【Frontiers文章良莠不齐】从漏洞中学习如何让自己的SCI得到编辑和审稿人的青睐
带你玩个SCI找茬游戏
春天，遍地的桃李樱杏都在争相绽放，努力展示自己所有的魅力。
正如我们每一个科研工作者，都会尽力让自己所有的努力在论文中开出绚丽的花。
有的文章读起来确实让人如沐春风受益匪浅，可有的，真的一言难尽狗屁不通（bushi）。
大家好，今天给大家分享一篇令（处）人（处）深（疑）思（问）的文章。
接下来，请带着疑问来学习一下这篇文章，在寻找漏洞的过程中学习如何规避错误，提高自己写文章的连贯性和科学性，千万别给编辑和审稿人提出质疑你文章内容的机会。
请一定看到最后哦，文末有你一定不能错过的写作经验。
文章题目为：
“Apigenin Inhibits the Growth of Hepatocellular Carcinoma Cells by Affecting the Expression of microRNA Transcriptome”，即“芹菜素通过影响 microRNA 转录组的表达来抑制肝细胞癌细胞的生长”，2021年发表于Frontiers Oncology，影响因子6.244。
这影响因子可真是令人羡慕呢，祝福它可以一直保持下去，千万不要是第二个Oncotarget。
研究背景
Backgrounds
肝细胞癌（HCC）是肝癌中比较重要的一种，在中国每年造成30万人死亡。
HCC预后较差，而多数化疗药物为西药，具有很大的毒性，且靶向治疗治疗费用较高。
因而，人们转而寻求一种新的可被普遍接受的治疗方法。
芹菜素，一种黄酮类化合物，已被证明在癌症中具有抑制癌细胞增殖、引发细胞凋亡、减少细胞侵袭和转移等的作用。
但芹菜素抑制HCC的潜在分子机制尚不清楚，仍需进行进一步的研究。
MiRNA是一种高度保守的单链非编码RNA，参与很多细胞活动，如细胞增殖、凋亡、分化、炎性反应、侵袭等，在肿瘤发生方面具有极其重要的调控作用。
本文通过体内外实验验证芹菜素在HCC中的抑癌作用，并进一步分析相关miRNA及其靶基因的调控作用。
研究思路
Study design
本文研究思路如下图（图我自己画的，别嫌丑）。
当然了，我是有实力的科研作图小能手（比如流程图、示意图、技术路线图、TOC等等），如果找我帮忙绝对让您满意。（有需要了解的可点击此处链接查看AI基础科研绘图实操教程，批处理一键搞定，看完立即上手或者教你用AI绘制磷脂双分子层尽享SCI论文配图高级感学会AI在科研作图中的常规操作，提升科研效率）
好了，原谅我的跑题吧，我们回归正题！
根据本研究的目的，首先通过体内体外研究证明芹菜素在HCC中的抑癌作用，然后通过转录组分析和qRT-PCR鉴定差异表达的miRNA及其靶基因。最后通过生信分析探究芹菜素在HCC中通过miRNA调控抑癌作用的机制。
功能+机制的干湿结合研究模式
主要结果
Results
1、芹菜素抑制Huh7和Hep3B肝癌细胞生长
本研究用浓度分别为0、5、10、20μM的芹菜素处理Huh7和Hep3B细胞，结果表明芹菜素以剂量依赖的方式抑制HCC的生长。
同时，克隆实验结果显示芹菜素以剂量依赖的方式显著降低克隆形成细胞的数量和大小。
2、芹菜素影响细胞周期和凋亡
细胞周期结果表明，Huh7细胞系中，芹菜素处理显著增加G2/M期细胞数量，降低G0/G1期细胞数量；
而在Hep3B细胞系中，结果刚好相反，芹菜素处理显著增加G0/G1期细胞数量，降低G2/M期细胞数量。
这表明芹菜素的抑制作用与细胞周期相关。
双染实验表明芹菜素处理后Huh7和Hep3B细胞凋亡率显著增加，表明芹菜素以剂量依赖的方式引发细胞凋亡。
小鼠实验中Tunnel分析也表明芹菜素处理显著增加肿瘤组织的凋亡。
3、芹菜素抑制Huh7和Hep3B细胞侵袭
