【R】SSR分子标记结果转化为0，1数据矩阵

    2022年了，没想到还需要将SSR分子标记的数据转化为0，1数据进行处理分析。毕竟现行农业品种鉴定标准还是使用SSR标记进行分析【落泪，何时可以踏入SNP或重测序领域】。

    目的：将分子量数值转化为二元型的0，1数据矩阵。分子量数值举例：80/80、120/124、50/56等。不同大小的片段数据，主要针对SSR分子标记对个体基因型的鉴定。

    解决思路：使用R对数据进行处理。原始数据读取→分析分子标记等位变异数n→将其转化为0，1数据矩阵。

    解决方法：

1.    原始数据读取。

数据如下。每一行为一个个体的单倍型，每一列为同一分子标记在不同个体中的等位变异。其中包含缺失数据"?/?"

2.提取每一列的数据，进行位点统计并转化。

R中直接查看数据是这种类型的。

输出的txt格式文件内容为：

*这里有个问题就是直接输出.csv格式，数据前方的0会消失，修改成文本格式也调不出来。不过因为是中间工程文件，也没有什么大关系。

3.最后的数据转化。

等待后续分析……

添加一个自动运行该R文件的bat文本。

    *加一个pause看运行情况，注意运行路径不可有中文。

局限性：

    1.本代码不适用于同一个体一个标记处三个等位变异。→若同一标记处含三个等位变异则需在function中再添加一个变量，后边依次修正。

总结：

    一开始忘记加载dplyr包，使用filter清洗数据一直NA报错，后边才发现。标记等位基因个数的统计卡壳了将近一周。菜狗落泪。

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*上边代码注释太多，容易抄错，放上简洁一点的。