有关MMPBSA结合能计算的一些看法

在网上有一个在Windows下可以运行的脚本叫做gmx_mmpbsa.sh，在Linux系统下则应该使用gromacs的另外一个专门计算MMPBSA的一个程序为g_mmpbsa，这么说吧，其实这两者在脚本上的名字差别不大（手动doge），但是这么讲虽然gmx_mmpbsa新出的脚本屏蔽了熵效应，但是总感觉还是g_mmpbsa算出来的结果更为精确，g_mmpbsa的支持的计算的自由能类型也更为广泛，下面计算的就是非极性溶剂化能的一个我做的示例：

当然也不止这样子一个图，也会有data格式的数据文件作为支持：

但是根据我之前在Windows下使用gmx_mmpbsa脚本输出的数据貌似只有data，有点不方便比对数据（个人感觉），而且也需要在Windows下安装了git bash环境下才可以使用，依赖于apbs，但是这么讲g_mmpbsa是拥有内置版本的apbs的支持的，而且在官网也给出了相对详细的编译过程和使用教程和解释，感觉还是比较好的，如果说要追求技术含量的话，也可以去研究一下amber中通过MMPBSA. py的计算方法，涉及到了prm文件，相当于在这个过程当中也是属于做了一个较为完整的动力学模拟了，当然也并不是说gmx_mmpbsa不好，应该是需要改进吧，毕竟脚本总归是一直在不断进步的路上呀，而且是在Windows下可运行的，对于Windows用户也是极为方便，希望以后这个脚本也可以越改越好，加油哈哈🎃