pubchem2D结构chem3D转化

chem3D最小结合能的优化  MM2>minimize energy

run>另存为MOL2文件

或TCMSP中直接下载MOL2文件，进行最优能量计算

2. pdb文件处理

    由于解析蛋白质结构时应该尽量保持蛋白质的天然状态，或者需要在特定的生理生化反应中解析蛋白质的瞬时结构，因此pdb数据库中很多蛋白的结构都与其他的蛋白同时出现。这里给大家推荐一个云计算网站，其对于pdb文件的处理小工具是免费给公众开放的，在保证了用户友好的按键设置的情况下，功能丝毫不弱于同类型的免费软件。

殷赋云计算工具网站：https://cloud.yinfotek.com/console/

殷赋云计算的小工具很实用

    用这个小工具处理pdb结构就十分简单明了，并且基本可以实现所有的pymol功能。可以去除大蛋白复合物的亚基、可以去除溶剂分子与水分子、还可以去除一些可能造成干扰的小分子。 作者：THU-Bimo https://www.bilibili.com/read/cv11549183?from=search&;spm_id_from=333.337.0.0 出处：bilibili

进行分子对接，需要用pymol干什么呢？

（1）查看3D结构
（2）如果是从PDB数据库下载的蛋白和小分子的复合物（是晶体的话需要去除水分子），需要将蛋白和小分子分别提取出来，成为单独的pdb文件。

(以下是搜索来的，亲测可行)
读取一个PDB数据库中的结构，ID是3uf0
flie-get pdb- 填写id- download，就会下载并显示这个晶体了。

或fetch ID（PDB）

（1）去除水分子

PyMOL >remove solvent

（2）分离得到蛋白

PyMOL >remove organic
File-Export Molecule-save-r.pdb

这个是二聚体，AB链是一样的，可以删掉一条。用Notpad++打开pdb文件。

ye

也可以通过软件进行删除

首先点击软件右下角的显示：将蛋白显示类型显示为chain，删除多余的chain

（3）分离得到小分子

在pymol中打开晶体复合物，然后选中小分子（点一个原子就是选中）
file-save molecule-sele-p.pdb

增加H质子：

鼠标A=action=hydrogen=add即可

(部分图片来源于网络)