GMX 命令分类列表
1. 建模和计算操作命令：
1.1. 创建拓扑与坐标文件
gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups)
gmxprotonate- 结构质子化
gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件
gmxsolvate - 体系溶剂化
gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位
gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象
gmxgenion - 在能量有利位置加入单原子离子
gmxgenrestr- 生成索引组的位置限制或距离限制
gmxpdb2gmx- 将 PDB 坐标文件转换为拓扑文件和力场兼容的坐标文件
1.2 文件转换
gmxeditconf- 转换和操控结构文件
gmxeneconv - 转换能量文件
gmxsigeps- 将 C6/12 或 C6/Cn 组合转换为 sigma/epsilon 组合, 或反过来
gmxtrjcat- 连接轨迹文件
gmxtrjconv- 转换和操控轨迹文件
gmxxpm2ps - 将 XPM(XPixelMap)矩阵转换为 postscript 或 XPM
1.3. 运行模拟
gmxgrompp- 生成运行输入文件
gmxmdrun- 执行模拟, 简正分析或能量最小化
gmxconvert-tpr- 生成修改的运行输出文件
1.4. 查看轨迹
gmxnmtraj- 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹
gmxview- 在 X-Windows 终端显示轨迹
2.结果分析命令
2.1. 分析轨迹gmxgangle- 计算角度
gmxdistance- 计算两个位置之间的距离
gmxfreevolume- 计算自由体积
gmxsasa- 计算溶剂可及表面积
gmxselect- 打印选区的通用信息
2.2. 处理能量
gmxenemat- 从能量文件中提取能量矩阵
gmxenergy- 将能量写入 xvg 文件并显示平均值
gmxmdrun- 利用-rerun 选项(重新)计算轨迹中每帧的能量
2.3. 结构间的距离
gmxcluster- 对结构进行团簇分析
gmxconfrms- 叠合两个结构并计算 RMSD
gmxrms- 计算与参考结构之间的 RMSD 及其矩阵
gmxrmsf- 计算平均结构, 原子涨落, 温度因子
2.4. 结构性质
gmxanadock- 根据 Autodock 运行计算团簇结构
gmxbundle- 分析轴束, 例如螺旋
gmxclustsize- 计算原子团簇的尺寸分布
gmxdisre- 分析距离限制
gmxhbond- 计算分析氢键
gmxorder- 计算碳末端每个原子的序参量
gmxprincipal- 计算一组原子的惯性主轴
gmxrdf- 计算径向分布函数
gmxsaltbr- 计算盐桥
gmxsorient- 分析溶质周围的溶剂取向
gmxspol- 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化
2.5. 结构中的距离随时间的变化
gmxmindist- 计算两组间的最小距离
gmxmdmat- 计算残基接触映射图
gmxpolystat- 计算聚合物的静态性质
gmxrmsdist- 计算-2,-3 或-6 次平均的原子对距离
2.6 分布性质随时间的变化
gmxgyrate- 计算蛋白质的回旋半径
gmxmsd- 计算均方位移
gmxpolystat- 计算聚合物的静态性质
gmxrdf- 计算径向分布函数
gmxrotacf- 计算分子的转动相关函数
gmxrotmat- 计算叠合到参考结构的旋转矩阵
gmxsans- 计算小角中子散射谱
gmxsaxs- 计算小角 X 射线散射谱
gmxtraj- 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能gmxvanhove- 计算 VanHove 位移及相关函数
2.7 动力学性质
gmxbar- 利用 Bennett 接受比率方法计算自由能差的估计值gmxcurrent- 计算介电常数和电流自相关函数
gmxdos- 分析态密度及相关性质
gmxdyecoupl- 从轨迹中抽取染料动力学
gmxprincipal- 计算一组原子的惯性主轴
gmxtcaf- 计算液体的粘度
gmxtraj- 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能gmxvanhove- 计算 VanHove 位移及相关函数
gmxvelacc- 计算速度自相关函数
3.其他分析命令
3.1 静电性质
gmxcurrent- 计算介电常数和电流自相关函数
gmxdielectric- 计算频率相关的介电常数
gmxdipoles- 计算总偶极及其涨落
gmxpotential- 计算盒子内的静电势
gmxspol- 分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化
gmxgenion- 在能量有利位置加入单原子离子
3.2. 蛋白质分析
gmxdo_dssp- 指定二级结构并计算溶剂可及表面积
gmxchi- 计算 chi 和其他二面角的所有信息
gmxhelix- 计算α螺旋结构的基本性质
gmxhelixorient- 计算螺旋内的局部螺距/弯曲/旋转/取向
gmxrama- 计算 Ramachandran 图
gmxwheel- 绘制螺旋轮图
3.3 界面gmxbundle- 分析轴束, 例如螺旋
gmxdensity- 计算体系的密度
gmxdensmap- 计算二维的平面或轴径向密度映射图
gmxdensorder- 计算表面涨落
gmxh2order- 计算水分子的取向
gmxhydorder- 计算给定原子周围的四面体参数
gmxorder- 计算碳末端每个原子的序参量
gmxpotential- 计算盒子内的静电势
3.4 协方差分析
gmxanaeig- 分析简正模式
gmxcovar- 计算并对角化协方差矩阵
gmxmake_edi- 生成主成分动力学抽样的输入文件
3.5 简正模式
gmxanaeig- 分析简正模式
gmxnmeig- 对角化简正模式分析的 Hessian 矩阵
gmxnmtraj- 根据本征向量生成虚拟振荡轨迹
gmxnmens- 根据简正模式生成结构系综
gmxgrompp- 生成运行输入文件
gmxmdrun- 搜索势能最低点, 计算 Hessian 矩阵
3.6 各类工具
gmxanalyze- 分析数据集
gmxdyndom- 结构旋转的内插和外推
gmxfilter- 轨迹频率滤波, 用于制作平滑的动画
gmxlie- 根据线性组合估计自由能
gmxmorph- 构象间的线性内插
gmxpme_error- 根据给定的输入文件估计使用 PME 的误差
gmxsham- 根据直方图计算自由能或其他直方图
gmxspatial- 计算空间分布函数
gmxtraj- 输出轨迹文件中的坐标 x, 速度 v, 力 f, 盒子, 温度和转动能gmxtune_pme- 计算 mdrun 的运行时间与 PME 进程数的关系以优化设置
gmxwham- 伞形抽样后进行加权直方分析
gmxcheck- 检查并比较文件
gmxdump- 生成人类可读的二进制文件
gmxmake_ndx- 制作索引文件
gmxmk_angndx- 生成用于 gmxangle 的索引文件
gmxtrjorder- 根据到参考组原子的距离对分子排序
gmxxpm2ps- 将 XPM(XPixelMap)矩阵转换为 postscript 或 XPMgmxangle- 计算键角和二面角的分布及相关
gmxmk_angndx- 生成用于 gmxangle 的索引文件
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