R|rTASSEL进行基因组分析(一)

TASSEL可用于评估性状关联，进化模式和连锁不平衡。本文介绍的rTASSEL是利用R作为前端，使用TASSEL的分析能力以及R数据处理和解析功能进行分析的R包。

1.安装rTASSEL

    方法一：

    方法二：

    *方法二安装出现报错

        *rTASSEL安装与运行需要rJava，使用命令行安装rJava（install.packages("rJava")）后继续执行上述命令。显示DONE(rTASSEL)表示安装成功。

2.运行rTASSEL

3.读取数据（演示使用rTASSEL中的数据进行）

*内置数据为279份样品，3093个SNP位点

4.计算亲缘关系

5.计算混合线性模型（MLM）

*结果包含三个文件

6.数据结果可视化绘制曼哈顿图（Manhattan）

7.数据结果可视化绘制连锁不平衡图（LD）

预告：

1.绘制曼哈顿图有专门的R包，如CMplot，qqman。

2.数据前处理，过滤最小等位基因频率小于0.05的位点。

3.使用自己的数据进行分析。

……【后续想起来再补充】

文献参考：

Bradbury PJ, Zhang Z, Kroon DE, Casstevens TM, Ramdoss Y, Buckler ES. (2007)TASSEL: Software for association mapping of complex traits in diverse samples.Bioinformatics 23:2633-2635.

Monier et al., (2022). rTASSEL: An R interface to TASSEL for analyzing genomic diversity. Journal of Open Source Software, 7(76), 4530, https://doi.org/10.21105/joss.04530

【最复杂的代码，做最简单的事。】