【详解主线】苦艾篇•上
本文是对柯南主线剧情的详细解析不适合第一遍看的观众
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杯户饭店事件最后，柯南带着灰原从组织手上死里逃生，皮斯可被琴酒杀死，但当时在场执行任务的还有一个组织成员，她就是美国女星『克丽丝•温亚德』，代号苦艾酒（贝尔摩德），《名侦探柯南》苦艾篇正式拉开序幕。
贝尔摩德之所以来日本是受琴酒之托协助皮斯可，但任务结束后她不打算回美国，一是因为FBI正在调查她，待在日本可以避一避风头，二是因为放心不下一个人，她的“干儿子”工藤新一。
贝尔摩德得知了工藤新一被组织灌下APTX4869的事，因为放心不下想要亲自确认，同时贝尔摩德也想找到并杀死雪莉，她很可能隐藏于哪所高中或大学里，因此贝尔摩德决定就从新一和兰所在的帝丹高中入手，她盯上了这里的校医『新出智明』。
贝尔摩德计划摸清新出医生的情况，杀死并易容成他，以这个身份混入帝丹高中调查。FBI探员『赤井秀一』掌握了她去日本的情报，贝尔摩德来到日本后频繁进出新出医院这件事引起了探员『朱蒂·斯泰琳』的注意，她意识到贝尔摩德要冒充新出医生进行某项调查，FBI要放长线钓大鱼搞清楚贝尔摩德到底要做什么，于是朱蒂以英语老师的身份进入帝丹高中尝试与新出医生取得联系，这一切发生在帝丹高中『学园祭』前，柯南对身边的暗流涌动毫不知情，此时的他正在面临着一场身份危机，事情的起因就是学园祭。
小兰将在学园祭的爱情话剧中扮演公主，园子扮演骑士，于是兰提前两个星期在家背台词。碰巧那天热水器坏了，小兰带柯南去博士家洗澡，大叔无意说了一句让他俩一起洗，早点回来别给人家添麻烦。小兰听者有心大吼“我为什么要和柯南一起洗？！”趁小兰洗澡，柯南和博士讲了这事，小兰最近看他的眼神完全不像看小学生了。“是你身份曝光了吧。”灰原说完就去地下室进行研究了。
第二天博士带柯南和其他孩子去露营遭遇了案件，柯南被枪击。送到医院时，和他同型的血刚好被一个重伤患者用完了，这时小兰不假思索的说自己和柯南是同一血型，意识模糊的柯南听到这些，知道兰已经确信自己就是工藤新一了。
小兰和新一是同一血型，这点两人都知道，但“柯南”从没对小兰说过自己是什么血型，因此他知道自己的身份已经暴露了。
手术很顺利，十天后柯南基本康复，只是有点小感冒。而不巧园子在排练时扭伤了手腕，骑士只能由新出医生来演，柯南醋意更浓。正巧平次也来医院探望他，是博士告诉了平次柯南身份暴露的事，见好友这样为难，他暗中打算在学园祭假扮新一。
深夜里，柯南在病房中思考着之前的种种事情，决定要把真相告诉小兰，但这时，灰原突然用枪指着他演了一出戏：
杯户饭店那次在场的除了皮斯可外还有一个组织成员，ta发觉雪莉可能变成小孩了，所以组织很快就找到了她，要求灰原杀死柯南重回组织，知道柯南缩小的工藤夫妇和平次也会被处理掉。这样的黑色幽默是为了给柯南打预防针，把真相告诉小兰的话如若事发她也难逃一死。现在柯南有三个选择：第一，继续对她不闻不问；第二，不顾风险把一切告诉她；而第三则是冒死复活……
灰原这几天一直在地下室进行解药的研制，她参考白干成分制作出了a药的解毒剂，理论上可以暂时变回原来的身体，但谁知道实际会怎样呢？计划是由柯南吃药恢复身体变回新一，再由灰原易容成柯南并戴上博士发明的变声口罩，两人同时出现在小兰的面前就能让他打消怀疑。柯南最终选择了三。
