EWAS数据分析（7）— 表观基因组关联分析（EWAS）相关工具
通过之前的六篇专栏连载，希望能帮助大家对于EWAS数据分析有基本的了解和实操帮助。
EWAS数据分析（1） — 数据过滤EWAS数据分析（2） — 数据质控篇
EWAS数据分析（3） — 数据校正篇
EWAS数据分析（4）— 关联分析篇
EWAS数据分析（5）— mQTL 篇
本篇总结篇，分享“表观基因组关联分析（EWAS）相关工具 ”，希望对大家有所帮助：
目前，EWAS 已经成为解析表观修饰与复杂表型关系的重要手段。越来越多的分析手段和知识库平台已经发布，为我们的EWAS研究助力良多。
以下是由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）开发的表观基因组关联研究资源开放平台EWAS Open Platform（相关研究成果以EWAS Open Platform: integrated data, knowledge and toolkit for epigenome-wide association study为题在Nucleic Acids Research上在线发表）。
该平台提供了从数据浏览与下载、在线分析与可视化到知识解释与验证的全面系统的资源和服务，NGDC研究团队在不断整合和更新中心已有EWAS资源基础上，构建了表观组关联研究资源开放平台（EWAS Open Platform）。EWAS Open Platform包括标准化的数据信息库 (EWAS Data Hub)、人工信息提取的知识库（EWAS Atlas）和表观-特征关联在线工具(EWAS Toolkit) 三部分。EWAS Data Hub整合了115852个样本的DNA甲基化芯片数据和对应的元数据，并统一采用GMQN方法进行标准化。同时，EWAS Data Hub利用海量高质量DNA甲基化芯片数据和标准化元数据的优势，为485512个探针和36397个基因提供了一系列重要的评估值（包括组织特异性、年龄相关性、性别差异和种族特异性）和不同背景下的参考DNA甲基化图谱；EWAS Atlas共整合了910篇文献中报道的617018个高质量的甲基化与表型关联，涉及618种表型和3385个队列；EWAS Toolkit利用EWAS Atlas和EWAS Data Hub提供的高质量的甲基化与表型关联知识和标准化的DNA甲基化芯片数据，为用户提供多种在线分析和可视化工具，包括富集分析、注释、知识图谱可视化等。
