分子动力学模拟方法-从入门到发文章 之 Gromacs软件安装
1. 安装windows10和Ubuntu Linux双系统
我当时是按照这个步骤安装的，是某鱼推荐给我的网址，步骤非常详细：
http://www.360doc.cn/article/7845658_525119337.html
安装比想象的容易，像我这样的电脑小白，从来没装过系统都可以，你也一定可以，只要按照这个网站上写的步骤一步步做就可以，这里建议先看一下EasyBCD 软件能否正常安装，不能安装的话就只能采用其他方式引导开机，如果电脑之前加装了磁条的话，分盘装linux系统的时候要选择电脑自带的磁盘，不然EasyBCD开机引导不了(这里推荐安装ubuntu16.04或者ubuntu14.04，我安装的是ubuntu14.04)，练手的话，分出40G就够了。
2. linux系统常用命令
在该系统终端使用的命令常见的就几个，多用几次就熟悉了，刚打开终端的地址是“主文件夹”的地址，网站上很多linux系统常见命令说明，如有其它更多地命令需要，可在网上直接搜索，这里仅列出做动力学经常需要的几个：
pwd #所在目录地址
ls # 所在目录文件列表
cd 文件名 # 打开名为“文件名”的文件夹
mv 文件1 文件2 #把文件1的名字改为文件2
rm 文件1 #删除文件1
vim 文件1 #用vim文本编辑器打开文件1,点击i，可开始编辑文件, 按ESC键结束编辑，:wq保存并推出编辑，:q! 不保存退出
3. Gromacs软件安装
在gromacs官网下载gromacs软件，将该压缩文件复制到主文件夹中，文件解压后有一个“install”文件，一般软件包中都有这样的文件，里面有详细的安装说明，gromacs软件里的install文件写的比较简单，只要依次在终端输入几条命令就可以。
安装gromacs文件之前需要以下几个软件：
(1) cmake软件安装
sudo apt-get install cmake
(2) vim文本编辑器（后续使用软件的时候需要）
sudo apt-get install vim
(3) pymol
sudo apt-get install pymol
(4) grace
sudo apt-get install grace
(5) gromacs安装
tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz #解压软件包
cd gromacs-5.1.4 #进入解压后的软件包
mkdir build #创建名为build的文件夹
cd build #进入名为build的文件夹ZGZ667198
cmake.. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON #安装FFTW数据库
make #安装
make check #安装检测
sudo make install #安装
打开主文件夹，按ctrl+H显示隐藏文件，打开.bashrc文件，将“source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC ”复制到文件最后。
打开终端输入gmx 回车，如果出现的是一些gromacs软件帮助信息且最后一句是两个井号括起来的名人名言就证明安装成功了。
4. gromacs网上学习资料
(1) gromacs官网：
http://www.gromacs.org/
内部含有软件下载资源，英文版说明书，不正常运行时的原因等，资源丰富，不过都是英文
(2) gromacs英文步骤详解：http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/
有几个例子，可以用来练手
(3) gromacs说明书中文翻译：http://jerkwin.github.io/9999/10/31/GROMACS%E4%B8%AD%E6%96%87%E6%95%99%E7%A8%8B/
内部含有英文说明书和英文步骤的中文翻译版，但建议看完中文的最好看一下英文的。
(4) 小木虫论坛：小木虫论坛有分子动力学专栏，如果有问题也可以在那里问一下，或者某度找答案，做这方面的人很多，很多问题都可以通过某度解决。
