线粒体相关基因哪里找？数据库已经帮你准备好！分享3个生信常用【线粒体相关数据库】

线粒体”作为持续霸榜国自然热点前几名的明星角色，常与肿瘤免疫、细胞死亡等方向同台竞技，风头无两，同时它也是经常出现在CNS顶刊的综述和研究性文章中，可见其火热程度非比一般呀~ ~

所以，作为科研排头兵的“生信分析”更会紧紧抓住这个明星方向，可以看到“线粒体”方向的生信文章层出不穷，那这些分析用到的“线粒体基因”是从哪里来的呢？（ps：这些问题欢迎来【生信日报】留言问小云哦，保证知无不言言无不尽，你的问题也有可能被小记者翻牌成为一期内容来专门回答哦 ）

大部分是来源于线粒体相关数据库，小部分源于文献、MsigDB等通路类的数据库，那这期内容就由小记者给小伙们整理了3种生信常用【线粒体相关数据库】，有需要的朋友赶紧码住备用吧！

p MitoCarta3.0（最最最常用）

n 数据库简介：MitoCarta 3.0数据库收录了1136个人类和1140个小鼠的定位于线粒体上的蛋白编码基因列表，还提供了基因的亚线粒体定位和通路注释信息，并将基因分配到149个线粒体term中。MitoCarta对从14个组织中分离的线粒体进行质谱分析，通过大规模GFP标记/显微镜评估方法完成了蛋白质定位工作，并使用贝叶斯方法将定位结果和其他六个基因组规模的线粒体定位数据集进行了整合。2020年发布的MitoCarta3.0使用人工文献整理来修订之前的MitoCarta2.0目录（增加了78个基因，删除了100个基因），主要包括了Human MitoCarta3.0（人）、Mouse MitoCarta3.0（小鼠）和MitoPathways3.0（通路）三个数据集。这3个数据集从数据库首页即可直接下载，且下载文件包含excel等多种格式，可直接用于生信分析。数据库网址为：https://www.broadinstitute.org/mitocarta/mitocarta30-inventory-mammalian-mitochondrial-proteins-and-pathways    

p MitoMiner

n 数据库简介：MitoMiner是线粒体定位数据库，目前更新到v4.0版本，包含哺乳动物（人、小鼠）、酵母及斑马鱼的线粒体相关基因数据。MitoMiner存储了来自56项已发表的大规模GFP标记和质谱研究的实验性线粒体定位证据，来自iPSORT、MitoProt、TargetP和MitoFates的靶向序列预测，以及来自人类蛋白质图谱的免疫染色结果。数据库设计目的在于用于确认基因是否编码线粒体蛋白，并给出基因产物功能、可能的其他物种同源物、组织特异性表达信息、代谢注释信息、可能的人类疾病相关性信息和模式生物中基因表型等信息。网址为：http://mitominer.mrc-mbu.cam.ac.uk/  

p MitoProteome

n 数据库简介：MitoProteome是一个人类线粒体蛋白质数据库。数据库最初的版本(2004年)包含847个人类线粒体蛋白序列，通过对公共序列数据库和高度纯化的人类心脏线粒体的质谱分析得到。MitoProteome数据库在2015年进行了大幅修订，把最初以蛋白质为中心的系统更新为以基因为中心的系统，从获得线粒体相关基因出发，然后收集每个基因的同种型和剪接变体的所有相应mRNA以及蛋白质序列，数据整合并构建相应注释系统并展示。当前版本数据库包含1705个基因和3625个蛋白质的数据，数据可在主页直接下载。网址：http://mitoproteome.org/ 

小云话生信

本次数据库分享就到这里了，想做线粒体方向的小伙伴可以尝试使用一下这些数据库哦，可能会达到事半功倍的效果！另外，数据库构建也是一个发高分文章的途径，【生信日报】可以提供特色数据库构建、免费思路评估、付费生信分析和方案设计以及实验项目实施等服务，对数据库构建和生信分析感兴趣的朋友可以咨询小云哦！