利用 bioconda 管理生物信息软件
文章有参考以下两个视频，有需要可以瞅瞅哟！老师们各有千秋！
哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈
1 了解 conda，anaconda，miniconda，bioconda
1.1 conda
conda是一个软件模块管理工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理，可以用来管理Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多，有点类似于pip工具。
conda的用途：
快速安装、运行和升级包及其依赖项
在计算机中便捷地创建、保存、加载和切换环境
1.2 anaconda
anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。
Anaconda具有如下特点：
开源
安装过程简单
高性能使用Python和R语言
免费的社区支持
其特点的实现主要基于Anaconda拥有的：
conda包
环境管理器
1,000+开源库
1.3 miniconda
通过以上对anaconda的介绍，我们了解到anaconda的数据包和安装包都很大，但我们用不到那么多，那么，miniconda登场！前者安装包较大，包含了较多默认安装包，而miniconda属于精简版本，可按照自己需求进行安装，推荐安装miniconda。
1.4 bioconda
bioconda是一个管理生物信息软件的工具软件，它基于anaconda可以进行生物软件的搜索、下载、安装、升级、删除等操作，可以将 bioconda 当成生物信息软件的AppStore。
bioconda的使用首先需要安装miniconda，在安装好miniconda之后，添加相应的生物信息软件相关的channel之后，就是bioconda了。换言之，bioconda就是一种生物定制版本的conda。bioconda是目前已知最好的生物软件管理工具之一，目前已经支持超过 7000 多款生物软件的安装。
bioconda的优点：
1. 自动安装依赖，解决软件依赖问题，实现生物软件一键安装，再也不用体会源代码编译之苦了；
2. 除了生信类软件，R 语言、Python语言软件包都可以进行安装；
3. 方便进行管理和升级，软件版本可选择，同一个软件可以选择安装任意的版本；
4. 使用普通用户进行安装，不需要管理员帮忙安装依赖软件；
5. 创建环境，例如需要使用Python 3，但默认是Python 2.7，可以创建一个Python 3环境；
6. 所有软件安装在同一目录下，方便进行管理和迁移。
2 bioconda的安装
2.1 miniconda的安装
2.2 添加channel
刚才安装的只是miniconda，conda默认的channel是用来管理python模块的，必须添加bioconda这个channel才能下载和安装生物软件。
自用小tips：channel就是软件包存在的位置（类似于其余语言的CPAN, CRAN, Bioconductor），conda install yyy 之所以能成功的前提，是软件 yyy 已经在某个channel里。
镜像
eg. 清华镜像channel: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/
小tips：
1. 不要重复添加channel，冗余的channel会让安装软件的过程变慢，且添加的先后顺序是非常重要且有意义的，要正确设置优先级（即，conda-forge是最高优先级）；
2. 添加镜像要看服务器所在的位置，而不是使用者所在的位置。
3 利用bioconda管理软件
3.1 哪些软件可以用conda安装
1. 网站查询
https://anaconda.org/
https://bioconda.github.io/
2.
3. 关键词搜索
搜索引擎直接输入 xxx conda
3.2 软件管理
小tips：
安装时找不到这个包咋整？
1. 首先确认conda是否可以安装所需软件
2. 确认是不是粗心大意打错名称
3. 确认所需软件在conda中的名称
eg. sratoolkit —— sra-tools
3.3 配置环境
3.3.1 why？
conda会改变原来设置好的环境
不同软件的依赖会互相冲突
A软件依赖Python 2.7，B软件依赖Python 3.8
方便项目管理
基因组、转录组、Chip-seq ......
小tips：base环境里装包的时候要了解这个包对原生环境会造成什么影响（如果它在所有小环境都可以用的话，或许可以考虑装在base环境下，新手谨慎）。
3.3.2 创建独立环境
3.4 conda常用命令小结
3.4.1 环境管理
3.4.2 软件管理
4 conda大tips
4.1 mamba的使用
如果你曾遇到以下问题：
conda下载软件速度慢？
一直耗费时间处理环境问题？
环境问题处理失败？
那么，mamba绝对可以让你的软件安装过程变得过分丝滑！
mamba并没有完全重新把conda重新写一遍，而是加速了其中的一些线速度的步骤。
1. 对 conda install 进行改造，使其可以多线程并行下载
2. 增加了一些新功能
4.1.1 mamba的安装与使用
首先切换至base环境，确保在base环境下安装mamba。
小tips：装在base环境中的包在其他小环境中可以调用，无需在每个环境下都安装一次。
除了启动环境外（ conda activate xxx），其他的conda命令都可以用mamba来代替，即直接将 conda替换为 mamba 即可。
4.1.2 使用mamba查看依赖关系
mamba可以很方便地查看安装软件之间的依赖关系。
4.2 版本控制和迁移
作用：
1. 发文章的时候提供版本号；
2. 更换服务器、分享的时候保持软件版本不变。
4.3 将软件安装到指定位置
4.4 按照位置启动小环境
4.5 为特定环境设置特殊频道
参考资料
https://www.jianshu.com/p/0534043b4471
https://www.bilibili.com/video/BV1hA411W7aC?spm_id_from=333.999.0.0
https://www.bilibili.com/video/BV1Yy4y117SX?p=15
https://www.jianshu.com/p/62f155eb6ac5
