DIA蛋白组学和iTRAQ蛋白组学
DIA蛋白组学是利用DIA技术（如SWATH）研究蛋白组，iTRAQ蛋白组学是利用iTRAQ技术研究蛋白组。百泰派克生物科技提供iTRAQ蛋白组学分析服务。
DIA蛋白组学
DIA是一种质谱采集技术，DIA蛋白组学是指利用数据非依赖采集（data-independent acquisition，DIA）技术研究蛋白质组。在DIA模式下，对于每个循环，仪器都将聚焦在狭窄的母离子质量窗口上，并从该窗口内检测到的所有母离子中获取MS / MS数据。然后，此质量窗口跨越整个质量范围，系统地从每个质量和所有检测到的母离子中收集MS / MS数据。即不预先对母离子进行筛选，以获得所有离子的碎片信息。DIA中最常见的一种方法为SWATH。SWATH技术可以不用进行样品的标记而对样品蛋白进行定量，能够对复杂样品中几乎所有可检测的分子进行定量测定。
iTRAQ蛋白组学
iTRAQ蛋白组学是指利用iTRAQ（isobaric tag for relative and absolute quantitation）技术研究蛋白质组，iTRAQ是一种数据依赖采集（data-dependent acquisition，DDA）的质谱采集技术。在iTRAQ中，需要用iTRAQ试剂对样品进行差异标记，不同样品的同一肽段在一级质谱中质谱峰相同，选定对应质谱峰进行碎裂，在二级质谱中不同样品的同一肽段因标记时报告基团不同而可以区分开，通过它们的质谱峰信号强弱即可进行定量。iTRAQ蛋白组学可在一次实验时同时比较多种样品中的蛋白质的相对和绝对含量。
DIA蛋白组学和iTRAQ蛋白组学比较
相对于iTRAQ，DIA不会造成低丰度蛋白信息的丢失，定量准确度较高，数据可重现性较高，但无法直观的看到二级质谱图中的碎片来自哪一个母离子。而iTRAQ可以直接看到二级质谱图中的碎片来自哪一个母离子，且可以同时分析多个样品。在实验时，研究者可以根据自己的实际情况进行选择。