学园祭上，一切按计划进行，新一代替新出医生演骑士，眼看骑士和公主就要亲上，突然发生了案子。涂了厚厚粉底假扮新一的平次当然一下就被和叶识破。而新一遇到事件就耐不住性子，摘下头盔，出现在了众人面前，新一、“柯南”同时出现成功让打消了小兰的怀疑。
学园祭时新出医生还没被掉包，而FBI在现场偷拍了大量照片，包括新出医生的，帝丹高中校园的，还有新一他们……当然，这时FBI的目的只是与新出取得联络，告诉新出有坏人想要杀害他和他的家人，FBI为他们安排了假死并会暂时送他们到美国。
假死计划成功骗过贝尔摩德，她顺利的易容成新出医生，融入到帝丹高中的工作中，但她的一举一动都在朱蒂老师的监视中。
朱蒂不止一次潜入过新出医院寻找线索，她发现一个标靶上有三张照片，一张是雪莉的，上面画着一个『×』，一张是小兰的，上面写着『angel』，一张是柯南的，上面写着『cool guy』……
『guy』这个名词大多数情况是指成年/青年男性，柯南是个小孩，应该用『kid』。这就说明贝尔摩德在这时已经发现柯南就是工藤新一了，柯南和小兰这两张照片应该是趁两人上下学时偷拍的。可朱蒂不知道这其中的含义，所以她带着疑惑接近柯南和小兰。
file270，朱蒂正式登场，我们可以看到介绍框里的名字是『朱蒂•圣提米利翁』，她的真名是朱蒂•斯泰琳。这是因为她的父亲也是FBI，20年前贝尔摩德杀死了斯泰林探员，为了不让她联想到这件事，所以朱蒂才用假名字进入帝丹高中。
柯南他们在游戏厅偶遇朱蒂，正开心的玩着就突然发生了案件，柯南的聪明表现被朱蒂尽收眼底，不过最后他麻醉园子破案朱蒂被注意到就是了，在朱蒂的眼里柯南只限于一个聪明的孩子。
案件解决后他们各回各家，朱蒂告别后说了一句“bye bye cool guy”。这句话被柯南听到了。这就让不知情的观众以为朱蒂发现了柯南的身份，其实不然。再加上朱蒂回家后打电话给赤井秀一汇报情况：目标人物改变了外貌还毫不避讳的去学校！这更是在误导观众朱蒂的目标是柯南，其实这里是指贝尔摩德易容成新出去当校医。朱蒂给她起了一个代号：『腐烂的苹果』。
FBI主要是跟踪调查贝尔摩德以及寻找照片上茶色头发的女孩，贝尔摩德搜寻雪莉的具体手段未知，至少她在高中或大学的搜寻是没有结果的，这就让她有了一个大胆猜想，雪莉也和新一一样吃药变小了。
杯户饭店事件，灰原喝下白干，以成年人的身体出现在琴酒面前，这点贝姐自然知道，但对柯南的调查让贝姐猜想雪莉是吃药变小逃出毒气室的，这就让她有了一个新的调查方向——小学。
贝尔摩德大可以让组织调查转学的小学生，但她没有这样做，一是不希望柯南被发现，二是因为她出于某种目的不想让组织知道药品研制成功。总之她对雪莉的搜寻是相当佛系的。
file.287提到，新出医生（贝姐）给帝丹小学做过一次体检，但灰原请假没来。新出是帝丹高中的校医，他本不应该负责帝丹小学的体检，这大概就是贝姐主动接给小学体检的工作，以此来搜寻可能变小的雪莉，很不巧她错过了第一次发现雪莉的机会。
