第 3 步 - 下载 FASTA 序列并制作 PIR 文件

现在我们有了我们的蛋白质、模板（来自 Bombyx Mori 的 3L9E_A）和我们的目标（ 来自 Drosophila Melanogaster 的 NP_476735.1 超氧化物歧化酶 1），我们可以制作一个 PIR 文件。

打开你的代码编辑器（我有 VS 代码，但你也可以使用任何其他代码编辑器）并将这些行复制粘贴到其中。

>P1;PRO1sequence：PRO1：：：：：：：0.00：0.00MVVKAVCVINGDAKGTVFFEQESSGTPVKVSGEVCGLAKGLHGFHVHEFGDNTNGCMSSGPHFNPYGKEHGAPVDENRHLGDLGNIEATGDCPTKVNITDSKITLFGADSIIGRTVVVHADADDDLGQGGHELSKSTGNAGARIGCGVIGIAKV*

这是 PIR 文件的格式。第一行P1;1PRO，指的是我们的蛋白质NP_476735.1，以及我们将在下文中提到的内容。因此，从现在开始，我们将我们的目标蛋白称为1PRO。sequence:PRO1:::::::0.00: 0.00只是一个代码，用于显示我们正在将此蛋白质的序列放入下面。最后一行由我们目标蛋白的 FASTA 序列组成，后跟一个星号 (*)。

最后，该文件应以 .pir 扩展名保存，例如 tar_pro.pir。我们已经完成了 PIR 文件的制作，我们现在将在我们的同源建模过程中使用它。

第 4 步 - 制作、保存和运行您的第一个 Python 文件

如果您还记得上一篇文章，我们的模板是来自 PDB 的 3L9E_A 蛋白，我们的目标蛋白是来自黑腹果蝇的超氧化物歧化酶 1，我们已经下载了这两种蛋白的 FASTA 序列。现在，同源建模的第一步是对我们的目标和模板进行比对，我们将使用 Python 代码进行相同的操作。您可以使用任何代码编辑器来编写代码，我使用 VS Code，但您可以选择任何其他软件。

需要记住的一个重要注意事项——无论您需要运行什么代码，或者您正在下载或生成什么文件、PDB 文件等，都将它们全部放在一个文件夹中，然后从该文件夹本身运行所有代码。

制作 Python 文件：

这是您需要放入代码编辑器中的代码。

from modeller import * env = environ() aln = alignment(env) mdl = model(env, file='3l9e', model_segment=('FIRST:A','LAST:A')) aln.append_model(mdl, align_codes ='3l9eA', atom_files='3l9e.pdb') aln.append(file='tar_pro.pir', align_codes='PRO1') aln.align2d() aln.write(file='alignment.ali', alignment_format= 'PIR')

代码的前几行只是在 Python 中导入一些包和函数，重要的代码从第 4 行开始，其中模型函数需要将蛋白质名称放在文件部分，即 file = '3l9e '，我们的蛋白质链由 model_segment 给出。由于我们仅使用蛋白质的链 A 进行建模，因此我们填写FIRST:A和LAST:A，如果我们使用链 A、B 和 C 进行建模，我们将输入FIRST:A和LAST:C .

下一行代码，填写你的蛋白质名称，在 align_codes 部分中使用链，在 atom_files 部分中填写你的蛋白质 pdb 文件名。因此，align_codes = '3l9eA'和atom_files = '3l9e.pdb'。在下一行代码的文件部分，我们的 pir 文件必须放在 ie file = 'tar_pro.pir'和 align_codes 中；如果您还记得在 PIR 文件中，我们将我们的蛋白质命名为 PRO1；我们需要把它放在这里，即align_codes = 'PRO1'现在，在代码的最后一行，您需要为输出对齐文件命名，我将其命名为 alignment.ali，并将 alignment_format 设置为 PIR。因此，文件 ='alignment.ali'和alignment_format='PIR'。

保存 Python 文件：

我们已经制作了我们的 Python 文件，我们需要以 .Py 的扩展名保存它。转到您正在使用的代码编辑器中的“文件”选项，然后单击“保存”，或者您可以简单地执行 Ctrl+S（在 Windows 上）/Cmd+S（在 Mac 上）来快速保存文件。将文件另存为 filename.Py。我已将其保存为first_python.Py。

运行 Python 代码：

转到您的命令提示符/Windows 终端（在 Windows 上）/终端（在 Mac 上），键入cd（代表更改目录），然后将您的文件夹拖放到命令行窗口中。您应该会看到您的文件夹的路径出现在窗口中。

获得路径后，单击 Enter。现在，您已将工作目录更改为我们存储所有文件的文件夹！惊人的！现在让我们从命令行运行我们刚刚创建的 Python 代码。在命令行中输入以下内容。

mod10.2 first_python.Py

上面代码中，mod10.2是指你系统中安装的MODELLER的版本，first_python.Py是我们刚刚制作的生成对齐文件的文件。

稍等片刻，直到代码运行，代码运行后，您应该获得两个文件 - 日志文件first_python.Py.log和对齐文件alignment.ali。

这样，您就完成了第 4 步！参考资料：

https://medium.com/@snippetsbio/modeller-usage-for-homology-modelling-tutorial-with-codes-in-5-simple-steps-part-2-9c888399db59

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