纯生信预后模型越来越难发表，手里数据“弃之可惜”，看看如何通过实验拯救一下

  说到预后模型，大家应该都不陌生。最近几年，预后模型相关SCI更是如雨后春笋般涌现出来。2021年初，为了赶上这波热潮，小薇也是快马加鞭撰写了几篇预后模型文章，抓紧的投了稿，坐等接收函。

    这一等，就是一年…… 然而，等来的几乎都是拒稿，大部分审稿人都明确指出缺乏实验验证。由此看来，纯生信分析的预后模型越来越难发表了，但是手上已有的分析数据真的不忍心放弃，想要发表文章，必须要尽快的安排补充实验。那么，该如何设计和补充后续的验证实验，是首要考虑的问题。今天，小薇就结合几篇文献，给大家提供一点思路和灵感。

& 简单的细胞验证

参考文献 [PMID: 36357874；IF=4.638（2区）]

选择模型中感兴趣的一两个基因（可以选择与预后最相关的一些基因），研究敲除基因对细胞生物学功能的影响，例如使用Transwell试验、细胞划痕实验，观察基因改变对细胞增殖和迁移能力的影响。

& 细胞加动物实验验证

参考文献 [PMID: 35792657；IF=6.518（2区）]

收集临床组织以及细胞样本，qRT-PCR和免疫组化验证基因的表达水平。选择其中重点的基因（本篇文章选择以往报道较少的基因），研究它的生物功能。首先，观察敲除/过表达基因对细胞增殖，克隆和迁移的影响；其次，将稳定敲除/过表达基因的细胞注射裸鼠（如果基因在肿瘤组织中高表达，小鼠模型一般会选择基因敲除细胞系），构建皮下移植瘤模型。收集肿瘤样本，计算肿瘤体积，并且通过Ki-67染色观察增殖细胞。

& 临床样本验证

参考文献 [PMID: 35468826；IF=8.440（2区）]

先大致介绍文章内容：筛选了14个基因构建模型，为了从这些基因里再挑选出关键基因，做了WGCNA分析，筛出两个hub基因：PLTP和PHKA1。随后，分析这些基因与免疫浸润细胞的相关性，发现这两个基因与M2巨噬细胞呈正相关。因此，基于这两个基因做验证实验。

使用的材料是组织芯片（tissue microarray）[作者用的是自己医院做的组织芯片，也可以进行购买]。具体内容：

1）多色荧光免疫组化（mIHC）检测基因在弥漫大B细胞淋巴瘤和对照样本中的表达水平。

2）X-tile分析基因表达的临界值，将样本分为高表达组和低表达组。并且分析基因表达与患者预后的相关性。

3）建立M2巨噬细胞等免疫细胞标志物的染色板，利用mIHC对样本中M2巨噬细胞进行表征。

参考文献 [PMID: 34975331；IF=10.750（2区）]

收集临床组织样本，使用qRT-PCR和免疫组化检测模型中基因在正常和癌症组织中的表达水平。另外，收集患者的随访数据并进行分析，探究基因表达与患者预后之间的关系。并且，计算患者的风险评分，将样本分为高危组和低危组，进一步分析不同风险组之间的预后差异。

    今天就先分享到这里啦，总结一下大致可以分为细胞实验、动物实验、临床样本三类。其中，临床样本的验证发的分值会高一些，如果自己没有样本，还可以购买组织芯片，缺点是有些芯片会缺少一些患者的临床随访信息。另外，如果模型中涉及的基因较多的话，可以挑选一两个基因做重点的验证，但是需要说清楚选择这些研究基因的原因。看完以后，大家有没有受到启发呀，要是审稿人再说添加实验，知道怎么做了吧。如果还是觉得不太明白的话，欢迎随时联系小薇一起解决哦！