第二次机会是巴士劫持事件，博士带孩子们去滑雪，柯南和灰原在公交车上聊起组织的事。灰原对组织成员有一种感应，杯户饭店那次她就感应到了皮斯可的气息，之所以不跟柯南说是因为不确定到底是谁，而且在场的人中还有比他更强烈的气息……这时，灰原感受到了这个气息，易容成新出的贝姐上了车，灰原怕被发现戴上了帽兜，和柯南换了位置，她感觉不出气息具体来自谁，观众也不知道，这时和新出一起出现的朱蒂也就有了嫌疑。
朱蒂日常监视贝尔摩德，只不过这次赤井秀一也来跟踪。秀一曾在组织卧底，所以灰原也能感受到他的气息。本来情节已经够紧张了，又上来一伙持枪劫匪，拿整车人当人质。匪徒计划让两个人穿上自己的衣服，用炸弹把他们炸死，自己伪装成一般乘客逃走，不巧，他们选中的是赤井和新出。
这时柯南向朱蒂老师扔了个记事本向她要口红，新出和赤井也能看到本上的内容，之后就是贝尔摩德的内心独白。“一支口红有什么用，让我看看你的本事，cool guy”。这就是苦艾篇的三选一。其实很多观众只注意到朱蒂能看见记事本上的内容，没有注意到新出、赤井，青山主要在遇到朱蒂＝贝尔摩德。
朱蒂对一个劫匪说了那句经典台词：这是一个秘密，很抱歉我没法告诉你，『秘密让女人更美丽』。这其实二十年前贝尔摩德杀死朱蒂的父亲后对小朱蒂说的，朱蒂为了记住杀父仇人把这句话牢记在心。而贝姐不久前才对琴酒说过这句话，这又是青山在误导观众。
在朱蒂眼里贝尔摩德是杀人不眨眼的恶魔，但在这次的事件中贝尔摩德挡在枪口前保护柯南，这已经超出了她要伪装成新出医生装好人的范畴了，柯南受伤后她也是关怀备至，这更让朱蒂好奇柯南到底是什么人。
另一边赤井秀一的跟踪只能中断，去警视厅做笔录。柯南让博士带灰原和其他孩子回去，自己去做笔录，也就是在警视厅他知道了赤井秀一这个名字，为了以防万一他还问了高木有没有可疑的人，答案是否定的。
谁也想不到的是，贝尔摩德去警视厅做笔录时顺带做了另一件事，正是这件事误导了FBI，使他们在下一个阶段转移了注意力，线索一度中断，这就是后话了……
三个嫌疑人全部登场，然而之后很长时间内没有主线事件，一切风平浪静，但在这之中就藏着一个当时不引人注目，现在却是柯迷必看的一集——『黄昏之馆事件』！
漫画file.300，黑衣组织Boss『乌丸莲耶』第一次被提到。据青山的访谈说，他就是在30卷时设定乌丸莲耶为组织的Boss，之前网上流传青山是后来才决定的说法是谣言。
40年前著名富豪乌丸莲耶99岁，他知道自己时日无多，临终前花重金请来一大批学者，试图破解暗号找到藏在黄昏之馆中的宝藏。随着时间的流逝工作毫无进展，乌丸开始杀人，让剩下的人加快进度，最终学者全数被屠杀。
一个叫千间恭介的考古学家偷偷在信上用针扎了许多小孔，把事情的真相写了下来。40年后，他的女儿千间降代才发现信上的秘密。她将这件事告诉了大上祝善，大上决定用怪盗基德的名义找一群侦探破解暗号，没有结果的话就将他们全部杀死，他邀请的人中就包括毛利小五郎。阴谋最终被柯南识破，黄昏之馆由黄金打造，它本身就是宝藏。
黄昏之馆事件无关苦艾篇主线，青山也此举就是我们常说的“藏起一棵树的最好方法就是造一片森林”。这个案子处在主线低潮期，还有怪盗基德盖过乌丸的风头，所以在当时并不很惹眼。
乌丸莲耶这一人物对应福尔摩斯探案集中犯罪界的拿破仑『詹姆斯·莫利亚提』，而之后柯南身边就出现了一个“詹姆斯”，只不过他不是莫利亚提而是邦德……
附简表：
