富集不到想要的功能？别放弃呀，试试这个方法！

2022-08-10 14:29 作者:尔云间 0人读过 | 我要投稿

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功能富集是生信分析中最常用也是十分关键的一步，基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段，对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。功能富集分析可以将成百上千个基因、蛋白或者其他分子分到不同的通路中，以减少分析的复杂度。另外，在不同实验条件下，激活的通路显然比简单的基因或蛋白列表更有说服力。

但是在我们分析的过程中，像GO,KEGG是我们用的比较多的功能富集方法，有时候却富集不到我们想要的通路结果。今天我们来介绍另一种功能富集方法-GSEA。GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）：基因集富集分析，由Broad Institute研究所提出的一种富集方法，同时还提供对应的分析软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb (https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/)。今天我们来介绍下如何具体实现GSEA功能富集分析：

本文代码及相关文件见如下3个文件夹，可在文末咨询小助手领取

加载相应R依赖包：

library(GSEABase)

library(clusterProfiler)

library(DOSE)

library(org.Mm.eg.db)

library(ggplot2)

library(enrichplot)

library(stringr)

2. 数据导入

输入数据包含2列，一列是p值，一列是logFC值，具体见下图。

3. GSEA分析

接下来对输入数据进行分析，第一步将基因symbol转成ENTREZID，这样才能将ID对应到数据库中。

第二步将转换好的基因ID与log2FC值一一对应，并将log2FC值反向排序。

第三步我们先使用clusterProfiler包中gsea分析函数自带的KEGG库试一下，这里使用的是小鼠的基因，所以organism选mmu。

4，自定义基因集

接下来我们自己选择基因集来做GSEA富集，这就是与常规的GO,KEGG有区别的地方，让GSEA分析的结果更理想一点。首先需要准备gmt文件，人的可以去这里下载相应的基因集https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/index.jsp，小鼠可以去这里下载http://download.baderlab.org/EM_Genesets/current_release/Mouse/symbol/。