R语言绘制进化树一

接着上期的继续说，本期主要说说怎么用R语言绘制好看的进化树。注意，本期所写脚本已经经过本人重新编写

首先，需要加载必要的R包

随后，加载各种文件

nwk_file即为MEGA通过多重比对与进化树构建后保存的树文件

tree_group_file为每个节点的详细信息，内容如下

其中sample列为每个树节点的名称，Group为每个树节点归属于那个簇，lenght为环形的大小，color为所在环的颜色，shape为树节点的形状，shape_color为树节点的标题颜色。

其中tree_group_circle_file为外圈的详细信息，内容如下

其中list_1和list_2分别指代从原始节点算起，多少节点为一个外圈，其中list_name为外圈的标签，list_angle为外圈标签的旋转角度，而list_color为外圈的颜色。

plot_args_file文件为进化树整体的参数信息，内容如下

plot_group_color_file文件则为每个亚家族tiplabel的颜色

最终输出文件为outputfile

接下来，开始读取文件

输出图片的参数读取

树的形状（tree_layout）、线条的类型（tree_linetype）、树的大小（tree_size）、树是否为阶梯式（tree_ladderize）、树的颜色（tree_color）

节点的大小（tiplab_size）、节点的颜色（tiplab_color），节点的水平位移（tiplab_hjust），节点标志的大小（tippoint_size）

外圈的对齐（circle_strip_align）、外圈的透明度（circle_strip_alpha）、外圈标签的大小（circle_strip_fontsize）、不同分组外圈之间间距（circle_strip_offset）、外圈标签的文本大小（circle_strip_offset_text）、外圈标签的水平位移（circle_strip_hjust），外圈色块的宽度（circle_strip_barsize）、外圈的延展（circle_strip_extend）

设置图片保存，并读取树文件

读入分组文件用于绘制进化树，并按分组添加颜色

这一步确定分组类型，后期调整也是通过这一步进行

读取分组的颜色

获取进化树排序后的列名，并以为为序对group_file的数据进行重新排序

获取进化树节点的排序，因为tree_phylo自带group属性，所以需要将这个属性提取出来，用于上色，按照排序后进化树的节点分别给“上色”

绘制进化树，值得注意的是label_group_color只是包含分组的颜色即group包含几个level，然后依据顺序依次上色。

最后一步，保存图片

最终生成图片如下

三 惯例小结

其实吧，没有一种解决方法是全能的，重要的是什么解决方法最有效，用起来也最顺手。

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