“Meta + 生信”干湿结合思路，轻轻松松发5分+，了解下不亏！快来先睹为快吧！

今天小薇继续给大家分享一篇meta分析联合生信分析的文章，这篇文章的题目是Prognostic values of long noncoding RNA in bone metastasis of prostate cancer: A systematic review and meta-analysis，于2023年发表在Frontiers in oncology（IF:5.74）上，下面我们一起看看这篇文章的分析思路和主要结果吧！

研究思路

1、Meta分析流程

①文献检索：从Pubmed、Cochrane图书馆、Embase、Ebsco、Web of Science、Scopus和Ovid数据库中收集前列腺癌骨转移患者lncRNA表达与预后的相关性研究。

②设定纳入标准和排除标准

③数据提取：两位研究人员独立进行文献筛选和数据提取工作。

④文章质量评估：两位研究人员使用纽卡斯尔-渥太华量表（NOS）独立进行评估。当出现分歧时，两位研究人员通过协商和讨论解决，或者由第三位研究人员解决。

⑤统计分析：使用HR值和95%CI来计算数据效应量；使用Q-test和I2评估研究间的异质性；若结果存在异质性，亚组分析寻找导致异质性的因子；使用敏感性分析评估合并结果的稳定性；使用Begg和Egger方法评估发表偏倚。

2、生信分析验证和功能预测

①生信数据库验证：使用GEPIA2和UALCAN在线工具验证前列腺癌组织meta分析中所含lncRNA的表达水平。

②lncRNA的功能预测：使用LncACTdb 3.0预测研究中包含的lncRNA的靶基因。使用LnCAR预测研究中包含的lncRNA的miRNA。然后构建lncRNA-mRNA和lncRNA-miRNA相互作用网络。

3、临床样本验证：收集17例原发肿瘤和17例骨转移患者的血清样本，qPCR分析lncRNA的表达。

主要结果

1、文献检索和质量评估结果

根据既定的检索策略及文章的标题、摘要、全文阅读进行文献筛选（图1），最终5篇文章纳入本meta分析，共纳入474名患者。所有纳入的研究均来自中国。NOS质量评估结果显示，5篇纳入文献的NOS评分为6-8分，说明5篇纳入文献的质量较高。

2、Meta分析前列腺癌骨转移患者lncRNA表达水平与总生存（OS）的关系

5篇文章均报道了OS和lncRNA的不同表达水平。异质性检测发现研究间无明显异质性（I2 = 0.00%，p = 0.655），采用固定效应模型进行分析。结果显示，合并效应结果HR = 2.55 （95%CI：1.63-3.99），且患者lncRNA表达水平与OS存在显著相关性（z = 4.080，p < 0.05），说明高lncRNA表达的患者OS较短（图2）。

3、Meta分析前列腺癌骨转移患者lncRNA表达水平与无骨转移生存（BMFS）的关系

2篇文章报道了BMFS和lncRNA的不同表达水平。异质性检测发现研究间无明显异质性（I2 = 0.00%，p = 0.431），采用固定效应模型进行分析。结果显示，合并效应结果HR = 3.16 （95%CI：1.90-5.27），且患者lncRNA表达水平与BMFS存在显著相关性（z =4.426，p < 0.05），说明高lncRNA表达的患者BMFS较短（图3）。

4、敏感性分析和发表偏倚

由于缺乏BMFS的数据，仅评估了OS的结果。结果显示，2篇纳入文献（红色框内）对研究结果有较大影响，其他纳入文献的结果稳定（图4）。由于纳入的文章数量较少，无法进行发表偏倚评估。

5、生信数据库验证前列腺癌组织meta分析纳入研究中lncRNA的表达水平

使用GEPIA2和UALCAN在线工具验证SNHG3，SNHG7，NEAT1，PCAT6和NORAD在前列腺癌中的表达水平。GEPIA2分析结果显示，SNHG3和NEAT1在前列腺癌中的显著上调表达（图5）；UALCAN分析结果显示，SNHG3，SNHG7，NEAT1和PCAT6在前列腺癌中显著上调表达。其中，SNHG3和NEAT1在两个数据库中均具有统计学意义（图6）。

6、纳入研究中lncRNA的功能预测结果

使用LnCAR预测研究中包含的lncRNA的miRNA，可预测到多个lncRNA-miRNA相关作用，例如miR-216-5p和miR-543由四个lncRNA共同靶向。使用LncACTdb 3.0预测lncRNA的靶基因，可预测到多个lncRNA-mRNA相关作用，例如MYC和ERBB3可被四个lncRNA共同靶向。lncRNA-mRNA和lncRNA-miRNA相互作用网络图如图7所示。

7、临床前列腺癌原发性肿瘤和骨转移患者血清中SNHG3和NEAT1的表达

使用qPCR进一步验证lncRNA SNHG3和NEAT1在从临床前列腺癌原发性肿瘤和骨转移患者血清中的表达。研究发现，与原发性肿瘤相比，前列腺癌骨转移患者血清中的两种lncRNA均显着上调（图8）。

以上就是今天分享的主要内容了，本研究首先利用meta分析筛选与前列腺癌预后相关的lncRNAs，然后使用生信分析软件验证lncRNA表达及预测生物功能，最后使用临床样本简单验证。相比我们之前分享的类似文章“Meta分析联合生信分析，这么简单的思路就能发5分+，还不来复现？”，这篇文章分析思路大同小异，最后增加了一点实验验证，照样还可以发高分。小伙伴们不防在目前文献的基础上适当的再增加下生信分析和实验验证，说不定就能快速中稿呢。感兴趣但不知怎么分析的小伙伴可以联系小薇，通过一对一指导，量身打造适合您的选题方向，同时小薇还提供论文降重、润色等服务，需要的小伙伴赶紧关注小薇吧。

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