Enzyme Miner与NCBI联用寻找功能相似酶

    最近在搞生物方向的大创，学姐给推荐了一个查找与目标酶功能相似的酶的网站

    结果不会用，上网一查发现连教程都没有

    于是，经过我几天的努力(疯狂问学姐)，终于搞懂了这玩意的用法！

1.确定目标酶序列

    在NCBI中搜索咱的目标蛋白，这里就用我们的酶来举例，我们选择的是一篇文献中提到的氨肽酶Dmpa为目标酶(这里也可以说是探针酶)

    选第一个然后run BLAST

BLAST!!!!!

    这里的第一个就是咱自己选的蛋白FASTA序列

    把目标蛋白的FASTA序列下载下来，我们就成功获得目标蛋白序列啦

2.确定目标酶的保守活性位点

    确定了保守位点才可以在后面搜索的时候知道哪些位点是与酶功能有关而不能改变的

    这时又需要我们万能的NCBI上场了

    从NCBI首页打开 Domains & Structures，接着点开CDD

    打开CD-Search，把咱刚刚获得的目标蛋白FASTA序列粘贴进去

Submit!!!!

    这些被绿色框框起来的三角所指出的就是这个酶保守活性位点所在的位置

    接下来，想要看得更清楚一点

    点开 show extra options 把框里的倍数改成10

    点 Update graph

    当当当，这下保守位点的位置及其所对应的氨基酸残基都可以看得清清楚楚了

    接下来，把每个位点的位置及其对应的氨基酸都记下来

    咱就得到目标酶的保守活性位点了！

3.搜索相似酶

    接下来就是今天的主角登场啦(不过操作还是很简单的)

    打开EM然后将目标酶的FASTA序列复制进去

    将我们第二步获得的目标酶保守活性位点一一填入最下面Accession框中，名字必填但不重要，自己知道就行

    建议填邮箱，服务器搜索一次要三四天，出结果了会邮箱通知(当然我的邮箱是乱填的啦)

Next!!!!

    FOUR DAYS LATER

    咱就得到了上千个与目标酶功能相似的酶啦，还可以进行一些大的筛选，去掉相似度20以下、80以上的。

4.进一步去冗余

    咱得到的上千个酶里面可能存在很多两两相似度极高的酶，我们需要把他们两两进行序列的对比，相似度极高的留一个就彳亍了。

    又是劳模NCBI上场

    打开经典BLAST，勾选 Align two or more sequences

    此时出现了两个输入框

    咱们回到之前EM的结果界面，把相似酶列表滑到最右边，每个酶的FASTA序列都在最右边标注出来了，只需要点一下序列，它就自动复制在粘贴板上了

    随便选两个为例，复制序列，分别粘贴在BLAST的两个输入框中

继续BLAST！！

    可以看到，这两个酶的相似度有63.18%

    还行，两个都保留

    接下来只需要重复上千次，就完成了去冗余，怎么样，很简单吧！

    那么，到此整个方法就介绍完了，如果有什么错漏欢迎批评指正，能够帮到各位就太好了！！