震惊!2张图就能搞定8分+Frontiers生信文章,你不得不知道的“肿瘤生化复发”方向

肿瘤相关生信现在竞争这么激烈,该怎么拿高分呢?
看看生信文章分布,基本就是预后(占比最高)、分型、转移和耐药,突破点又在哪里?
最显而易见的方法就是探索其他方向,比如“复发”

小云这次就发现了一个超厉害的方向,可以用最简单的分析套路去发高分文章,它就是——生化复发(Biochemical recurrence,BCR)。目前BCR属于一个待发掘方向,生信文章还不多,竞争压力比较小,特别适合想做肿瘤方向生信的朋友哦。
下面就一起看看BCR相关生信如何只用2张图搞定8分+的文章的吧!性价比超高的方向,看到就是赚到哦!

发表时间:2022年2月
发表杂志:Front. Immunol.
影响因子:IF=8.786
文章题目:能量代谢相关基因预后指数预测接受根治性前列腺切除术的前列腺癌患者生化复发

研究背景
根治性前列腺切除术(RP)是治疗局限性前列腺癌的首选,然而近50%的患者在手术后遇到生化复发(BCR)。BCR的发生是基于多种系统途径的改变。在肿瘤转化过程中,前列腺细胞进行代谢重编程,以满足生长和增殖的需要。充足的能量代谢对肿瘤细胞的生存至关重要,因此我们需要构建一个能量代谢相关基因预后指数来预测接受RP的PCa患者的BCR。
数据来源

研究流程及主要结果
首先基于TCGA-PCa队列数据进行差异基因分析,以及通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别肿瘤相关基因。随后,通过肿瘤相关基因、DEGs和能量代谢相关基因的交集来确定候选基因。使用Lasso和COX回归分析找出与无BCR生存率相关的独立风险基因,然后建立能量代谢相关基因预后指数(EMRGPI)。随后进行KM生存分析,并利用ROC曲线评估EMRGPI对BCR的预测能力。评估EMRGPI与TME的相关性,并根据EMRGPI中位数将患者分为高低风险组进行GSEA分析。

文章小结
看完思路有没有觉得8分+的文章也能如此简单?关键还是在于分析方向的选择,本文是以“生化复发”作为研究对象,区别常规的预后、转移或耐药等分析,创新性比较高。另外构建了“能量代谢相关风险指数”,与“生化复发”这一创新点强强联合,用最简单常规的分析内容,轻松拿下8分+文章!
小云悄悄告诉你:“生化复发”方向的生信目前主要集中发表于前列腺癌,思路都非常简单,并且除了PCa,生化复发还可以做多个癌种(比如妇科肿瘤、骨肉瘤等),也就是说只要公共数据中有BCR信息,换个癌种就可以轻松复现啦!
