单细胞核测序时代，是你的时代吗！
高通量单细胞测序这几年发展的如火如荼，已经是各种高分期刊的“常客”。作为一名科研工作者，虽然不能一味的追求高影响因子，但是谁又不希望自己的科研成果发表在顶级期刊，让更多的科研同道了解自己的工作呢？
目前，高通量单细胞测序正在不断地刷新人们对于生命科学研究的认知，帮助科研工作者真正地从更高精度揭示生物体的复杂性，以及研究细胞间的相互作用、调控网络等。运用单细胞技术到课题中，可以帮助重新审视研究对象，深入了解细胞生长发育过程中的表达调控机制。
很多老师想要研究某些特殊样本，例如心肌细胞和神经元；也有很多老师手上有颇为珍贵的临床冻存样本，但是受限于单细胞测序对于样本的严格要求——细胞数量要求大于105个、活细胞数在90%以上、细胞直径小于40μm等，只能望“单”而叹！
同时，受限于样本解离过程，单细胞测序存在三大问题——
1. 仅适用于新鲜组织样本，对于冻存样本，由于细胞已经丧失活性，因此无法开展scRNA-seq。
2. 解离过程会诱导应激基因的表达，引起细胞转录模式发生“人为改变”（artifactual transcriptional stress responses），造成转录偏好（bias）。这样获得的数据无法真实的反应样本的细胞转录状态，结果的可靠性大大降低。
3. 对于很多实体组织，如脑、心脏、肾脏等，蛋白酶倾向于将易于解离的细胞类型解离下来，因此会丢失不易解离的细胞；同时一些较为敏感的细胞可能会因为解离过度而破碎。这样，解离过程无法有效的获取到组织中的所有细胞类型，结果的准确性大为降低。
由于上述问题，单细胞核测序（snRNA-seq）逐渐受到人们重视！
在早期研究的引领下，snRNA-seq逐渐呈现出较为火热的景象，特别是脑组织的单细胞转录研究，目前多数文献均倾向于使用snRNA-seq而不是scRNA-seq。迄今为止，snRNA-seq已在多种组织类型中得以应用，包括肌肉组织，心脏，肾脏，PBMC或培养细胞系，血管，肺脏，胰脏以及多种肿瘤组织。这些文献的结果一再表明，snRNA-seq相比scRNA-seq具有其明显的优势，将有力的促进我们更全面的理解组织的细胞发育和分化。
总的来说，单细胞核测序具备以下优势：
1. 避免了组织解离过程中诱导压力相关基因表达；
2. 研究对象广，难消化的组织、冷冻的组织和特殊类型组织，均可适用；
3. 直接抽核，避免了消化的不均一性，获取更为真实的细胞类型组成和比例。
部分实测数据——
（来源于欧易生物）
图示制备好的细胞核经台盼蓝染色镜检，显示细胞碎片等杂质＜10%，细胞核数量＞1000个/μL，细胞核总量>100,000个，满足10x Genomics上机要求。
图示小鼠心脏组织snRNA-seq，通过主要的心脏细胞marker能够鉴定到所有类型的心脏细胞。
图示小鼠心脏组织的snRNA-seq，两个生物学重复之间显示较好的重复性。
在scRNA-seq占据主流的当下，单细胞核测序无疑是珍贵的临床冻存样本，或是希望研究某些特殊样本的福音。
根据现有的研究结果表明，snRNA-seq完全可以获得与scRNA-seq一致的、真实可靠的数据。
本文首发自欧易生物微信公众号，图片均来源于原文
