应文件可在exdata文件夹中搜索,也可参考http://phylo.wikidot.com/biogeobears#links_to_files

安装

加载及数据了解

加载包

设置工作路径,输入物种系统发生树信息及地理分布信息


当命令有误,会产生一个错误的pdf文件,打开便会显示如下图,这时候需要删除这个pdf文件,或更换另一个名字运行(正确的命令)。先在命令框运行输入一遍 dev.off()  确保pdf文件处于非打开状态再删除。


区域数多,状态数就多,状态的数量超过500左右就会难以运行。用以下命令检测状态数。

运行基础模型

DEC


DEC+j

DIVALIKE

DIVALIKE+j

BAYAREALIKE


BAYAREALIKE+j

绘制结果图

test model

时间分层分析(time-stratified)以DEC+j为例

有的时候,在一段时间内,一些区域不会有物种分布,可以使用这一约束条件,示例是夏威夷群岛的研究数据,有的岛屿在某一时间节点后才出现,在此时间节点前不可能有物种分布。同样的约束思路可以套用到其他情况中去,来引入大的地理事件带来的影响。

BSM(biogeographical stochastic mapping)

用于估计生物地理事件的类型与数量

2022.11.27加笔

如何指定分布状态的颜色

颜色的设定可以参考BSM的示例代码里的绘图部分,设定colors_list_for_states,然后在绘图命令plot_BioGeoBEARS_results里添加就可以了

下面进行一个演示

结果是这样的原设定高饱和亮眼图

下面设置一下状态跟颜色的对应

下面截图示例一下

先看一下都有哪些状态

然后看一下自动匹配的颜色列表

抽取一个幸运颜色编号替换所有颜色编号

截一部分是个意思

看一下替换后的颜色列表

全部都一样了呢

绘图

麻了,#806600这个色号好丑

换色很麻烦,主要是不知道色号,得去翻表,上网查,直接导PS里换颜色方便多了……

祖先分布区重建:BiogeoBEARS使用示例的评论 (共 条)

分享到微博请遵守国家法律