iqtree基于ML法建立系统发育树的步骤
IQtree是利用最大似然法构建系统发生树的，具有高效建树、模型选择、超快自展等特点，适用于大数据的系统发育分析
1. 首先在NCBI下载用于建树的序列，把这些序列放到同一个fasta文件里，每条序列的标签名要以“>”开始并且序列标签名中不要有空格和标点等，不然后续无法识别. IQtree支持多种序列数据格式，如:Phylip/ fasta/fas/nexus/clustlw等格式，程序也会自动转为Phylip格式，省去格式转换的步骤。如图所示：
2.将上述的fasta格式序列文件进行序列比对，我一般采用如下两种方法：
采用Geneious进行Multiple Align(多序列比对)，比对后保存为Nexus格式;再到Mesquite中进行序列剪切,保存文件格式为Simplified NEXUS;最后在Geneious中将文件转化为fasta格式。
采用MEGA进行alignment序列处理，然后再保存成fasta格式。
如图所示（采用方法1）：
3. 在应用ML法重建系统发育树前，需要先进行核苷酸替换模型的选择，可以直接用IQ-TREE的ModelFinder这个模块，能快速获得最佳进化模型，也可以使用jModelTest、ModelTest-NG等选择最佳模型。
4.iqtree是要使用命令运行的。在建树前，首先需要调用出Window的命令运行界面Win键+R，输入cmd打开命令提示符，点击确定。如图所示：
5.因为我的 iqtree2.exe 安装在了D盘，所以要先切换到D盘, 然后回车。
6.之后输入cd+iqtree2.exe的安装路径，再回车；把iqtree2.exe拖入，回车
看上边9点，需要什么就复制哪一条指令，找最适模型+建树，可选择1，例如：
iqtree2 -s example.phy —— iqtree2 -s +自己序列的名字，然后，回车就可以运算了
除此之外，也可以直接在命名提示符里写指令，具体操作如下：前5步都一样，从第6步开始稍微有所不同
转盘之后，输入cd+iqtree2.exe 的安装路径，再回车
接着测式最佳模型，我自己在记事本中提前写好了指令，将测式最佳模型的指令复制粘贴
然后将比对好的序列fasta文件拖入，回车
这样就找到了最佳模型，有fasta序列的那个文件夹将会出现几个文件，先不用管，后期建树的时候这些文件都会被覆盖
接着就开始建树了，复制粘贴建树指令，回车
接着继续输入指令，然后开始跑树(序列多的需要的时间很长), 再做一次之前的操作，需要加-redo，防止结果被误覆盖.
结果分析
建树完成后，会在序列文件夹中生成多个文件，覆盖之前产生的文件，主要包括程序运行日志、一致树文件(example.fasta.contree)、ML树文件(example.fasta.treefile)即TREEFILE文件（含有Bootstrap/UFBoot/SH-aLRT值的BP评估分支置信度），可以用Figtree进行查看和赋根，使用Adode Photoshop 对进化树进行编辑和美化.
注：此方法的步骤是我看各种学习视频和互联网资料之后自己总结的，若有错误的地方或有更好的学习步骤，欢迎指出和分享。
