9世纪中叶南疆北缘操吐火罗语的绿洲国家让位于高昌回鹘， 11世纪时 ，南疆南缘存在千年的于阗古国覆灭于伊斯兰教的喀喇汗国 。至此 ，在语言上，西域接近完成了突厥化。 从11世纪开始， 在西方的喀喇汗国以及其后的察合台汗国的步步侵入和剿灭之下， 佛教的高昌回鹘完全让位给了喀喇汗国以及察合台的穆斯林 。

目前我们谈维吾尔的四大族源：1、 跟回鹘相关的只有西迁的回鹘； 2、印欧人土著 ——包括吐火罗语人群以及塞人。 现在这部分人群对维吾尔人更多的只是基因以及文化底层的贡献；3、伊斯兰化的突厥语各部 ，比如：喀喇汗国的葛逻禄 、样磨、 处月， 这些人构成了后来突厥语系葛逻禄语族的主体， 取代了西伯利亚语族的回鹘，成为了维吾尔人的文化以及语言主体；4、突厥化的蒙古部落，在波斯语文献中的蒙兀儿人， 这些人 主要是察合台汗国/叶尔羌汗国的遗民。 比如帖木儿帝国 、莫卧儿帝国的巴鲁剌思部落 就是典型的蒙兀儿人；在察合台汗国的中后期，伊斯兰化的突厥语各部以及突厥化的蒙古部落，其实已经以察合台人这样一个新的民族共同体，存在于中亚中部以及如今新疆。也就是现代乌兹别克人以及维吾尔人的前身；这两个民族后来的分野，主要是西察合台汗国或叫后帖木儿时代，率先被青帐或叫蓝帐也或者叫金帐幼裔的术赤-昔班系取代， 而形成了乌兹别克人。 其实南迁河中的原乌兹别克人是极少的 ，多数是本地的察合台人以及塔吉克人 。而叶尔羌汗国的这部分察合台人——清代称为回部的人群 ，在20世纪初 由本民族的知识分子追溯了回鹘这一族源 ，将本民族定名为维吾尔族。 要知道，元、 明的回鹘-畏兀儿人 ，指的都是高昌回鹘和黄头回纥（撒里畏兀儿）及其后裔 。到了近代 重新出现在我们眼前的维吾尔人，已经是一个跟历史上的回鹘-畏兀儿人在文化 、宗教、 和人群组成上差异巨大的新的民族。 本质上 ，现代的乌兹别克人和维吾尔人， 是察合台人因政权更迭而人为分离的民族共同体。 三大乌兹别克汗国和准噶尔汗国正是奠定这一格局的始作俑者 。标志着东、西察合台人的最终分离。