如何进行小分子蛋白对接
常用的对接软件
glide (schrodinger)，dock，gold，autodock，autodock vina ...
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_protein-ligand_docking_software
蛋白质预处理
删除不需要的分子，如水分子，额外的蛋白和配体等（可选）
补全、优化缺失的H原子
能量优化（可选，优化可能导致口袋的形状发生变化，需谨慎适用）
用对接软件生成格点文件用于对接
准备小分子
选择合适的pH
优化小分子的3D结构（可选）
对接
可使用不同的对接软件（打分函数）进行交叉对接
后续
由于大部分对接软件的打分函数的准确度较低，对接基本仅适用于活性小分子的富集
可对得分较高的小分子使用更准确的方法进行重打分，计算结合自由能等
