Fastp软件：处理fastq文件它超棒！

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（56线程，256G内存，个人存储1T）

它可以对Illumina平台的测序数据进行质量控制、过滤低质量序列、截断3'端低质量序列、去除接头序列等操作，同时还可以统计序列质量分布、GC含量分布、错误率分布、N含量等信息。

fastp采用多线程加速，速度快、准确性高，并且支持多种数据输入和输出格式。今天小果想带大家一起学习下如何用fastp对原始测序数据进行处理，下面我们开始吧！

数据准备

在ncbi的sra数据库下载的拟南芥测序数据，包括四个基因型，每个基因型五个重复。

链接在这里，小果使用的样本编号为

数据的具体下载方法可以查看往期内容：小果发现用SRA Toolkit工具下载转录组数据很好用！

这里就不再赘述了，直接放代码：

软件下载

仍然使用我们的老朋友miniconda下载，真的很方便，miniconda的安装方法小果也分享过哦~

数据处理

在这里可以把上述代码做成脚本来运行和管理。其中in1表示输入的read1的fastq文件out1表示输出的过滤后的read1的clean reads.注意修改代码中的路径为自己的哦~小果是直接运行的脚本：

没有意外的话，让我们来看看结果吧！以下就是我们得到的过滤后的reads了，成就感满满！

好啦，今天的内容暂时就到这里了，我们下期继续！

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