CheckCIF-PLAT780-789
PLAT780 Type_1 Test whether coordinates form a connected set
Atoms given in a CIF should form a 'connected set', i.e. no symmetry operations are needed to get atoms in a bonding position. A connected set of atoms is not needed for the least squares refinement (unless hydrogen atoms are to be added at calculated positions). Geometry listings (bonds, angles, torsions & H-bonds) become unwieldy for non-connected atom sets.
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT780.html)
例：PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set Please Do !
警告原因：晶胞内配体不完整。
解决策略：将配体四散部分通过对称操作变换成一个完整的配体。在精修时，除非加氢需要，并不要求你把该连的原子连接在一起，换句话说，如果不是加氢需要，比如一个苯环，你可以不让所有C连接在一起，可以东一个，西一个，这不影响你的精修，但这带来两个问题：
1. 你无法理论加氢。
2. 在产生键长键角表时要用到一些额外的对称操作，而如果苯环的6个原子都在一起，即都在一个不对称单元里，是不需要对称操作的。
这个alert就是希望你：
一个分子的所有原子，能连在一起的，要在xp中运用envi，sgen将它们尽量连到一起去。比如，一个配体，pd-O2C-ph-CO2，请让整个配体完整，不要在解析时，让其中一个CO2和主体phCO2分开，另外，配合物中，尽量让不对称单元中金属有最多的配位。若使用OLEX2，则可以使用“Move”模式(下图所示)将分散的配体整合为一体。
Type_1 Test for Flack x value for Centrosymmetric space-group
A Flack parameter value is erroneously given for a structure reported in a centrosymmetric space-group.
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT781.html)
警告原因：根据CIF，该晶体属于中心对称空间群，但却给出了Flack系数x的值。
解决策略：删除Flack系数x。
PLAT782 Type_2 Test for Unusual C-NO2 an C-CO2 moiety Bond geometry
Warning for a possible misassignment of C-NO2 and C-CO2 moieties. The geometry of the reported moiety appears to be unusual/inconsistent. The C-O bond distances in C-CO2 are expected to add up to about 2.5
Test Criteria: ALERT for C-O bond sum < 2.48 and C-C < 1.48 Angstrom
The N-O bond distances in C-NO2 are expected to add up to about 2.4
Test Criteria: ALERT for N-O bond sum > 2.48 and C-C > 1.48 Angstrom
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT782.html)
例1：PLAT782_ALERT_2_B Unusual Bond Geometry for C-CO2 Moiety Around C17 Check
例2：PLAT782_ALERT_2_B Unusual geometry for C-CO2 moiety involving .. C82
警告原因：C17(例1)/C82(例2)旁边的C-CO2部分具有不正常的键长几何构型。
解决策略：检查是否原子指认错误，否则需要对有问题的键的键长进行限制。
PLAT789 Type_4 Report the number of atoms with negative _atom_site_disorder_group #
A negative value of the _atom_site_disorder_group number of an atom indicates whether that atom is part of a group disordered over a symmetry element. Check whether this negative sign assignment applies.
(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT789.html)
警告原因：无序组分part n中n为负值。
解决策略：无需处理，有合理解释即可。
