生信：种群历史有效群体大小推断 SMC++(四)
使用 split 估计亚群分化时间
得到两个亚群的有效群体大小估计结果后，可以使用 smc++ split 命令 估计亚群分化时间。
书接上回，再介绍一下smc++ estimate 里面一个小细节
代码块1：
smc++ estimate --cores 5 --knots 10 --spline piecewise -o ${G}_analysis 6.5e-9 ${G}_vcf2smc/*.smc.gz
# --spline piecewise，分段结果；cubic 结果为平滑线
代码块2：
smc++ plot --csv -g 1 --linear G2G9.analysis.plot.pdf G2_analysis/model.final.json G9_analysis/model.final.json
目标：使用 SMC++ 工具对两个亚群（G2 和 G9）的模型结果进行绘图，并将结果保存在 G2G9.analysis.plot.pdf 文件中。
结果：根据提供的模型文件 G2_analysis/model.final.json 和 G9_analysis/model.final.json，生成了带有线性坐标轴的联合亚群绘图 G2G9.analysis.plot.pdf。
代码块3：
mkdir G2.G9.vcf2smc
目标：创建名为 G2.G9.vcf2smc 的目录，用于存储两个亚群的联合数据集。
结果：成功创建了 G2.G9.vcf2smc 目录。
代码块4：
cat G2.head.list G9.head.list > G4.G9.head.list
目标：将 G2.head.list 和 G9.head.list 文件的内容合并，并将合并后的结果保存为 G4.G9.head.list 文件。
结果：成功将两个文件的内容合并，并生成了 G4.G9.head.list 文件。
代码块5：
cpko vcf2smc_G2.G9 # cpko 是我自己创建的命令 直接生成 SBATCH 注释信息的新脚本 你们直接 touch
目标：使用 cpko 命令创建一个新的脚本文件 vcf2smc_G2.G9，用于处理两个亚群的数据。
结果：成功创建了一个新的脚本文件 vcf2smc_G2.G9。
代码块6：
cat chr.list | while read chr
do
cat G2.G9.head.list | while read sample
do
echo "smc++ vcf2smc -m $mask -d $sample $sample $vcf G2.G9.vcf2smc/$sample.$chr.smc.gz $chr `cat G2.list` `cat G9.list`" >> G2vs.G9.vcf2smc.sh
done
done
sbatch G2vs.G9.vcf2smc.sh
目标：使用 SMC++ 工具对两个亚群的联合数据集进行估计，生成模型结果并保存在 G2.G9.vcf2smc 目录中。
结果：根据提供的参数和数据进行联合亚群分析，生成了 G2.G9.vcf2smc 目录，其中包含估计的模型结果。
代码块7：
cat chr.list | while read chr
do
cat G2.G9.head.list | while read sample
do
echo "smc++ vcf2smc -m $mask -d $sample $sample $vcf G2.G9.vcf2smc/$sample.$chr.smc.gz $chr `cat G9.list` `cat G2.list` " > G9vs.G2.vcf2smc.sh
done
done
sbatch G9vs.G2.vcf2smc.sh
目标：使用 SMC++ 工具对两个亚群的联合数据集进行估计，生成模型结果并保存在 G2.G9.vcf2smc 目录中。
结果：根据提供的参数和数据进行联合亚群分析，生成了 `G2
.G9.vcf2smc` 目录，其中包含估计的模型结果。
代码块8：
mkdir split
smc++ split -o split/ G2_analysis/model.final.json G9_analysis/model.final.json G2.G9.vcf2smc/*.smc.gz
目标：使用 SMC++ 工具对两个亚群的模型结果进行分割，生成分割结果并保存在 split 目录中。
结果：成功创建了 split 目录，并将两个亚群的模型结果分割存储在其中。
代码块9：
smc++ plot -g 1 --linear G2.G9_joint.pdf split/model.final.json
目标：使用 SMC++ 工具对两个亚群的分割结果进行绘图，并将结果保存在 G2.G9_joint.pdf 文件中。
结果：根据提供的分割模型文件 split/model.final.json，生成了带有线性坐标轴的联合亚群绘图 G2.G9_joint.pdf。
