FlowJo多通道tSNE降维流式分析图
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多通道复杂的流式门套门数据变为简洁的tSNE降维分析图，更直观的反应所占比例和隶属关系。
原理：T-sne：T-Distributed random Neighbor embedded (tSNE)是一种降维算法，它允许在保持数据结构的同时，在更小的维数下实现复杂多维数据的可视化。
那么什么是流式的降维分析？
详细原理看下面的视频链接：
https://www.bilibili.com/video/BV1F5411P7JG?spm_id_from=333.999.0.0，介绍的很详细。
简而言之，就是把多个荧光通道的实验结果及其相互关系展示在一张流式结果图上。比如在flowjo的双参数散点图下方勾选第三个通道，第三个通道就会以颜色热力的方式展示出来：一部分散点就会移动到第三个通道，同样出现第四个、第五个通道也会有不同的散点分布在第四、五通道上。最终在施加多个维度后，实验结果以多个群落的方式进行最终的展示，群落的大小反应了细胞的占比，群落的远近和集中度反应了细胞的蛋白表达水平的高低以及相似度，这就是降维分析的结果展示。
言归正传，如何使用flowjo完成数据的降维分析呢？
其实比较简单，flowjo支持我们对当前的流式数据进行全自动的降维分析。
1.软件版本要求：能进行tSNE分析的版本至少Flowjo v10.6.2。
没有新的软件可从下链接1和2下载：
地址1：https://www.bilibili.com/read/cv9623856/。
地址2：流式软件Flowjo v10.6.2破解版，
百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1fmujTwvMhAIcnOcStfKH-g，提取码: v8ce。
地址3：https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/45105049
2.数据处理：正常进行流式分析处理，调补偿划门，活细胞圈门，荧光分群标注等等流式分析步骤（略）。
3.tSNE处理：将需要分析的活的单细胞群（流式划门圈出标记为single cells）进行tSNE降维分析。
3.1.选中single cells栏，在点击workspace—tSNE，进入参数选择界面。
3.2.参数设置：一般只分析荧光参数，就选择标记的荧光通道即可，若增加细胞大小活颗粒度等参数，可以选择添加FSC或SSC等参数，然后其他参数默认即可，点击右下角RUN。
3.3.等待分析进度完成，出现tSNE降维分析图，然后在tSNE图的窗口上点击Edit—Copy to layout Editor，输出到编辑窗口。
3.4.在图像编辑窗口，将single cells下的不同各群目的细胞群gating直接用鼠标拖入layout的降维图中，即可得到多个细胞亚群在当前tSNE上的展示结果。
3.5.在图像编辑窗口，调整tSNE图的字体大小，亚群颜色和统计参数等等。
得到想要的降维数据集后拷贝图片，记录数据比例等就行了。图片一定要保存，
因为软件关闭后tSNE数据将丢失。
结语：Flowjo安装破解版作图得到的tSNE图像要及时保存，关闭软件后就丢失了，还得重新做。对了丁香园的那篇相似帖子也是我，所以不涉及抄袭，都是我本人
注意事项：在使用破解软件之前，必须始终插入包含证书的U盘或移动硬盘，不然软件不会处于激活状态无法打开！
