【菜鸟博士】Cytoscape与网络可视化

Cytoscape与网络可视化

1、Java环境安装：

若无JRE，Cytoscape将无法正常安装、运行、卸载

64位计算机可安装64位（x64）或32位（i586)JRE，32位计算机只能安装32位JRE

2、cytoscape安装

支持Windows、mac OS、Linux

64位安装包对应64位JRE，32位安装包对应32位JRE

如果如法安装cytoscape，请检查cytoscape64位是否对应Java64位环境，否则cytoscape无法安装。

3、Cytoscape操作

在可视化区域右键

选择Add-Node

新建四个节点

左键单击选择一个节点

Ctrl+单击选择多个节点

右键单击，Add-Edges Connecting Selected Nodes

用边连接选中的节点

选择节点

右键单击，编辑节点造型，选择Edit

对选中节点进行设置，点击Bypass Style，Set Bypass to Selected Nodes

自动进入控制面板的Style标签页

单击第三列Byp.的方块进行属性修改

选择边

右键单击，编辑边造型，选择Edit

对选中节点进行设置，点击Bypass Style，Set Bypass to Selected Edges

选择点

右键单击或Ctrl+6，选择一级邻接节点

方法1：Ctrl+N建立子网络

方法2：File-New-Network-From selected nodes, all edges

方法3：点击工具栏New network from selection

File-Import-Network-Public Databases

输入感兴趣的蛋白、基因

搜索

在结果列表里选择需要展示的互作数据

勾选自动整合网络

导入                

将当前视图导出为图像（所见即所得）

支持多种格式（png，pdf，svg）