GSEA进行富集分析（图形界面）
尔云间 一个专门做科研的团队
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GSEA软件有java和R语言两个版本，其中java版具有图形界面，操作更直观，本次小云就介绍一下java版的GSEA
软件下载
软件下载网址如下
http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp
Mac、windows、linux系统均支持
下载后按照默认设置安装即可
需提前配置java环境
输入文件准备
输入文件有三个，基因集文件、表达谱文件、表型文件
1、基因集文件下载
http://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp
如上网址下拉，会看到MsigDB数据库，我们依照研究目的选择合适的基因集进行下载
2、表达谱文件
我们自己准备，行名基因，列名样本号即可
3、表型文件
后缀名为CLS，分隔符为换挡符/t 。我们建个TXT文件，改后缀名即可
第一行为 样本数 表型分类数 固定数值1
第二行是具体的表型分类，这里是两种，对应0的Lower，对应1的High
第三行是每个样本对应的表型
三软件运行
点击 Load data进入加载数据界面
将输入数据直接拖入输入框
点击Load these..
载入成功
选择基因集
选择分组
设置完成
点击Run运行
运行成功
进入结果文件夹
默认文件夹在如上路径
查看分析结果
至此结束
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