细胞侵袭研究结果表明，对照组细胞侵袭数量增多，而芹菜素处理组（5、10、20μM）细胞侵袭数量显著变少。该结果表明，芹菜素抑制Huh7和Hep3B细胞侵袭与芹菜素浓度有关。
此处，第一个明显的bug已现身。
文章中右边的柱状图肯定是放错了的，这个柱状图不符合文章中的文字描述，且与上面的细胞凋亡结果不能说很像吧，简直就是一模一样（一定是不小心贴错了，毕竟老虎也有打盹的时候嘛，情有可原）。
因为这里我查了一下作者提供的附表3，与文章描述是一致的，可以看出来细胞侵袭数量随浓度的升高而降低。
4、芹菜素抑制裸鼠Huh7细胞的致癌性
与体外研究的结果相似，体内注射芹菜素可造成小鼠内肿瘤体积和重量的降低，再次证明了芹菜素对HCC的抑制作用。
免疫组化分析也证明了芹菜素处理后出现Bax的增加及Bcl2和Ki67的降低。
此处，惊现本文第二个bug。
上面的研究都是基于三个芹菜素的浓度，到这里你会发现只出现了一个！但是文章正文从头到尾没有说明这个浓度是什么（本文方法部分写的比较简单，只写了不同浓度），我是查附件才知道这个浓度为10μM，而且文章未提及为何选择这个浓度。
一般我们写作中对浓度的筛选要做一个明确的解释，这样文章更为合理也更连贯。
5、芹菜素影响miRNA的差异表达
接下来，作者从芹菜素处理过的细胞中筛选得到了130个上调和9个下调miRNA。
通过进一步的筛选（筛选条件log2FC≥2.0且P≤0.001），得到30个上调、2个下调的miRNA。
6、qRT-PCR鉴定差异表达的miRNA和靶基因
为验证RNA测序的结果，此处挑选12种差异表达的miRNA进行qRT-PCR分析。
qRT-PCR分析的结果与RNA测序具有一致性，即便有些基因的表达差异不显著。
在miRNA差异表达水平上，hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-663a、hsa-miR-1273g-3p、hsa-miR-619-5p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-5787和hsa-let-7i-5p在芹菜素处理后高表达；
hsa-miR-1260b、hsa-miR-760、hsa-miR-215-3p、hsa-miR-181a-5p和hsa-miR-148a-3p在芹菜素处理后低表达。
在基因差异表达水平上，仅CCND1在芹菜素处理后显著高表达；
MAPK1、PIK3R5、CCND1、ADCY1、ADCY3、GNAQ和EGF在芹菜素处理后低表达。
此处，本文第三个bug出现。
我出于好奇想知道作者是按照什么标准从上文中的32个miRNA中筛选出12个的，就去找了一下方法和附件中的内容，发现可能是通过附表6中的Degree value筛选出来的，但是附表6中的12个Degree>16的miRNA与正文中提及的也不完全相同（不知道审稿人看到这里是啥想法呢）。
我们自己写作中一定要注意这些细节，保证审稿人提不出一丝质疑。
怎么样？敢不敢把你要投稿的文章拿过来让我们给你找找茬呢？保准你在投稿前解决掉大部分问题，可以去顺利投稿。
7、芹菜素对差异表达miRNA及相关靶基因的影响(KEGG-上调miRNA)
这里对芹菜素处理后上调的miRNA进行KEGG分析，结果表明这些miRNA富集于多种癌症相关通路。
图中也列出了每种通路的占比，其中FoxO占20.3%。
此外，还列出了这些上调miRNA相关的靶基因：MAPK1、PIK3CD、HRAS、CCND1、CDKN1A、E2F2、MYC、CDK4、MTOR、CDK2、STAT3、PTEN、CDKN1、BIGF1、MAPK14、TGFB1、CDKN2A、VEGFA、WNT4、CCNA2、MET、VAV3、APC2和APC。
