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多年绘图经验总结,分子机制图绘制的所有技巧,可实操性强!

2023-06-21 12:30 作者:科研根号三  | 我要投稿

一个标准的分子机制图既能让审稿人一目了然的知道我们的研究工作,漂亮的图也能让整个标书显得高大上,给评审专家一个好的印象。

关于机制图的绘制,比较建议用AI(Adobe Illustrator)软件,当然ppt也很好。只是相对来说熟练AI操作以后你会发现用AI绘图,可变化的空间会更大、效率也更高!


AI(Adobe Illustrator)的安装包和AI科研绘图课程,有需要的可以自行下载,如果对AI绘图有兴趣的同学,这里分享的软件视频交教程也可以保存到网盘学习!




一、 绘制分子机制图 


绘制分子机制图的顺序是由外(细胞膜外)及内(膜内),由上游至下游。可先将信号通路机制做出来之后,再将MicroRNA或LncRNA对靶基因的作用机制以及靶基因对下游信号通路的作用机制放在之后做,这样思路清晰就不容易出错,降低返工率。


 AI软件12类元素的绘制思路 

1)基因结构的放大

绘制思路:基因结构以矩形、直线构成、色块的透明度设置应用为主,绘制比较简单。左图是我们常用的一些元素,右图是根据素材变形、排列做出来的最终效果图。

2)外显子,内含子及DNA

绘制思路:外显子,内含子及DNA以矩形、直线、变形应用为主,重点在于排列与配色,绘制比较简单。

3)G蛋白偶联受体

绘制思路:G蛋白偶联受体以矩形、圆形、内发光、箭头、路径查找的应用为主。

4)细胞的内吞作用

绘制思路:细胞的内吞作用以矩形、圆形、画笔、路径查找器、剪刀的应用为主,从2维到3维的演变。元素的排列技巧是要点。

5)RNA

绘制思路:RNA绘制用到的元素以圆形、圆角矩形、椭圆形、多边形为主,在这些图形的基础上,以添加描点、再次变换、吸管工具的应用为主,绘制的难点在于添加描点的灵活使用。

6)DNA解链

绘制思路:DNA解链以制作画笔、扩展外观、制作阴影的应用为主,看着有难度,实际只要掌握了阴影的应用就不难啦。关于画笔的制作,可以下载画笔安装到AI软件上,或者是自己绘制模板。

7)浓缩染色质环

绘制思路:浓缩染色质环的绘制以钢笔工具、铅笔工具的弧线绘制以及参考线的应用为主。

8)DNA解链

绘制思路:DNA解链以钢笔工具、铅笔工具的弧线绘制以及参考线的应用为主,绘制思路跟浓缩染色质环的绘制有点相似。

9)叶绿体

绘制思路:叶绿体以圆角效果、剪贴蒙版、符号工具、双描边的应用为主,和谐的排序以及高级的配色是重点。

10)DNA解链

绘制思路:DNA解链以锚点的转化、粗化效果、实时上色的应用为主,对于细节上色的要求较高,同时渐变色的应用、细节的处理都是难点,绘制难度较难。

11)培养皿

绘制思路:培养皿以形状生成器工具、符号工具的应用为主,整体绘制比较简单。

12)Transwell 小室和培养板

绘制思路:Transwell 小室和培养板以形状生成器工具应用为主。跟培养皿相比,由于增加了不规则的形状,所以多了自由变换工具的应用。

 

5个机制图美化案例 

美化案例1

改变了DNA粗糙的画法,给整张图框选添加渐变色背景,箭头整体风格一致让整体更加协调,文字背景增加立体效果。

美化案例2

改变蛋白组合的画法,让其看上去更简洁美观,调整各个细胞的立体感,增加背景颜色过渡。

美化案例3

美化不规则图形,填充阴影和色彩,让图形更加有立体感。

美化案例4

丰富素材颜色,添加阴影,阴影的应用让二维变三维效果,整体更加立体美观。


 5个中标案例机制图赏析


比美化更重要的,是研究思路的展示。我找了5个中标标书的机制图优秀案例,还整理了几个典型错误的机制图案例,大家可以仔细看看,总结一下经验。


1.LncRNA-OC募集TRIM8促进TAK1泛素化介导破骨细胞分化减弱在强直性脊柱炎病理性成骨中的作用及机制研究。



2.HLA-A2 抗体通过 Src-钙信号通路诱发 TRALI 的作用及相关机制研究。

▲HLA-A2 抗体可能通过磷酸化 PMN 胞内 Src,诱导 PSGL-1 和 LFA-1 等表面粘附分子的上调表达和重分布,增强 PMN 对肺血管内皮细胞的粘附特性,同时通过上调 PMN 炎性因子的分泌及 PMN 胞内 Src-钙信号通路增强钙响应信号而促进 ROS 的产生, 介导肺血管内皮细胞损伤,从而诱发 TRALI 。



3.MicroRNA-30b通过调节自噬参与慢性肾脏病血管钙化的机制研究。

▲①高磷通过调控 Wnt/β-catenin 信号通路对细胞自噬产生作用,从而影响细胞钙化过程;同时,Wnt/β-catenin 通路通过 pit1 调控细胞钙化(虚线部分)。

②高磷下调 miR-30b 表达,进一步通过 Beclin1 和 Wnt5A 直接和间接地参与对自噬的调控,产生抑制钙化的效应。



4.LincRNA-p21通过p21及p53通路调控细胞增殖与凋亡参与动脉粥样硬化的分子机制研究。



5.内质网介导的细胞凋亡和炎症及破骨细胞分化信号通路在假体周围骨溶解骨组织中的作用及机制研究。

 

5个问题机制图范例分析 


案例1:画风粗犷、颜色搭配不合理,箭头颜色和分子结构颜色太接近,不好辨认。


案例2:lncRNA这个元素好像被孤立了。



案例3:没有统一名称(PKD1和Polycystin是一种蛋白)、作图粗糙。


案例4:字体较小 、趋势标线不好理解 、没有重点 、受体多余。


案例5:miRNA 如何调控基因不明确、受体多余。



机制图绘制经验总结 


1. 磷酸化和去磷酸化的过程注意在分子相对应的蛋白上加上或去掉磷酸基团的图案;


2. 箭头如果指的是上下游的关系,应该在箭头处说明上下游是促进还是抑制的关系;


3. 标书中的机制说明图也可以从经典文章中找一些图片,略加修改后直接使用,但不建议用文献中的机制图;


4. 基金标书的申请一般需要1-2张分子机制图;


5. 不要太过追求各类元素的堆砌,绘制原则应该是尽量精简,一目了然。


6. 分子机制(机理)图的绘制中,已经有一些软件插件的存在,但是这些并不能完全满足SCI中绘图的需求。


7. 些插件的素材,颜色和形态和立体感的美化也都存在一些不足,学会AI绘制操作,美化图标和素材,能够更优化的处理我们所需要的机制图。


8 学习素材的绘制也能够更好的掌握AI软件的基础绘制工具和流程,以便绘制其它类型的图片。


9. 机制图的配色很重要,关于色彩搭配技巧,建议直接套用配色网站上的配色方案或者是从顶刊文献的插图总结经验。


以上就是关于分子机制图绘制我个人经验的分享!Adobe Illustrator的安装包和软件操作教程已经打包好,有需要可自行下载!


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