欢迎光临散文网 会员登陆 & 注册

基于R语言的微生物群落组成分析—α多样性指数的正态分布检验及差异性标注

2022-10-17 10:38 作者:科研那点事儿  | 我要投稿

       此前,小编已经给大家展示过如何使用R语言进行微生物群落的Alpha-多样性指数计算及简单的显著性标记,也给大家展示了如何使用字母标记法给数据进行差异性标注,感兴趣的小伙伴可以翻翻此前推文进行查看。今天,小编给大家展示的内容就是基于此前内容进行结合分析,为大家展示如何为Alpha-多样性指数进行正态分布检验及字母标记以显示其数据间的差异性

工作目录设置及R包加载

数据加载

这里我们使用的数据是基于此前推文相同代码计算的Alpha-多样性指数,具体计算方法这里不做阐述:

图片

ACE指数的正态分布检验及差异性标注

1、检验数据是否符合正态分布

图片


图片

图片

#无论Bartlett检验还是Levene检验,两者的P值都大于0.05,,所以接受原假设:样本之间的方差是相同的,继续做方差分析

2、方差检验

3、多重比较

图片


4、可视化

图片

Chao指数的正态分布检验及差异性标注

与ACE指数分析类似:

图片


图片


Shannon指数的正态分布检验及差异性标注

图片

Simpson指数的正态分布检验及差异性标注

图片

拼图并进行图片美化

图片


AI调整后:

图片


数据及源码获取:公众号【科研后花园】后台回复关键词“2022-10-17”获取下载链接!




基于R语言的微生物群落组成分析—α多样性指数的正态分布检验及差异性标注的评论 (共 条)

分享到微博请遵守国家法律