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【客户案例】第1期之结构优化篇(附常见问题说明)

2022-12-22 13:00 作者:唯理计算  | 我要投稿

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以下将为大家展示目前唯理计算的客户案例展示,本期案例为结构优化


一、结构优化


研究方向第一性原理

概念解释:结构优化是DFT计算的最基础和最重要步骤,是指对整个结构体系的原子坐标进行调整,得到一个能量处于极小值,相对稳定的基态结构。结构优化包括原子弛豫和电子迭代两个嵌套的过程,每次计算中都进行原子弛豫和电子迭代计算(电子迭代嵌套在原子弛豫中),达到原子弛豫收敛标准时进行下一步计算,结构优化时,一般会设置2个收敛标准,体系电子能量收敛标准(VASP中设置EDIFF)和原子受力收敛标准(VASP中设置EDIFFG),只有得到了正确收敛的,合理的结构,后续的计算才具有意义。

目的:得到一个稳定的基态结构,用于后续其他计算


二、案例展示

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上图分别为MoO2,Ni2P和MoO2@Ni2P异质结构在结构优化后得到的稳定的基态结构


三、计算方案要求

样品要求:最好提供晶体结构文件,即cif文件;或可提供与XRD实验数据匹配的PDF卡片信息;如是表面结构,还需提供晶面信息;如结构有改性(空位、掺杂、位错等),还需要说明细节。

可能存在的风险:模型或初始结构不合理,参数不合理可能会导致经过很长时间的优化也无法收敛的情形,使得周期延长;模型或初始结构不合理,可能会收敛到一个奇怪的结构。这两种情况一般不常见,如遇到,项目经理会向您说明。


四、常见问题

问题一

1.结构优化得到的稳定基态结构与初始位置有关系吗?

结构优化只能找到局部能量极小值的点,因此,初始位置的不同,可能会通过优化收敛到不同的稳定构型,尤其是在催化计算的领域,测试、考察不同位点的吸附情况具有重要意义。


问题二

2.结构优化的时间与哪些因素有关?

与优化设置的精度参数,优化算法参数,泛函与基组的选择,结构体系大小(原子数和元素种类),计算机算力的强弱,初始位置合理性等等均有一定的关系,其中结构体系大小(原子数和元素种类)是对优化时间影响最大的。


问题三

3.不进行结构优化,直接用下载的晶体结构或自己搭建的模型来计算可以吗?

不可以,只有得到了正确收敛的,合理的优化后结构,后续的其他计算才具有意义。如果有确凿的晶体结构,且当前研究仅涉及该晶体结构直接对应的物质,不涉及切表面、掺杂原子、吸附、化学反应等,则可以固定重原子位置,但H的位置仍然需要优化。


问题四

4.得到稳定的结构,如果取代掺杂一个原子后,还需要再结构优化吗?

只要对模型做出了任何原子的删减、移动或替换,都需要再重新进行优化得到修改后模型的稳定结构。


部分客户文章

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*本期案例来源出自唯理计算-小熊老师

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