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生信没头绪?不如从Nature文章找找灵感吧!新热点“巨噬细胞吞噬”~

2022-11-17 10:28 作者:尔云间  | 我要投稿

你是否曾想过发表一篇Natrue级别的文章?

即使不能立即实现,也可以向着这个目标努力。

比如从Natrue文章衍生出一篇生信分析思路!

想必资深粉丝都知道,小云的公司不仅具有专业的云生信团队,还有一系列培训课程,教大家了解最新的科研热点和课题设计思路。也就是说你们从生信分析角度入手了一篇文章,还可以知道如何延伸形成后续的课题。那么如果反向操作是否可行呢?当然可以!如果生信没思路,可以多看看CNS级别的文章,没准灵感就来了呢!


小云今天发现的这个生信潜在热点,要从两篇Nature级别的文章说起:这两篇文章利用CRISPR筛选了调控巨噬细胞吞噬的调节因子,也就是调控巨噬细胞吞噬肿瘤的一些关键调节因子。

那么既然有了巨噬细胞吞噬调节因子相关基因,生信分析的思路不就来了嘛,我们可以做巨噬细胞吞噬调节因子相关的生信思路呀!于是小云搜索后,发现了一篇最近发表的巨噬细胞吞噬调节因子相关的生信文章: 


发表时间:2022年9月

发表杂志:Oxidative medicine and cellular longevity

影响因子:IF=7.31

文章题目:膀胱癌巨噬细胞吞噬介导氧化磷酸化的预后特征研究


数据来源


研究思路

基于GEO和TCGA数据集,分析膀胱癌(BCa)和正常组织中巨噬细胞吞噬调节因子表达差异(DE-MPR)。采用单变量和Lasso Cox回归分析筛选预后相关的DE-MPR。进行GO/KEGG富集分析和肿瘤免疫微环境分析。采用多变量Cox回归分析获得4个巨噬细胞吞噬介导的氧化磷酸化(MPOP)相关基因,构建预后特征,建立预测诺姆图。


主要研究结果

总结

怎么样?看完了这篇文章,你是否也学会了从CNS文章找灵感,思考并形成我们自己的生信分析思路了呢?没事多看看CNS级别的文章,没准就灵感大爆发了呢!也可以考虑巨噬细胞吞噬调节因子这个分析思路,毕竟相关的生信文章很少。不做跟风者,才能一直走在前面哦!如果你还苦恼于生信没有思路,或者嫌分析方法太过简单、太过老套,想要创新思路的,或者对新的热点方向感兴趣的小伙伴快来联系小云吧。


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