Swissdock

SwissDock是瑞生物信息研究所分子建模小组开发的一项免费在线分子对接工具，用于进行蛋白质与小分子之间相互作用的模拟。它的网址是：

http://www.swissdock.ch/

SwissDock使用的分子对接算法叫EADock, 此算法是基于二面体空间的采样，根据靶标蛋白和配体的性质，进行快速的计算。

SwissDock提供了一个直观的图形用户界面，清楚地设置了用户需要提供的输入，使用非常方便。下面介绍该平台的使用步骤：

1. 准备靶蛋白的pdb文件

平台要求输入靶蛋白的pdb结构文件，且移去其中的配体和非蛋白分子（如水分子）。蛋白的pdb文件可以从RSCB PDB 数据库（https://www.rcsb.org/）下载，当有多个结构时，选择分辨率更高的结构。可以用Pymol软件移去其中的配体（如果有的话）和非蛋白分子，再保存为pdb后缀的文件

2. 准备小分子的mol2文件

可以从PubChem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/）下载小分子结构的sdf文件（或者用ChemDraw画出），然后用OpenBabel软件转化成mol2格式。

3. 在SwissDock网站分别上传靶蛋白和小分子的结构文件，输入该工作的命名，点击submit即可

这里以人类雄激素受体（androgen receptor）与醋酸环丙氯地孕酮（cyproterone acetate）的分子对接为例，示范该平台的使用。

（1）从RSCB PDB 数据库(https://www.rcsb.org/)下载androgen receptor的晶体结构文件2OZ7.pdb, 该文件是androgen receptor与cyproterone acetate结合后的晶体结构。

（2）用Pymol软件移去2OZ7中的配体分子和水分子，保存为2OZ7_protein.pdb.

操作步骤如下：

打开文件：

选择配体：

移去配体：

选择并移去水分子：

保存文件：

（3）从PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)下载cyproterone acetate的sdf文件

（4）用OpenBabel软件将其转化为mol2格式，保存为cyproterone_acetate.mol2

（5）在SwissDock网站(http://www.swissdock.ch/)分别上传靶蛋白和小分子的结构文件，输入该工作的命名2OZ7，点击submit.见下图：

(6) 约10分钟，对接结束，出现以下界面：

点击“here”, 进入结果页面如下。其中每行是小分子的一个pose,点击每行前面的“show”，就出现该小分子以该pose与蛋白的结合图。见下图。

也可以下载结果文件，见下图：

参考文献：

1. Grosdidier A, Zoete V, Michielin O., SwissDock,a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS. Nucleic AcidsRes. 2011 Jul;39(Web Server issue):W270-7.

2. Grosdidier A,Zoete V, Michielin O., Fastdocking using the CHARMM force field with EADock DSS. JComput Chem. 2011 Jul 30;32(10):2149-59.J Comput Chem. 2011 Jul 30;32(10):2149-59.