这次小云带你学分子对接autodock的半柔性对接，进行半柔性对接按照之前准备的蛋白受体和配体文件，确定需要设定柔性的氨基酸(主要是在结合口袋附近的氨基酸。

传统的分子对接中，通常假设分子是刚性的，即不考虑其内部的柔性调整。然而，在许多生物分子的相互作用中，分子的构象变化和柔性调整对于相互作用的准确描述非常重要。

分子半柔性对接方法结合了刚性对接和柔性对接的优点，允许其中一个分子在对接过程中保持柔性，而另一个分子则保持刚性。这种方法可以更准确地描述分子之间的相互作用，尤其是在涉及柔性蛋白质、配体和受体之间的相互作用时。

这里我们以配体小分子0.5nm内的氨基酸为柔性flexible receptor 进行对接。要将配体和受体文件预处理为PDBQT格式，可以使用一些分子对接软件，如AutoDock Vina或Open Babel。以下是一个使用AutoDock Vina操作

准备配体文件：将您的配体文件保存为PDB格式（例如，"ligand.pdb"）。准备受体文件：将您的受体文件保存为PDB格式（例如，"receptor.pdb"）。

 Grid -> Macromolecule > Open

点击确定，保存为文件名.pdbqt

pdbqt格式是'pdb'加'q'表示部分电荷，'t'表示AD4原子类型。pdbqt file format，最后两列是电荷和原子类型

设定搜索空间（search space）

Grid -> Grid Box

搜索空间的中心为0, 0, 0 ，搜索空间的大小为16 X 16 X 16 å3，搜索空间需覆盖binding site，但需适当，不可过大。

Ligand -> Input -> Open

设置客体分子的柔性

Ligand -> Torsion Tree -> Choose Torsions

点击Done

Ligand -> Output -> Save as PDBQT保存为配体.pdbqt

flexible receptor

使用可视化软件，选择radius为5，以配体周围5nm范围的氨基酸被选中，

以下是将选中的Ctrl c到新建文件file里面的信息。

然后我们使用autoduck进行分子对接前的柔性设置，首先构建柔性部分flex.pdbqt和刚性rig.pdbqt。

我们选中之前查看到的所有氨基酸分子，如下设置完成后，报存为pdbqt文件。

分别保存Save Flexible PDBQT，Save Rigid PDBQT。

7查看帮助文档

8创建配置文件：

创建一个文本文件，例如"config.txt"，并在其中指定对接的参数和设置。以下是一个示例配置文件的内容：

示例，如上"receptor.pdb"是刚性受体文件的名称，"flex"是柔性受体的名称。"center_x"、"center_y"、"center_z"是定义对接计算框的中心坐标，"size_x"、"size_y"、"size_z"是定义对接计算框的尺寸。

9运行AutoDock Vina：

在命令行中执行以下命令来运行AutoDock Vina：

小云提示Win下可以win＋r输入cmd打开命令行哦

vina --config config.txt --out output.pdbqt

这将使用指定的配置文件运行AutoDock Vina，并将输出结果保存为PDBQT格式的文件"output.pdbqt"。

完成上述步骤后，您将获得使用AutoDock Vina预处理的PDBQT格式的配体和受体文件，可用于后续的分子对接实验。您可以根据需要调整和优化配置文件中的参数。

 PMV构象展示

导入protein_rig.pdbqt，导入protein_flex.pdbqt，导入all.pdbqt，导入ligand.pdbqt

分子半柔性对接方法，可以更好地模拟和预测分子之间的相互作用，从而有助于药物设计、酶底物相互作用研究等领域的科学研究。然而，该方法也需要考虑计算成本和计算复杂性，因为柔性调整可能需要较长的计算时间和更高的计算资源。

下期将为你带来更多分子对接的技巧。以下推荐一个生信多功能平台。

云生信平台链接：http://www.biocloudservice.com/home.html。

云生信平台链接：http://www.biocloudservice.com/home.html。