个人学习记录：建树流程2——Bayes建树前模型选择（Mrmodeltest2的使用）
2023.12.8加笔置顶
替代模型是一样的，不同软件可能基于的标准不同，大多都是AIC标准，但是MEGA好像就不是。所以最佳模型是根据序列得到的，不是说换个软件就不同了，没有说贝叶斯要用的模型就必须是MrModeltest得到的。
核算替代模型和氨基酸替代模型都推荐使用 Modelfinder，操作简单不用几个软件反复捣腾，好用的软件层出不穷，说不定还会有更简单的一键式软件出现。
下面的基本上不用看了，都已经是历史了，用处不大。
用MEGA将fas文件转换为PAUP的分析文件：
分析好的序列点进去
点保存，保存为PAUP 4.0的格式，保存到本地就行了。
2.下载MrModeltest2 （https://github.com/nylander/MrModeltest2）
直接打包下载到本地，解压使用，找到他的执行文件。
作者让你改名字，按照他说的来就好，我懒，改成了mt2.exe。（改成什么，之后运行的时候输入的命令就是什么，相当于重命名命令的名字）
doc文件夹里有个MrModelblock文件，看一眼，右面要用到。
2.下载使用PAUP完成scores文件的输出
下载安装PAUP（window版本：http://phylosolutions.com/paup-test/paup4-setup.msi）
打开PAUP，把刚刚保存的 .nexus文件拖入打开，把上面那个MrModelblock文件也拖进去，在Output Display的框下输入命令载入。
输入exe MrModelblock ，回车运行。运行结果输出文件mrmodel.scores
出现如下报错，可以先检查一下序列数据是否有成功导入，有的时候序列命名不规范可能导致数据导入失败。
3.使用Mrmodeltest2来分析模型的选择。
将mrmodel.scores复制到Mrmodeltest2执行文件所在目录
打开命令提示符，cd 到该目录下，然后输入执行命令行mrmodeltest2 < mrmodel.scores > out
这个命令的第一部分是 mrmodeltest2_32bit.exe 这个执行文件我起名为 mt2.exe 所以使用mt2调用，< mrmodel.scores >表示分析对象是之前我们用paup得到的那个文件，后面跟输出文件名，建议起名为.txt 格式文件方便查看。
可以打开查看一下
22.8.6 补充奇怪的bug示例
PAUP应该是对序列根据各模型的计算打分，这里需要注意的一点是，生成的mrmodel.scores文件里不同的版本可能对模型的描述略有偏差，较新的MrModeltest能够识别，但是稍微旧一些的版本可能无法识别，导致输入指令后并没有显示已经完成，并输出一个空的文件。不过这个不能识别的解释只是推测，总之使用最新的版本就不会遇到这种情况（大概）。
如果mrmodel.scores文件为空或数据不全，输出的文件里会提示你不全或有问题。
这两种情况在命令框里都会直接换行，正常情况会返回program is done
