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总结centOS7.9 安装R和rstudio-server方法和走过的无数坑(上篇)

2021-07-15 22:58 作者:天马行空的坦克兵  | 我要投稿

总结centOS7.9 安装R和rstudio-server方法和走过的无数坑,分为两到三次来写,本次主要写写《怎么在腾讯云服务器(centOS7.9)安装R》和《解决yum源的问题引起的两个报错之[Errno 226] No more mirrors to try &[Errno 14]HTTP Error 404 -Not Found》。

===========在这里放上大佬的演示视频=====================================

乌班图系统安装rstudio-sever演示视频:https://www.bilibili.com/video/BV1Xr4y1N77y

腾讯云系统安装rstudio-sever演示视频:https://www.bilibili.com/video/BV13U4y1t73u?t=124

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(一)centOS安装R   ——前期的瞎折腾

a.登陆centOS,输入R测试一下是否安装了R。

图1.1  检索到了R,激活rnaseq小环境确定一下是否已经安装了R
图1.2 惊奇的发现rnaseq环境下已经安装了R


接下来就该安装rstudio-server了,找到官方网址https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/redhat-centos/直接复制代码,刷刷刷,执行完毕之后发现安装是安装上了,但是他激活不了,说白了,就是表面上安装好了,实际上“缺斤短两”,因为没有设置配置文件所以直接激活  rstudio-server就会报错,以至于后来绕了很多很多弯路。

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安装rstudio-server的官网代码

图2.1  CentOS7    https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/redhat-centos/

wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm sudo yum install rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm


图2.2  CentOS8  https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/redhat-centos/


wget https://download2.rstudio.org/server/centos8/x86_64/rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm sudo yum install rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm


到这里还没结束,只是安装上了,但没有设置不能用。我给忘了,于是掉进了坑里……

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走过的坑一:

sudo rstudio-server start   #激活    在这里就报错:

/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver: error while loading shared libraries :libssl.so.1.1 :cannot open shared oject file : No such file or directory 

解决这个报错,我想到的是,没有libssl.so.1.1文件,就找该文件,放到当前文件夹下就好了,兜兜转转,没有libssl.so.1.1文件,找到了没有libssl.so文件和没有libssl.so.1.0.0文件,然后我就胡来了。设置各种软连接到当前文件夹下,(记住这里,后面程序老报错什么core什么的,还有软连接水平过多,记不清了)

后来百度解决这一系列问题。大半天过去了,此处省略几万字

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应该这样做:配置好文件再激活

图3   需要进行设置配置文件,图3中带有的链接https://www.rstudio.com/code-signing/
图4  跳转的链接代码

gpg --keyserver keys.gnupg.net --recv-keys 3F32EE77E331692F




图4.1  选择自己所需的版本

Debian/Ubuntu

dpkg-sig --verify rstudio-download-1.2.3.deb

Red Hat/CentOS/SuSE

gpg --export --armor 3F32EE77E331692F > rstudio-signing.key rpm --import rstudio-signing.key   rpm -K rstudio-download-1.2.3.rpm

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(二)后来我是这样在centOS安装R的

A.卸载掉studio-server和R

下载的相关文件全删除,但是发现有些文件“解除”不了,故执行B

B.在非rnaseq下重新安装R 

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腾讯云系统安装rstudio-sever演示视频:https://www.bilibili.com/video/BV13U4y1t73u?t=124

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代码很简单,一条代码     yum  install -y R

不知道是不是我前期把“系统”搞坏了,这条命令下去报了两个错误:

  (1)failure repodata/repomd.xml from extras: [Errno 226] No more mirrors to try 

  (2)http://mirrors.163.com/centos/2.4/extras/x86_64/repodata/repomd.xml:[Errno 14]HTTP Error 404 -Not Found

图5  一条命令两个报错

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关于这个报错我是这样解决的:

*****报错1   Centos7系统安装yum遇到的问题failure: repodata/repomd.xml from base: [Errno 256] No more mirrors to try. http: (中断yum或者换yum源出问题)    

参考链接https://www.cnblogs.com/xiangshihua/p/13252835.html

中间会用到的链接,链接内容见图6

http://mirrors.aliyun.com/centos/7.9.2009/os/x86_64/Packages/

图6
图7

图7 [linux]Error: failure: repodata/repomd.xml from fedora: [Errno 256] No more mirrors to try.

yum clean all

yum clean metadata

yum update


****报错2    使用 yum 出现 Loaded plugins: fastestmirror 信息

https://blog.csdn.net/qq_36148847/article/details/84196209  就是修改配置文件



*****报错3No package *** available. Error: Nothing to do,安装 EPEL 解决

https://blog.csdn.net/Robin_star_/article/details/97790511


后续再详细写

UP主:天马行空的坦克兵

2021-07-15








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