8、芹菜素对差异表达miRNA及相关靶基因的影响(KEGG-下调miRNA)
下调miRNA与癌症中microRNA、蛋白聚酶等通路相关。（PS：小编其实一直很好奇，这个miRNA富集到癌症中的miRNA通路是表示什么呢？精通生信的老师们可以给指点一二不。因为有时候我们拿到别人给的分析报告也会有这情况）
其中癌症中蛋白聚酶占67.27%，microRNA占12.7%。
同样列出来相关的靶基因为：MAPK1、HRAS、STAT3、FOS、BCL2、SMAD2、PPP3CA、IFNG、MET和VAV2。
9、芹菜素对差异表达miRNA及相关靶基因的影响(GO-上调miRNA和下调miRNA)
这些上调的miRNA总共富集到88个GO-BP相关通路（下图A）、18个GO-MF相关功能（下图B）和18个GO-CC相关功能（下图C）。
下调的miRNA总共富集到82个GO-BP相关通路（下图D）和2个GO-MF相关功能，没有富集到GO-CC相关功能。
细心的朋友可能发现了，这里出现了本文第四个小bug。
我们一般展示KEGG和GO分析的结果都是用条形图或者气泡图，再简单一点，直接上表格。本文呢，是通过这个饼图（百分比）展示的，个人感觉这个好处就是能够很直观地观察到哪个通路或者功能起到的作用最大，这是一个很大的优点。
我要说的bug是，文中没有明确这些百分比代表什么，我们大概猜测，它指的可能是与这个通路相关的miRNA/基因占所有miRNA/基因的比例。
大家有什么其他见解，欢迎评论区留言讨论。毕竟思想的碰撞迸发智慧的花火！百花齐放、百家争鸣,才应该成为我国发展科学、繁荣文学艺术的方针。
讨论
Discussions
本文讨论部分相对来说比较详细，这里简单列一下本文讨论部分是如何着手的，感兴趣的可以查看原文学习一下这个讨论部分的规划和写作。
第一段对体内体外研究结果进行讨论，证明芹菜素的抑癌作用。
第二段结合既往研究对本研究中鉴定的上调miRNA进行讨论。
第三段结合既往研究对本研究中鉴定的下调miRNA进行讨论。
第四段结合既往研究对本研究中鉴定的上调miRNA靶基因进行讨论。
第五段结合既往研究对本研究中鉴定的上调miRNA靶基因进行讨论。
这里我要重点强调的一点是本文在对相关基因进行讨论中发现，MAPK1这个基因即与上调相关，又与下调相关，而本研究的实验结果并未发现这个基因在芹菜素处理前后的差异表达。出现这个现象的原因可能就是它的上调和下调功能相互抵消。
我们平时在写论文时也要注意这些有矛盾的点，然后尽量地讨论全面，给出可能科学合理的解释。
第六段是对本研究的总结和展望，我就不再去重复啦。
总结
Conclusion
这个研究除了以上提及的几个比较明显的bug外，其实还有一点，不算什么缺点，但我个人写作中可能做其他处理。
就是本文把很多可以写到方法部分的内容融合到结果里了（比如为了检测/确定……，我们进行了……），导致结果有些长，而方法部分过于简单。简单到什么地步呢，看下图：
除此以外，本文整体的研究思路还是比较畅通的，讨论部分也相当充分。
另外万一遇到杂志有字数限制但你怎么也删不到要求的时候，可以像本文一样从方法部分入手，具体描述放到附件（千万别删引言和讨论，那可都是我们辛辛苦苦写的，删了多肉疼）
今天的分享就到这里了，怎么样，有没有从这些bug中学会怎么规避错误，提升文章连贯性？
如果你有需要投稿的文章，那就来找我给你玩玩找茬游戏吧，我玩开心了，你投稿也就更顺畅了。
我们自己写文章时一定要仔细仔细再仔细，尽最大可能保持文章落实畅通，不给审稿人一点儿提出质疑的机会。
感谢阅读，各位朋友，看在我这么辛苦码了这么多字的份儿上，辛苦关注转发或点赞呗~
我们下次再见，更多优质内容正在快马加鞭赶来~
