分子动力学模拟方法-从入门到发文章 之 模拟结果分析
如果大家已做完前面的步骤，得到了模拟后的文件，就可以继续看这篇教程，对结果进行分析，采取什么方法分析取决于你想解决什么样的问题，是比较野生型与突变体结构的差别还是分析底物与受体之间的作用力，这里列举几个我常用的方法，希望对大家能有帮助。
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol-ur compact
选择0：system用于输出，基于这个“修正”后的轨迹进行分析。
1. 生成某时间段的平均结构（用-b， -e限制时间，如-b 1000 -e 2000指：从第1000ps开始到2000ps）
gmxcovar -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr –b 1000 -e 2000 -av traj_avg.pdb
2. 统计某时间段的氢键数目（用-b， -e限制时间）
gmxhbond -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -b 25 -e 40 -num hnum.xvg -tu ns
3. 盐桥（用-b， -e限制时间）
gmxsaltbr -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -b 39900 -e 40000 -t 10000
4. 将模拟后的.gro文件转化为.pdb文件
gmxeditconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb
5. 两个结构叠加
gmx confrms-f1 model1.pdb -f2 model2.pdb -o fit.pdb
我一般是用pymol软件简直对两个结构叠加。
6. do_dssp使用
安装：
a.在其官网上下载安装包http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ 下载dssp-2.0.4-linux-and64
b. 将安装包移动到目录/usr/local/bin下面
sudocp dssp-2.0.4-linux-and64 /usr/local/bin
c. 进入/usr/local/bin
cd/usr/local/bin
d. 文件重命名 mv dssp-2.0.4-linux-and64 dssp
c. 修改权限 chmod a+x /usr/local/bin/dssp
e. 在工作目录下面输入命令 export DSSP=’usr/local/bin’
运行：
gmxdo_dssp -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -tu ns
gmxxpm2ps -f ss.xpm -bx 0.1 -by 4 -o ss.eps
(注：可以修改-bx -by后面的参数改横纵坐标的长度，ss.eps文件可用ps打开，另存为普通照片格式的图片)
7. 计算残基之间的最小距离
(1) 先用make_ndx命令生成index文件：
gmxmake_ndx -f md_0_1.tpr -o index.ndx
(2) 这里选择某蛋白第11个氨基酸的H原子和36位氨基酸的O的距离:
选择原子：r 11 & a H 回车 r36 & a O 回车 q（退出）
(3) 用mindist计算最小距离：
gmxmindist -f md_0_1_noPBC.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -od dist.xvgr
选择刚刚选择的两个原子所在的组，如两者分别在第18和19组的话进行如下操作：
18回车19回车 按ctrl-D退出
(4) 作图
生成的dist.xvgr文件可用excel作图，横坐标是时间，纵坐标是距离
8. 详细的作用力分析
可用LigPlot+软件分析复合物之间或者单个分子内部的作用力
LigPlot+软件官网：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LigPlus/
下载的安装包直接放到c盘解压即可，这里需要电脑安装java，如果没有的话软件打不开。
使用：打开Ligplot软件，如果是复合物，需要限定作用的侧链，如果是蛋白内氨基酸之间作用力分析，需要写作用的两个domain的氨基酸序号，然后点击run即可。
欢迎关注我的微信公众号：Becky的生活and科研
